新規動的分子ネットワーク解析で紐解く小脳失調症の超早期病態

新型动态分子网络分析揭示小脑共济失调的超早期病理学

• 批准号: 22K07365
• 负责人: 藤田 慶大
• 金额: $ 2.75万
• 依托单位: Tokyo Medical and Dental University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K07365/
• 关键词: iPS細胞; プルキンエ細胞; RNA-seq; ネットワーク解析; 神経変性疾患; 脊髄小脳失調症１型; 次世代シーケンス解析; 動的分子ネットワーク解析

本年度は、北海道大学・慶應義塾大学との共同研究により樹立した脊髄小脳失調症１型(SCA1)患者由来iPS細胞について、核型解析、ES細胞マーカー(Oct3/4, SSEA-4, Tra1-60)による免疫細胞染色、三胚葉分化マーカー(betaIII-tubulin, alpha-fetoprotein, alpha-SMA)による免疫細胞染色、グルタミンリピート数解析 (fragment解析)を実施した。SCA1-iPS細胞に核型異常は見られなかったほか、三胚葉分化能にも異常はみられなかった。グルタミンリピート数は、複数のクローンで41-47リピートであった。さらに、iPS細胞から、EB(embryonic body)、プルキンエ細胞へ分化することに成功した。また、これら三種類の細胞からRNAを抽出して、RNA-sequenceを実施した。iPS細胞とembryoid bodyは、単独培養下で回収した。プルキンエ細胞は、マウスフィーダー細胞（マウス菱脳唇由来顆粒細胞）と二層培養後、プルキンエ細胞マーカーによる免疫染色後、FACSにより細胞を回収した。現在、各フェーズにおける遺伝子発現変化を、正常およびSCA1患者由来細胞で比較し、時系列データの動的分子ネットワーク解析を開始している。

今年，我们将进行核型分析和ES细胞标记（Oct3/4、SSEA-4、Tra1-60）、三足分化标记（βIII-微管蛋白、甲胎蛋白、α-SMA）免疫细胞染色、谷氨酰胺重复次数分析进行（片段分析）。 SCA1-iPS细胞未观察到核型异常，分化为三个胚层的能力也未观察到异常。多个克隆中谷氨酰胺重复次数为41-47个重复。此外，他们成功地将 iPS 细胞分化为 EB（胚胎体）和浦肯野细胞。此外，从这三种类型的细胞中提取RNA并进行RNA测序。 iPS 细胞和拟胚体在单一培养物中收集。将浦肯野细胞与小鼠饲养细胞（源自小鼠菱脑唇的颗粒细胞）分两层培养，然后用浦肯野细胞标记物进行免疫染色，然后通过FACS收集。我们目前正在比较正常细胞和 SCA1 患者来源的细胞之间每个阶段的基因表达变化，并开始对时间序列数据进行动态分子网络分析。