アレーツールを駆使した疾患ゲノム解析研究

使用阵列工具进行疾病基因组分析研究

基本信息

批准号：
08J03611
负责人：
只木章 (西村章)
金额：
$ 1.15万
依托单位：
Yokohama City University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2008
资助国家：
日本
起止时间：
2008 至 2010
项目状态：
已结题

项目摘要

1.染色体転座を伴った早発性卵巣機能不全の切断点解析X染色体転座を有する早発性卵巣機能不全(POF:Premature Ovarian Failure)4例を集積し、転座切断点の解析を行った。すべての症例の転座切断点を塩基レベルで決定した。3症例においてそれぞれ遺伝子:COL4A6(Xq22.3),IGFBP7(4q12),C14orf159(14q32.12)の断裂を確認した。これら3遺伝子をPOFの有力な候補遺伝子と考え、染色体構造異常を伴わないPOF患者検体で変異解析を行った。3遺伝子のうちX染色体に位置するCOL4A6遺伝子で、一つのミスセンス変異を同定した。このミスセンス変異が疾患を惹起するかどうかは結論が出ていないが、今後の解析が待たれる遺伝子である。他2遺伝子は、病的な変異を認めなかった。また、COL4A6遺伝子の断裂が認められた転座症例は、正常X染色体の不活化と断裂により機能的にNullと考えられる。そのためCOL4A6遺伝子は、POFの病態に関与している可能性が示唆された。2.先天性多発奇形症例における染色体微細構造異常解析これまでに集積された先天性多発奇形症例を高解像度のマイクロアレーを用いて全ゲノムの網羅的なコピー数変化の解析を行った。検出されたコピー数変化は、データベース等を利用して、その病的意義を検討し、病的と疑われる領域においては、FISH法や定量PCR法などの他の方法でも確認した。解析によって染色体微細構造異常・原因が明らかになった疾患・症例がある。今後これらの症例の表現型と遺伝型の関連性や染色体微細構造異常の発生メカニズムの検討を行う。これらの解析を通じ、アレーによる高密度・詳細なゲノム解析の重要性が明らかになるとともに、これらの論文作成を予定している。

1.染色体易位相关卵巢早衰的断点分析收集4例X染色体易位的卵巢早衰(POF)病例，分析易位断点。所有病例的易位断点都是在基础水平上确定的。在3例中，确认了基因COL4A6（Xq22.3）、IGFBP7（4q12）和C14orf159（14q32.12）的断裂。考虑到这三个基因是 POF 的潜在候选基因，我们对不存在染色体结构异常的 POF 患者样本进行了突变分析。在这三个基因中，在位于X染色体上的COL4A6基因中发现了一个错义突变。尽管尚未得出这种错义突变是否导致疾病的结论，但它是一个有待未来分析的基因。其他两个基因未观察到病理突变。此外，观察到COL4A6基因断裂的易位病例由于正常X染色体的失活和断裂而被认为在功能上无效。因此，提示COL4A6基因可能参与POF的病理过程。 2. 多发性先天畸形病例的染色体超微结构异常分析我们利用高分辨率芯片对目前收集的多发性先天畸形病例全基因组拷贝数变化进行了综合分析。使用数据库等检查检测到的拷贝数变化的病理学意义，并使用FISH和定量PCR等其他方法确认怀疑病理的区域。通过分析，有些疾病和病例的染色体超微结构异常及其原因已被揭示。今后我们将进一步探讨这些病例的表型和基因型之间的关系以及染色体超微结构异常的发生机制。通过这些分析，我们将阐明使用阵列进行高密度和详细基因组分析的重要性，并且我们计划撰写这些论文。