Development of a new design method for artificial nucleic acids

开发人工核酸的新设计方法

基本信息

  • 批准号:
    21K12125
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 2.66万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    日本
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
  • 财政年份:
    2021
  • 资助国家:
    日本
  • 起止时间:
    2021-04-01 至 2024-03-31
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

本研究では、あらゆるターゲットタンパク質に対して人工核酸アプタマーを取得できるよう、特異的な相互作用による親和性とターゲット表面との非特異的な相互作用も含めて「滞在時間」を考慮した修飾基の導入による、論理的、かつ効率的な人工核酸アプタマーのデザイン方法を提案する。具体的には、1.親和性と滞在時間を考慮した修飾基の選択、2.適切な修飾基を導入した人工核酸を用いたSELEX法によるアプタマー取得の効率化、3.インシリコによる効率的な人工核酸アプタマー最適化、の3項目を実施する。これまでに、項目1. 親和性と滞在時間を考慮した修飾基の選択に関して、修飾基選択のパラメータの設定を行うための調査を実施し、パラメータの候補を得ている。調査は、タンパク質間相互作用を阻害する低分子化合物が多数報告されており、かつ立体構造が解かれている5つのタンパク質について行った。ターゲットタンパク質の機能を阻害する化合物情報を取得し、ドッキング計算をタンパク質表面全体に対して行った。ドッキングの結果を、化合物の結合部位をターゲットの表面をタンパク質―タンパク質相互作用面とそれ以外の表面に分けて詳細に解析した結果、ターゲットの表面の性質によって化合物の分布や相互作用の強さが異なっていることが明らかになってきた。これらの結果に基づいて、化合物選択に利用するパラメータの候補を得ている。
在这项研究中,我们提出了一种逻辑和有效的方法来设计人造核酸适体,通过引入一个修饰组组来考虑“住宿时间”,包括由特定相互作用和与靶表面的非特异性相互作用引起的亲和力,以便可以为任何靶蛋白获得人工核酸适体。具体而言,1。考虑了亲和力和住院期限的修饰组组; 2。3。使用具有适当修改组的人工核酸通过SELEX方法提高适体的效率;将实施三个项目:有效地优化人造核酸适体。到目前为止,我们已经进行了调查,以设置用于选择修改器组的参数。该研究是在五种蛋白质上进行的,其中有许多小分子化合物的报道,这些化合物抑制蛋白质蛋白质相互作用并溶解其构象。获得抑制靶蛋白功能的复合信息,并在整个蛋白质表面进行对接计算。通过将化合物的结合位点分为靶表面为蛋白质 - 蛋白质相互作用表面和其他表面,对对接结果进行了详细的分析,并且已经发现相互作用的分布和强度取决于目标表面的性质。基于这些结果,获得用于化合物选择的候选参数。

项目成果

期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
糖・塩基部デュアル修飾型人工核酸を用いた抗CHIP/STUB1アプタマーの創出
利用糖/碱基双修饰人工核酸构建抗CHIP/STUB1适体
  • DOI:
  • 发表时间:
    2023
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Ohtsuka Hokuto;Hatta Yoshiko;Hayashi Kana;Shimasaki Takafumi;Otsubo Yoko;Ito Yurika;Tsutsui Yu;Hattori Nobutake;Yamashita Akira;Murakami Hiroshi;Aiba Hirofumi;石田健太,千賀陽子,仁田峠海斗,岡正啓,大岡伸通,星野秀和,出水庸介,井上貴雄,小比賀聡,笠原勇矢
  • 通讯作者:
    石田健太,千賀陽子,仁田峠海斗,岡正啓,大岡伸通,星野秀和,出水庸介,井上貴雄,小比賀聡,笠原勇矢
ポリアミンによる人工核酸の酵素伸長への影響
多胺对人工核酸酶促延伸的影响
  • DOI:
  • 发表时间:
    2022
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    星野秀和;笠原勇矢;小比賀聡
  • 通讯作者:
    小比賀聡
塩基部修飾人工核酸を用いた抗IL-6Rアプタマーの開発
使用碱基修饰的人工核酸开发抗IL-6R适体
  • DOI:
  • 发表时间:
    2022
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    笠原勇矢;千賀陽子;石田健太;奥田匠;長尾知生子;新山真由美;鎌田春彦;水口賢司;小比賀聡
  • 通讯作者:
    小比賀聡
2′位や5′位を修飾した人工核酸の改変ポリメラーゼによる酵素伸長
使用修饰聚合酶对 2 和 5 位置修​​饰的人工核酸进行酶促延伸
  • DOI:
  • 发表时间:
    2022
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    石田健太;笠原勇矢;星野秀和;小比賀聡
  • 通讯作者:
    小比賀聡
Analysis of physicochemical properties responsible for P-gp efflux ratio
影响 P-gp 流出率的理化特性分析
  • DOI:
  • 发表时间:
    2022
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Y. Gou;C. Nagao;S. Re;K. Mizuguchi
  • 通讯作者:
    K. Mizuguchi
{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ monograph.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ sciAawards.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ conferencePapers.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ patent.updateTime }}

