Identification of novel tumor-suppressor genes by Outlier approach

通过异常值方法鉴定新的肿瘤抑制基因

• 批准号: 23710227
• 负责人: TAKESHIMA Hideyuki
• 金额: $ 1.5万
• 依托单位: National Center of Neurology and Psychiatry
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2011
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2011 至 2013
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23710227/
• 关键词: エピジェネティクス; DNAメチル化; がん抑制遺伝子; サイレンシング; マイクロアレイ

Aberrant DNA methylation of promoter CpG islands (CGIs) is deeply involved in human carcinogenesis. Although hundreds to thousands of genes are aberrantly methylated in cancer cells, the majority is methylated as a consequence of carcinogenesis, and it is difficult to identify tumor-suppressor genes (TSGs) from numerous methylated genes. In this study, we developed a novel method to identify TSGs based on our previous findings that genes with RNA polymerase II (Pol II) in normal cells are resistant to aberrant methylation induction and that known TSGs were methylated in cancers against this general rule. First, we identified 280 methylation-sensitive genes in human breast cancers. From these genes, 14 genes methylated against the general rule (outlier genes) were isolated by analyzing Pol II binding in normal cells. Among these genes, DZIP1 was a novel TSG, and FBN2 and HOXA5 were known TSGs. These results showed that TSGs can be efficiently identified by this approach.

启动子CpG岛（CGI）的异常DNA甲基化与人类致癌作用有关。 尽管数百至数千个基因在癌细胞中被异常甲基化，但大多数是由于致癌的原因而被甲基化的，并且很难从许多甲基化基因中鉴定出肿瘤 - 抑制基因（TSG）。 在这项研究中，我们开发了一种新的方法来鉴定TSGS，基于我们以前的发现，即正常细胞中具有RNA聚合酶II（POL II）的基因对异常的甲基化诱导具有抗性，并且已在癌症中甲基化的TSG被甲基化。 首先，我们确定了人类乳腺癌中的280个甲基化敏感基因。 从这些基因中，通过分析正常细胞中的Pol II结合来分离针对一般规则（离群基因）甲基化的14个基因。 在这些基因中，DZIP1是一种新颖的TSG，FBN2和HOXA5是已知的TSG。 这些结果表明，这种方法可以有效地识别TSG。

项目成果

エピジェネティックに不活化された遺伝子の中からがん抑制遺伝子を選別する方法の開発

开发从表观遗传失活基因中选择抑癌基因的方法

• 发表时间: 2011
• 作者: 菊山みずほ;竹島秀幸;大河内(髙田)江里子;明石(田中)定子;木下貴之;小川利久;瀬戸泰之 and 牛島俊和
• 通讯作者: 瀬戸泰之 and 牛島俊和

The outlier approach discriminates drivers from passengers among genes methylated in cancers

离群值方法通过癌症甲基化基因区分司机和乘客

• 作者: Kikuyama;M;Takeshima;H;Kinoshita;T;Okochi-Takada;E;Wakabayashi;M;Akashi-Tanaka;S;Ogawa;T;Seto;Y and Ushijima;T
• 通讯作者: T

ゲノム構造及びエピジェネティック因子は独立してメチル化異常誘発に対する感受性に影響する

基因组结构和表观遗传因素独立影响甲基化畸变的易感性

• 发表时间: 2011
• 作者: 竹島秀幸;山下聡;島津太一 and 牛島俊和
• 通讯作者: 島津太一 and 牛島俊和

Development of a novel approach, the epigenome-based outlier approach, to identify tumor-suppressor genes silenced by aberrant DNA methylation

• DOI: 10.1016/j.canlet.2012.03.016
• 发表时间: 2012-09-28
• 期刊: CANCER LETTERS
• 影响因子: 9.7
• 作者: Kikuyama, Mizuho;Takeshima, Hideyuki;Ushijima, Toshikazu
• 通讯作者: Ushijima, Toshikazu

繰り返し配列LINE及びSINEはDNAメチル化異常誘発に対する感受性を与える

重复序列 LINE 和 SINE 导致对 DNA 甲基化异常的易感性

• 发表时间: 2011
• 作者: 竹島秀幸;山下聡;島津太一 and 牛島俊和
• 通讯作者: 島津太一 and 牛島俊和