A bioinformatics approach toward understanding interplay betweenchronic virus infections and human antiviral immune responses

理解慢性病毒感染与人类抗病毒免疫反应之间相互作用的生物信息学方法

• 批准号: 23659232
• 负责人: UENO Takamasa
• 金额: $ 2.58万
• 依托单位: Kumamoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
• 财政年份: 2011
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2011 至 2012
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23659232/
• 关键词: 感染防御; ワクチン; ウイルス; 感染症; 進化; ＨＩＶ; 免疫回避

HIV -1 Nef is required for efficient viral replication and pathogenesis. However , the extent to which Nef ’ s functions are maintained in natural sequences duringchronic infection, and their clinical relevance, remains incompletely characterized. Relativeto a control Nef from HIV -1 strain SF2, HLA class I and CD4 down-regulation activities of46 plasma RNA Nef sequences derived from unique chronic infected individuals weregenerally high and displayed narrow dynamic ranges, whereas Nef-mediated virioninfectivity , PBMC replication and CD74 up-regulation exhibited broader dynamic ranges.80% of patient-derived Nefs were active for at least three functions examined. Functionalco-dependencies were identified, including positive correlations between CD4down-regulation and virion infectivity , replication, and CD74 up-regulation, and betweenCD74 up-regulation and PBMC replication. Nef-mediated virion infectivity inverselycorrelated with patient CD4+ T -cell count. Strong functional co-dependencies and thepolyfunctional nature of patient-derived Nef sequences suggest a phenotypic requirementto maintain multiple Nef functions during chronic infection

HIV -1 Nef是病毒复制和发病机制所必需的，然而，相对于来自HIV -1的有效控制Nef，在慢性感染过程中Nef的功能维持在自然序列中的程度以及它们的临床相关性仍然不完全表征。来自独特慢性感染个体的 46 个血浆 RNA Nef 序列的 SF2 株、HLA I 类和 CD4 下调活性普遍较高且动态范围窄，而 Nef 介导的病毒粒子感染性，PBMC复制和 CD74 上调表现出更广泛的动态范围。80% 的患者来源的 Nefs 在至少三个检查的功能上具有活性，包括 CD4 下调与病毒体感染性、复制和 CD74 上调之间的正相关性。 CD74 上调和 Nef 介导的病毒颗粒感染性与患者 CD4+ T 细胞计数呈负相关。源自患者的 Nef 序列的多功能性质表明，在慢性感染期间维持多种 Nef 功能的表型要求

项目成果

Subtle effect of HLA classI-driven selective forces on thevariability of HIV-1 accessory genes

HLA I 类驱动的选择力对 HIV-1 辅助基因变异的微妙影响

• 发表时间: 2011
• 作者: Zafrul Hasan;J. Carlson;H. Gatanaga,A. Le;C. Brumme;S. Oka;Z. Brumme;T.Ueno
• 通讯作者: T.Ueno

Nefのウイルスレセプター発現低下機能と病態

Nef 减少病毒受体表达的功能和病理生理学

• 发表时间: 2012
• 作者: Sato K;Misawa N;Nie C;Satou Y;Iwakiri D;Matsuoka M;Takahashi R;Kuzushima K;Ito M;Takada K;Koyanagi Y;緒方陽子
• 通讯作者: 緒方陽子

Impact of HLA class I-drivengenetic variability in HIV-1 accessorygenes

HLA I 类驱动的 HIV-1 辅助基因遗传变异的影响

• 发表时间: 2011
• 作者: Zafrul Hasan;J. Carlson;H. Gatanaga,A. Le;C. Brumme;S. Oka;Z. Brumme;T.Ueno
• 通讯作者: T.Ueno

HIV-1 Nef の遺伝子多型性と機能的可塑性

HIV-1 Nef的基因多态性和功能可塑性

• 发表时间: 2012
• 作者: Gee P;Ando Y;Kitayama H;Yamamoto SP;Kanemura Y;Ebina H;Kawaguchi Y;Koyanagi Y;上野貴将
• 通讯作者: 上野貴将

Nef のウイルスレセプター発現低下機能と病態

Nef 在减少病毒受体表达方面的功能和病理生理学

• 发表时间: 2012
• 作者: 緒方陽子;Philip Mwimanzi;李小光;徳永美知代;Tristan Markle;三浦聡之;Bruce Walker ;Zabrina Brumme ;MarkBrockman;上野貴将
• 通讯作者: 上野貴将