画像解析による網羅的表現形研究のためのソフトウェア開発・公開支援環境の研究・開発

利用图像分析进行综合表型研究的软件开发和出版支持环境的研究和开发

基本信息

批准号：
06J54072
负责人：
佐々木伸
金额：
$ 1.22万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2006
资助国家：
日本
起止时间：
2006 至 2007
项目状态：
已结题

项目摘要

網羅的表現型解析の基盤となるゲノム配列として、メダカゲノムの高精度ドラフト配列の決定を行い、遺伝子情報や転写情報等をユーザに提示するための環境として、所属研究室にて運営しているゲノムブラウザUTGBを採用し、その高機能化のための開発を行った。また南日本および北日本由来の2種(Hd-rR,HNI)のメダカゲノム配列のアラインメントを計算し、それらを比較する中で1600万を超える塩基多型を検出し、それらの情報をユーザに提示するトラックをUTGB上に構築し公開を行った。ゲノム研究の基礎となるDNA配列情報の他に、より下流の生物学的メカニズムのデータである転写開始点情報を5'SAGE法によって、6段階の胚の各ステージごとと成魚の全身から網羅的に取得した。また昨年度の研究において発見された転写開始点情報およびヌクレオソーム位置推定ソフトウェアによって算出されたヌクレオソーム存在確率値との関連性について、実際にメダカ初期胚よりヌクレオソームに含まれているDNA断片を取得し、大規模シークエンシングによりゲノム上の位置を同定することで、実観測データによってもこれらの転写開始点と多型頻度の間に相関と周期性が見られることを発見した。これらのデータについてもメダカのUTGBのトラックとして情報公開を行っている。またゲノムブラウザは、画像を生成するWebプログラムと、表示されるデータを効率的に提供・管理するデータベース、またそれらを効率的に管理更新するためのツール群から成っているが、既存のUTGBの構成をより効率的に開発・管理できるように再設計および仕様の策定を行い、またトップレベルのGUI部分を既存のHTML/PHPによるものから、より効率的でリッチな表現と機能を持ったAJAX/GWTによる実装へと更新する作業を行った。

我们已经确定了青鳉基因组的高精度草图序列，作为综合表型分析的基础，并在我们的实验室中对其进行操作，作为向用户呈现遗传信息、转录信息等的环境。我们采用了基因组浏览器UTGB。并对其进行开发以改进其功能。我们还计算了源自日本南部和日本北部的两个物种（Hd-rR、HNI）的青鳉基因组序列的比对，在比较它们的同时，我们检测到了超过 1600 万个核苷酸多态性，并将此信息呈现给用户。 UTGB 上的曲目并发布。除了作为基因组研究基础的DNA序列信息之外，利用5'SAGE从六个胚胎阶段和成鱼的全身全面收集转录起始位点信息，即下游生物学机制的数据。方法获得。此外，我们还通过实际获取早期青鳉胚胎核小体中包含的DNA片段，通过识别基因组上的位置，研究了去年研究中发现的转录起始点信息与核小体位置估计软件计算出的核小体存在概率值之间的关系。通过大规模测序，我们发现这些转录起始位点和多态性频率之间存在相关性和周期性，即使在实际观测数据中也是如此。这些数据的信息也作为青鳉 UTGB 轨迹公开。此外，基因组浏览器由一个生成图像的网络程序、一个有效提供和管理显示数据的数据库以及一组有效管理和更新它们的工具组成，我们重新设计和制定了规范，以实现更高效的开发和管理。配置，并将顶层GUI从现有的HTML/PHP更改为AJAX，效率更高，表达式和功能更丰富/致力于更新到GWT实现。