Functional analysis of a codon-independent release factor YaeJ

密码子独立释放因子 YaeJ 的功能分析

• 批准号: 23570205
• 负责人: NAMEKI Nobukazu
• 金额: $ 3.49万
• 依托单位: Gunma University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2011
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2011 至 2013
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23570205/
• 关键词: 翻訳停滞解消因子; リボソームレスキュー; 翻訳; リボソーム; YaeJ

The YaeJ protein is a codon-independent release factor with peptidyl-tRNA hydrolysis (PTH) activity, and functions as a stalled-ribosome rescue factor in Escherichia coli. To identify residues required for YaeJ function, we performed mutational analysis for in vitro PTH activity towards rescue of ribosomes stalled on a nonstop mRNA, and for ribosome binding efficiency. We focused on residues conserved among bacterial YaeJ proteins. While no YaeJ-specific residues important for PTH activity occur in the structured GGQ domain, Arg118, Leu119, Lys122, Lys129, and Arg132 in the following C-terminal extension were required for PTH activity. All of these residues are completely conserved among bacteria. Single amino acid substitutions for each of these residues significantly decreased ribosome binding efficiency. These biochemical findings provide clues to understanding how YaeJ enters the A-site of stalled ribosomes.

YaeJ 蛋白是一种不依赖于密码子的释放因子，具有肽基-tRNA 水解 (PTH) 活性，在大肠杆菌中充当停滞核糖体救援因子。为了确定 YaeJ 功能所需的残基，我们对体外 PTH 活性进行了突变分析，以拯救停滞在不间断 mRNA 上的核糖体，并分析核糖体结合效率。我们关注细菌 YaeJ 蛋白中保守的残基。虽然结构化 GGQ 结构域中不存在对 PTH 活性重要的 YaeJ 特异性残基，但 PTH 活性需要以下 C 端延伸中的 Arg118、Leu119、Lys122、Lys129 和 Arg132。所有这些残留物在细菌中都完全保守。这些残基中每个残基的单个氨基酸取代显着降低了核糖体结合效率。这些生化发现为了解 YaeJ 如何进入停滞核糖体的 A 位提供了线索。

项目成果

ミトコンドリアにおける翻訳停滞解消因子ICT1およびC12orf65の機能解析

线粒体翻译失速解决因子ICT1和C12orf65的功能分析

• 发表时间: 2013
• 作者: 石見幸男;守谷真梨子;小暮裕幸,半田佳宏,井上裕介,行木信一;岡部弘基;小暮裕幸,半田佳宏,井上裕介,行木信一
• 通讯作者: 小暮裕幸,半田佳宏,井上裕介,行木信一

Transcriptional Analysis of the Gene Encoding the Mitochondrial Protein ICT1

线粒体蛋白ICT1基因的转录分析

• 发表时间: 2011
• 作者: Hiroyuki Kogure;Yoshihiro Handa;Yusuke Hikawa;Yusuke Inoue;Nobukazu Nameki.
• 通讯作者: Nobukazu Nameki.

変異体解析によるYaeJタンパク質の機能解析

通过突变体分析对 YaeJ 蛋白进行功能分析

• 发表时间: 2012
• 作者: Takaya;J .;Nozaki;N. and Ishimi;Y.;金井直人,小暮裕幸,稲穂紀幸,半田佳宏,行木信一
• 通讯作者: 金井直人,小暮裕幸,稲穂紀幸,半田佳宏,行木信一

翻訳停滞解消に関わるyICT1とyICT2遺伝子欠損による酵母ミトコンドリアへの影響

yICT1和yICT2基因缺失（参与解决翻译停滞）对酵母线粒体的影响

• 发表时间: 2012
• 作者: 楠俊輔;石見幸男;千葉麻里子,今泉友紀,行木信一
• 通讯作者: 千葉麻里子,今泉友紀,行木信一

Functional analysis of stalled-ribosome rescue factors ICT1 and C12orf65 in mitochondria

线粒体中停滞核糖体救援因子 ICT1 和 C12orf65 的功能分析

• 发表时间: 2013
• 作者: Sugiyama;T.;Chino;M.;Tsurimoto;T.;Nozaki;N. and Ishimi;Y.;小暮裕幸,半田佳宏,金井直人,岸本宏基,今泉友紀,永田昌弘,窪田健二,行木信一
• 通讯作者: 小暮裕幸,半田佳宏,金井直人,岸本宏基,今泉友紀,永田昌弘,窪田健二,行木信一