腸内細菌叢による大腸癌subtypingとその免疫微小環境のscRNAseq解析

肠道菌群及其免疫微环境对结直肠癌亚型的 scRNAseq 分析

• 批准号: 22K07283
• 负责人: 永吉 絹子
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: Kyushu University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K07283/
• 关键词: microbiome; 大腸癌; CMS分類; 免疫微小環境; scRNA-seq; CMS; 腸内細菌叢; single cell RNA sequence

近年、大腸癌において発癌と腸内細菌叢(microbiome)の関連性が報告されるようになったが、これまでmicrobiomeとCMS分類との関連について検討した報告はない。特異的なmicrobiomeとCMS分類との相関が示せれば、遺伝子解析などを行わず簡便な便検体の菌叢解析のみで個別化治療選択や個別の予後予測が可能になるかもしれない。さらに、CMS分類と相関する特定のmicrobiomeを同定し、そのmicrobiomeのsubtype別の免疫微小環境の特徴をsingle cell RNA sequence (scRNA-seq) を用いて明らかにすることを目的とする。本年度は、大腸癌患者の術前の便検体を採取し、すでに100例以上の様々なサブタイプの大腸癌患者の便検体を得た。一部は菌叢解析に提出し、サブグループ別に比較し菌叢の違いを検索している。また、大腸癌10例以上、その他消化器癌を含めて100例以上の症例でscRNA-seqを行っており、免疫微小環境を構成する様々な免疫細胞やCAFのheterogeneity、各細胞亜集団の分化の流れや細胞間相互作用などについて解析をすすめている。CD4+ Tcell、CD8+ T cell、myeloid cell、fibroblastは、癌腫や発癌段階によって異なるheterogeneityを示し、これらの違いと菌叢の違いに相関があるかどうかを、今後検討していく。

近年来，已经报道了结肠癌中的致癌作用与肠道微生物组之间的关系，但尚无关于微生物组和CMS分类之间关系的报道。如果可以显示微生物组和CMS分类之间的特定相关性，则可以使用简单的粪便标本分析而无需进行遗传分析，可以选择个性化处理并预测个体预后。此外，目的是确定与CMS分类相关的特定微生物组，并使用单细胞RNA序列（SCRNA-SEQ）阐明微生物组亚型免疫微环境的特征。今年，收集了结肠癌患者的术前粪便样品，并已经获得了100多种亚型结肠癌患者的粪便样品。其中一些已经提交了对植物区系的分析，并通过亚组比较了植物区系的差异。此外，在100多个病例中进行了SCRNA-SEQ，包括超过10种结肠癌和其他消化癌，并促进了构成免疫微环境的各种免疫细胞和CAF的异质性的分析，每个细胞亚群体分化的流动和细胞亚群和细胞细胞相互作用的流动。 CD4+ TCELL，CD8+ TCELL，髓样细胞和成纤维细胞表现出异质性，取决于癌和致癌阶段，我们将研究这些差异是否与植物群的差异相关。

项目成果

Single cell RNA sequenceを用いた家族性大腸腺腫症各発がん段階のCD4+ Tcellの比較

使用单细胞 RNA 测序比较家族性腺瘤性息肉病各个阶段的 CD4+ T 细胞

• 发表时间: 2022
• 作者: 久野恭子;水内祐介;大内田研宙;堤親範;中村祥一;奥田翔;大坪慶志輝;寅田信博;佐田政史;田村公二;永吉絹子;進藤幸治;仲田興平;森山大樹;中村雅史
• 通讯作者: 中村雅史