長尾 知生子其他文献

公共データベースの統合からAIによるデータマイニングに向けて
从集成公共数据库到使用人工智能进行数据挖掘
  • DOI:
    10.11546/cicsj.35.210
  • 发表时间:
    2017
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    伊藤 眞里;長尾 知生子;夏目 やよい;水口 賢司
  • 通讯作者:
    水口 賢司
AI創薬基盤としてのデータ統合とデータベース開発
数据集成和数据库开发作为人工智能药物发现平台
  • DOI:
  • 发表时间:
    2019
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    伊藤 眞里;長尾 知生子;夏目 やよい;水口 賢司;水口 賢司;水口賢司;水口賢司;水口賢司;水口賢司
  • 通讯作者:
    水口賢司
Data integration and computational systems approaches to drug discovery
药物发现的数据集成和计算系统方法
  • DOI:
  • 发表时间:
    2019
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    伊藤 眞里;長尾 知生子;夏目 やよい;水口 賢司;水口 賢司;水口賢司;水口賢司;水口賢司;水口賢司;水口賢司;水口賢司
  • 通讯作者:
    水口賢司
核小体形成を標的とした抗フラビウイルス薬の同定
针对核仁形成的抗黄病毒药物的鉴定
  • DOI:
  • 发表时间:
    2020
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    宮本 洋一; 徳永 詢;鈴木 達也;大谷 真弓;井貫 晋輔;江崎 剛史;長尾 知生子;水口 賢司;大野 浩章;米田 悦啓;岡本 徹;松浦 善治;岡 正啓
  • 通讯作者:
    岡 正啓
AI創薬の基礎としてのデータ統合とモデリング
数据集成和建模作为人工智能药物发现的基础
  • DOI:
  • 发表时间:
    2019
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    伊藤 眞里;長尾 知生子;夏目 やよい;水口 賢司;水口 賢司;水口賢司;水口賢司;水口賢司
  • 通讯作者:
    水口賢司

長尾 知生子的其他文献

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

{{ truncateString('長尾 知生子', 18)}}的其他基金

HCP分子の高振動励起状態の観測によるCPHへの異性化反応の研究
通过观察HCP分子的高振动激发态研究CPH异构化反应
  • 批准号:
    98J01906
  • 财政年份:
    1998
  • 资助金额:
    $ 2.66万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for JSPS Fellows

相似海外基金

Construction of the pharmacophore model of antiprion compounds for development of a novel therapeutic agent
构建抗朊病毒化合物的药效团模型以开发新型治疗剂
  • 批准号:
    20H04285
  • 财政年份:
    2020
  • 资助金额:
    $ 2.66万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
PgDPP11を標的とした歯周病治療薬開発のためのin silico創薬
用于开发针对 PgDPP11 的牙周病药物的计算机模拟药物发现
  • 批准号:
    18K14886
  • 财政年份:
    2018
  • 资助金额:
    $ 2.66万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
Development of comprehensive calculation method of HLA-peptide affinity and application to elucidation of the pathogenesis of Behcet's disease
HLA-肽亲和力综合计算方法的建立及其在阐明白塞病发病机制中的应用
  • 批准号:
    16K00397
  • 财政年份:
    2016
  • 资助金额:
    $ 2.66万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
Datamining approach for protein-ligand interaction mediated by hydration water
水合水介导的蛋白质-配体相互作用的数据挖掘方法
  • 批准号:
    25650050
  • 财政年份:
    2013
  • 资助金额:
    $ 2.66万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
In silico drug design of SHIP2 inhibitor as a novel therapeutic agent for diabetes.
SHIP2 抑制剂作为糖尿病新型治疗剂的计算机药物设计。
  • 批准号:
    24590058
  • 财政年份:
    2012
  • 资助金额:
    $ 2.66万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
{{ showInfoDetail.title }}

作者:{{ showInfoDetail.author }}

知道了