Functional analysis of a codon-independent release factor YaeJ

密码子独立释放因子 YaeJ 的功能分析

• 批准号: 23570205
• 负责人: NAMEKI Nobukazu
• 金额: $ 3.49万
• 依托单位: Gunma University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2011
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2011 至 2013
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23570205/
• 关键词: 翻訳停滞解消因子; リボソームレスキュー; 翻訳; リボソーム; YaeJ

The YaeJ protein is a codon-independent release factor with peptidyl-tRNA hydrolysis (PTH) activity, and functions as a stalled-ribosome rescue factor in Escherichia coli. To identify residues required for YaeJ function, we performed mutational analysis for in vitro PTH activity towards rescue of ribosomes stalled on a nonstop mRNA, and for ribosome binding efficiency. We focused on residues conserved among bacterial YaeJ proteins. While no YaeJ-specific residues important for PTH activity occur in the structured GGQ domain, Arg118, Leu119, Lys122, Lys129, and Arg132 in the following C-terminal extension were required for PTH activity. All of these residues are completely conserved among bacteria. Single amino acid substitutions for each of these residues significantly decreased ribosome binding efficiency. These biochemical findings provide clues to understanding how YaeJ enters the A-site of stalled ribosomes.

YAEJ蛋白是肽基-TRNA水解（PTH）活性的密码子独立释放因子，并且在大肠杆菌中起倒下的核糖体救援因子的作用。为了识别YAEJ功能所需的残基，我们对在不间断mRNA上停滞的核糖体和核糖体结合效率进行了体外PTH活性进行突变分析。我们专注于在细菌YAEJ蛋白中保守的残留物。虽然在结构化的GGQ结构域中没有对PTH活性重要的YAEJ特异性残基，但在以下C末端扩展中，PTH活性需要在以下C末端扩展中ARG118，LEU119，LYS122，LYS129和ARG132。所有这些残基在细菌中完全保守。这些残基的单个氨基酸取代显着降低了核糖体结合效率。这些生化发现提供了了解Yaej如何进入停滞核糖体的A位点的线索。

项目成果

ミトコンドリアにおける翻訳停滞解消因子ICT1およびC12orf65の機能解析

线粒体翻译失速解决因子ICT1和C12orf65的功能分析

• 发表时间: 2013
• 作者: 石見幸男;守谷真梨子;小暮裕幸,半田佳宏,井上裕介,行木信一;岡部弘基;小暮裕幸,半田佳宏,井上裕介,行木信一
• 通讯作者: 小暮裕幸,半田佳宏,井上裕介,行木信一

変異体解析によるYaeJタンパク質の機能解析

通过突变体分析对 YaeJ 蛋白进行功能分析

• 发表时间: 2012
• 作者: Takaya;J .;Nozaki;N. and Ishimi;Y.;金井直人,小暮裕幸,稲穂紀幸,半田佳宏,行木信一
• 通讯作者: 金井直人,小暮裕幸,稲穂紀幸,半田佳宏,行木信一

Transcriptional Analysis of the Gene Encoding the Mitochondrial Protein ICT1

线粒体蛋白ICT1基因的转录分析

• 发表时间: 2011
• 作者: Hiroyuki Kogure;Yoshihiro Handa;Yusuke Hikawa;Yusuke Inoue;Nobukazu Nameki.
• 通讯作者: Nobukazu Nameki.

細菌・ミトコンドリアにおけるtmRNA非依存的な翻訳停滞解消機構

细菌和线粒体中不依赖 tmRNA 的翻译失速解决机制

• 发表时间: 2014
• 期刊: 生化学
• 作者: S. Murayama;B. Su;K. Okabe;A. Kishimura;M. Osada;M. Miura;T. Funatsu;K. Kataoka;M. Kato.;行木信一
• 通讯作者: 行木信一

Functional analysis of stalled-ribosome rescue factors ICT1 and C12orf65 in mitochondria

线粒体中停滞核糖体救援因子 ICT1 和 C12orf65 的功能分析

• 发表时间: 2013
• 作者: Sugiyama;T.;Chino;M.;Tsurimoto;T.;Nozaki;N. and Ishimi;Y.;小暮裕幸,半田佳宏,金井直人,岸本宏基,今泉友紀,永田昌弘,窪田健二,行木信一
• 通讯作者: 小暮裕幸,半田佳宏,金井直人,岸本宏基,今泉友紀,永田昌弘,窪田健二,行木信一