Development of a new design method for artificial nucleic acids

开发人工核酸的新设计方法

基本信息

批准号：
21K12125
负责人：
長尾知生子
金额：
$ 2.66万
依托单位：
Osaka University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究では、あらゆるターゲットタンパク質に対して人工核酸アプタマーを取得できるよう、特異的な相互作用による親和性とターゲット表面との非特異的な相互作用も含めて「滞在時間」を考慮した修飾基の導入による、論理的、かつ効率的な人工核酸アプタマーのデザイン方法を提案する。具体的には、１．親和性と滞在時間を考慮した修飾基の選択、２．適切な修飾基を導入した人工核酸を用いたSELEX法によるアプタマー取得の効率化、３．インシリコによる効率的な人工核酸アプタマー最適化、の3項目を実施する。これまでに、項目1. 親和性と滞在時間を考慮した修飾基の選択に関して、修飾基選択のパラメータの設定を行うための調査を実施し、パラメータの候補を得ている。調査は、タンパク質間相互作用を阻害する低分子化合物が多数報告されており、かつ立体構造が解かれている5つのタンパク質について行った。ターゲットタンパク質の機能を阻害する化合物情報を取得し、ドッキング計算をタンパク質表面全体に対して行った。ドッキングの結果を、化合物の結合部位をターゲットの表面をタンパク質―タンパク質相互作用面とそれ以外の表面に分けて詳細に解析した結果、ターゲットの表面の性質によって化合物の分布や相互作用の強さが異なっていることが明らかになってきた。これらの結果に基づいて、化合物選択に利用するパラメータの候補を得ている。

在本研究中，为了获得任何靶蛋白的人工核酸适体，我们将开发修饰基团，考虑到由于特异性相互作用和“停留时间”（包括与靶表面的非特异性相互作用）造成的亲和力。通过引入设计人工核酸适体的逻辑且有效的方法。具体来说，1.考虑亲和力和停留时间选择修饰基团，2。 3.使用引入适当修饰基团的人工核酸，提高SELEX方法获得适体的效率；我们将开展三项工作：人工核酸适体的高效计算机优化。到目前为止，关于项目1.考虑亲和性和停留时间的修饰基团的选择，我们已经进行了设置用于修饰基团选择的参数的研究并获得了候选参数。这项研究是针对五种蛋白质进行的，据报道这些蛋白质的许多低分子量化合物可以抑制蛋白质-蛋白质相互作用，并且其三维结构已被解析。我们获得了抑制目标蛋白质功能的化合物的信息，并对整个蛋白质表面进行了对接计算。我们通过将化合物的结合位点分为蛋白质-蛋白质相互作用表面和其他表面来详细分析对接结果，发现化合物的分布和相互作用的强度取决于目标表面的性质。已经很清楚他们是不同的。基于这些结果，我们获得了用于化合物选择的候选参数。

项目成果

期刊论文数量（0）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

糖・塩基部デュアル修飾型人工核酸を用いた抗CHIP/STUB1アプタマーの創出

利用糖/碱基双修饰人工核酸构建抗CHIP/STUB1适体

DOI：
发表时间：
2023
期刊：
影响因子：
0
作者：
Ohtsuka Hokuto;Hatta Yoshiko;Hayashi Kana;Shimasaki Takafumi;Otsubo Yoko;Ito Yurika;Tsutsui Yu;Hattori Nobutake;Yamashita Akira;Murakami Hiroshi;Aiba Hirofumi;石田健太，千賀陽子，仁田峠海斗，岡正啓，大岡伸通，星野秀和，出水庸介，井上貴雄，小比賀聡，笠原勇矢
通讯作者：
石田健太，千賀陽子，仁田峠海斗，岡正啓，大岡伸通，星野秀和，出水庸介，井上貴雄，小比賀聡，笠原勇矢

ポリアミンによる人工核酸の酵素伸長への影響

多胺对人工核酸酶促延伸的影响