Environmental Assessment Based on Synoptic Molecular Taxonomy of Soil Bacterial DNA

基于土壤细菌DNA概要分子分类的环境评价

• 批准号: 18310009
• 负责人: ITOH Kiminori
• 金额: $ 9.32万
• 依托单位: Yokohama National University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2006
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2006 至 2008
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18310009/
• 关键词: 環境計測; 土壌細菌; 鎖長多形; DGGE; SSCP; DNA二次元電気泳動; 生態系; 湖; 複雑系; 食物網; レジームシフト; 多様性; 二次元電気泳動; ランク・アバンダンスプロット; 回復性

環境中で重要な機能を担うにも関わらず、その詳細が不明な土壌細菌群集に関して、実験的・理論的な解析を行った。実験的には、DNA を高い分離能の検出できる二次元電気泳動法と、異なるDNA の集合を全体的に見るための総観的分子分類学に基づいて、新しい評価法を開発した。二次元電気泳動では、それぞれの細菌種を、1 つ1 つのスポットとして得ることができるため、全体の見通しが良い。理論的には、多様性が出現する機構を、「食う・食われる」の関係を表す食物網から検討すると共に、生態系中の非線形な相互作用による動態の解析を行い、典型的な湖汚染であるアオコ(シアノバクテリアの集団)の季節変動や日内変動などの挙動を明らかにした

我们对土壤细菌群落进行了实验和理论分析，尽管它们在环境中发挥着重要作用，但其细节尚不清楚。在实验上，我们开发了一种基于二维电泳的新评估方法，可以以高分辨率检测 DNA，以及概要分子分类学，使我们能够将不同的 DNA 集合视为一个整体。通过二维电泳，每个细菌种类都可以作为单个点获得，从而提供良好的概览。理论上，我们将从食物网的角度研究多样性出现的机制，表达“吃与被吃”之间的关系，并分析生态系统中非线性相互作用的动态，阐明蓝色的季节和昼夜波动。 -绿藻（蓝细菌的种群）。

项目成果

Noise-triggered regime shifts in a simple aquatic model

简单水生模型中噪声触发的状态变化

• 发表时间: 2009
• 作者: Hiroshi Serizawa

Mathematical modeling of colony formation in algal blooms

藻华中菌落形成的数学模型

• 发表时间: 2008
• 作者: H. Serizawa; T. Amemiya; T. Enomoto; A. G. Rossberg;K. Itoh
• 通讯作者: K. Itoh

The top-down mechanism for body mass-abundance scaling

体重丰度缩放的自上而下机制

• 发表时间: 2008
• 作者: A.G. Rossberg

Two-Dimentional DNA Gel Electrophoresis Mapping: a Novel Approach to Diversity Analysis of Bacterial Communities in Environmental Soil

二维 DNA 凝胶电泳图谱：环境土壤中细菌群落多样性分析的新方法

• 发表时间: 2008
• 作者: Guohua Liu

Some properities of the speciation model for food-web structure - Mechanisms for degree distributions and intervality

食物网结构物种形成模型的一些特性 - 程度分布和间隔的机制

• 发表时间: 2006
• 作者: A.G.Rossberg; H.Matsuda; T.Amemiya; K.Itoh
• 通讯作者: K.Itoh