リン酸化とユビキチン化のクロストークによる腎糸球体タンパク質分解の網羅的解析

磷酸化和泛素化串扰导致肾小球蛋白降解的综合分析

基本信息

批准号：
14F04105
负责人：
山本格
金额：
$ 1.47万
依托单位：
Niigata University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2014
资助国家：
日本
起止时间：
2014-04-25 至 2016-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

網羅的タンパク質（プロテオーム）解析でタンパク質の翻訳後修飾、特にリン酸化修飾やユビキチン化修飾の関連を研究するプロジェクトを開始した。初めに、腎臓のタンパク質をモデルに、網羅性を高めるために、腎臓のタンパク質をOff-Gel 等電点電気泳動法で分画後、トリプシン処理し、そのペプチドを質量分析装置で解析し、全分画の情報を統合して腎臓プロテオームを解析した。一方、腎臓タンパク質全体を最初にトリプシン消化し、そのペプチドをOff-Gel 等電点電気泳動法で分画し、質量分析装置で解析し、全分画の情報を統合した腎臓プロテオームを取得し、前者と比較した。その結果、前者の解析法の方が、タンパク質の同定数が多い事が示されたが、ペプチドを、Off-Gel電気泳動法で分画する方法は、ITRAQ 法や TMT法などペプチドの定量法に有用な手法と考えられた。両分画法とも、リン酸化や酸化やユビキチン化などのタンパク質の翻訳後修飾の解析が可能で、その解析は両者を相補的に用いることで、より詳細なプロテオーム解析が得られた（Anal Chem　2015）。また、本研究で、世界で初めて尿管のプロテオームが解析され、そのタンパク質のリストが作成された（Journal of proteomics 2015とData in briefs 201６）。その情報は半定量的情報として emPAI 情報とともに、データベース化され、今後、尿管の疾患の研究に利用されると考えられた。

我们已经启动了一个项目，通过全面的蛋白质（蛋白质组）分析来研究蛋白质翻译后修饰之间的关系，特别是磷酸化和泛素化修饰之间的关系。首先，以肾脏蛋白为模型，为了提高综合性，通过离胶等电聚焦对肾脏蛋白进行分级，用胰蛋白酶处理，并用质谱仪对所得肽进行分析。通过整合该级分来分析肾脏蛋白质组。信息。另一方面，我们首先用胰蛋白酶消化整个肾脏蛋白质，使用Off-Gel等电聚焦对肽进行分级，并使用质谱仪对其进行分析，以获得与前者相比整合了所有级分信息的肾脏蛋白质组。结果表明，前一种分析方法鉴定出的蛋白质数量较多，但通过离胶电泳分离肽的方法优于ITRAQ法和TMT法等肽定量方法，被认为是一种有用的方法。两种分级分离方法都可以分析蛋白质的翻译后修饰，例如磷酸化、氧化和泛素化，并且通过互补使用它们，获得了更详细的蛋白质组分析（Anal Chem. 2015）。此外，这项研究是世界上第一个分析输尿管蛋白质组并创建其蛋白质列表的研究（Journal of proteomics 2015 和 Data in Briefs 2016）。这些信息与emPAI信息一起作为半定量信息被编入数据库，并被认为将用于未来输尿管疾病的研究。

项目成果

期刊论文数量（0）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Strategy of Discovery and Validation of Urine Biomarkers for Kidney Diseases

肾脏疾病尿液生物标志物的发现和验证策略

DOI：
发表时间：
2014
期刊：
影响因子：
0
作者：
Tadashi Yamamoto;Bo Xu;Ying Zhang;Sameh Magdeldin;Masato Habuka;Hidehiko Fujinaka;Keiko Yamamoto;Yutaka Yoshida;Shin Goto;Ichiei Narita;Tadashi Yamamoto
通讯作者：
Tadashi Yamamoto

A proteomic glimpse into human ureter proteome.

DOI：
10.1002/pmic.201500214
发表时间：
2016-01
期刊：
Proteomics
影响因子：
3.4
作者：
Magdeldin S;Hirao Y;Elguoshy A;Xu B;Zhang Y;Fujinaka H;Yamamoto K;Yates JR 3rd;Yamamoto T
通讯作者：
Yamamoto T

Deep proteome mapping of mouse kidney based on OFFGel prefractionation reveals remarkable protein post- translational modifications.

DOI：
10.1021/pr401122m
发表时间：
2014-03-07
期刊：
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH
影响因子：
4.4
作者：
Magdeldin, Sameh;Yamamoto, Keiko;Yoshida, Yutaka;Xu, Bo;Zhang, Ying;Fujinaka, Hidehiko;Yaoita, Eishin;Yates, John R., III;Yamamoto, Tadashi
通讯作者：
Yamamoto, Tadashi

Application of Proteomics to Translational Nephrology

蛋白质组学在转化肾病学中的应用

DOI：
发表时间：
2014
期刊：
影响因子：
0
作者：
Farrah T;Deutsch EW;Omenn GS;Sun Z;Watts JD;Yamamoto T;Shteynberg D;Harris MM;Moritz RL.;Sameh Magdeldin;Sameh Magdeldin;Tadashi Yamamoto;Sameh Magdeldin;Tadashi Yamamoto
通讯作者：
Tadashi Yamamoto

The State of the Human Proteome in 2013 as viewed through PeptideAtlas: Comparing the Kidney, Urine, and Plasma Proteomes for the Biology and Disease-driven Human Proteome Project.

通过 PeptideAtlas 查看 2013 年人类蛋白质组状况：比较生物学和疾病驱动的人类蛋白质组项目的肾脏、尿液和血浆蛋白质组。

DOI：
10.4236/ojgas.2014.42011
发表时间：
2014
期刊：
J Proteome Res.
影响因子：
0
作者：
Farrah T;Deutsch EW;Omenn GS;Sun Z;Watts JD;Yamamoto T;Shteynberg D;Harris MM;Moritz RL.
通讯作者：
Moritz RL.