ウイルスゲノム組み込みと生体機能情報のリアルタイム血中可視化による子宮頸癌の制御

通过病毒基因组整合和生物功能信息的实时血液可视化控制宫颈癌

基本信息

批准号：
22K07484
负责人：
伊東文生
金额：
$ 2.66万
依托单位：
St. Marianna University School of Medicine
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2026-03-31
项目状态：
未结题

项目摘要

子宮頸癌では、ヒトパピローマウイルス（HPV）ゲノムがヒトゲノムに組み込まれることが発癌の一因であり、その制御は最重要課題の一つである。研究代表者らは、HPVゲノムのヒトゲノムへの新規の組み込み解析法および咽頭洗浄廃液を用いた「面」によるHPVジェノタイピング法の開発に成功した。これらを発展させ、血液のみでHPV組み込み部位および関連する生体機能情報を可視化することができるかを明らかにすることは重要である。本研究では、HPVゲノムのヒトゲノムへの組み込み部位をG-NaVI法で同定し、血液中の循環腫瘍DNAで同部位を検出できる系を開発することを目的とした。また、血液を対象に癌特異的シグナルの可視化と遊離DNA、無標識循環腫瘍細胞の検出系を確立することを目指した。いくつかのDNA抽出キットを用いて、G-NaVI法に適した抽出方法を決定した。抽出したDNAを断片化後、いくつかのキャプチャーキットを用いて、HPVゲノムキャプチャーに最適な方法を決定した。HPVゲノム組み込みヒトDNAを回収し、Baitsを除去したのち、ロングリード次世代シーケンサーを用いて配列を決定することに成功した。次世代シーケンサーで検出されたHPV組み込み部位を増幅するPCRプライマーを設計し、サンガーシーケンサーで配列決定を行い、結果の検証を行った。HPVを対象に、血液検体のみでHPVゲノム組み込み部位および関連する生体機能情報を可視化することにより、癌超早期診断や発癌リスク判定などの個別化医療への応用につながる研究成果をあげることができた。

在宫颈癌中，人乳头瘤病毒（HPV）基因组中的整合是人类基因组之一，是最重要的因素之一，其控制是最重要的问题之一。研究人员成功地开发了一种新的方法，该方法将HPV基因组纳入人类基因组，并使用咽灌洗液液体进行了“面部” HPV基因分型方法。重要的是要开发这些并澄清单独的血液是否可以可视化HPV整合的位点和相关的生物功能信息。这项研究旨在使用G-NAVI方法确定将HPV基因组整合到人基因组中的位点，并开发可以在血液中检测具有循环肿瘤DNA的系统。我们还旨在可视化血液中的癌症特异性信号，并建立一个用于检测游离DNA和无标记循环肿瘤细胞的系统。使用了几个DNA提取试剂盒来确定G-NAVI方法的适当提取方法。碎裂提取的DNA后，使用了几个捕获试剂盒来确定HPV基因组捕获的最佳方法。恢复了HPV基因组积聚的人DNA后，去除诱饵，使用长阅读的下一代序列成功确定了序列。设计了PCR引物来扩增下一代测序仪检测到的HPV积分位点，使用Sanger Sequencer进行测序，并验证了结果。通过仅使用血液标本来想象HPV基因组整合和相关的生物学功能信息，我们就可以实现可以导致个性化医学应用的研究结果，例如超前的癌症诊断和癌症风险评估。