Analysis of a regulation system by a non-coding RNA that is involved in trans-splicing

参与转拼的非编码 RNA 的调控系统分析

• 批准号: 17310115
• 负责人: SHIMADA Hiroaki
• 金额: $ 9.91万
• 依托单位: Tokyo University of Science
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2005
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2005 至 2007
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-17310115/
• 关键词: rice; non-coding RNA; gene regulation; transgenic plants; control of translation; upstream ORF; 遺伝子発現調節; 非飜訳RNA; 形質転換体; 飜訳調節; RNAi個体; 発生・再分化; 非コードRNA; アンチセンスRNA; 機能制御; スプライシング; cDNA; 転写

The gene for a protein kinase, SPK, is divided into two parts. The region for the first part, corresponding to the exon 1, is independently expressed and may function as a non-coding RNA. We found a novel gene encoding an unidentified protein, OsMacl, on the opposite strand of the SPK exon 1 region, suggesting that the exon 1 RNA is a natural antisense RNA and may regulate this protein gene. The mRNA for OsMacl contained a long 5' untranslated sequence and there were several small ORFs, upstream ORF (uORF) , in this region. Since OsMacl was predicted to be localized in the cell membrane, this protein was suggested to be function as somewhat involved in external signals. The reported assay using the GUS gene revealed that the GUS gene downstream the uORFs of OsMacl was efficiently translated. These results suggest that there are some unknown regulation system using such uORFs.

蛋白激酶 SPK 的基因分为两部分。第一部分的区域对应于外显子1，独立表达并且可以作为非编码RNA发挥作用。我们在 SPK 外显子 1 区域的相对链上发现了一个编码未知蛋白 OsMacl 的新基因，表明外显子 1 RNA 是天然反义 RNA，可能调节该蛋白基因。 OsMac1的mRNA包含长的5'非翻译序列并且在该区域中有几个小ORF，即上游ORF(uORF)。由于 OsMacl 被预测位于细胞膜中，因此该蛋白质被认为在某种程度上参与了外部信号的功能。报道的使用 GUS 基因的测定表明 OsMacl uORF 下游的 GUS 基因被有效翻译。这些结果表明存在一些未知的调控系统使用此类uORF。

项目成果

Genetic structure and biological properties of the first ancient multiresistance plasmid pKLH80 isolated from a permafrost bacterium.

从永久冻土细菌中分离出的第一个古老的多抗性质粒 pKLH80 的遗传结构和生物学特性。

• DOI: 10.1099/mic.0.079335-0
• 发表时间: 2014-10-01
• 期刊: Microbiology
• 影响因子: 1.5
• 作者: M. Petrova;Anton Kurakov;Natalya A Shcherbatova;S. Mindlin
• 通讯作者: S. Mindlin

Metabolic engineering of coenzyme Q by modification of isoprenoid side chain in plant

植物中类异戊二烯侧链修饰辅酶Q的代谢工程

• 发表时间: 2006
• 作者: Sakiko Takahashi; Yuki Ogiyama; Hiroaki Kusano; Hiroaki Shimada; Makoto Kawamukai; Koh
• 通讯作者: Koh

Molecular characterization of ONAC300, a novel NAC gene specifically expressed at early stages in various developing tissues of rice

ONAC300 的分子特征，一种新型 NAC 基因，在水稻各种发育组织的早期阶段特异性表达

• 发表时间: 2005
• 作者: H.Kusano; T.Asano; H.Shimada; K.Kadowaki
• 通讯作者: K.Kadowaki

uORFを有する機能未知遺伝子の解析

具有 uORF 的功能未知基因的分析

• 发表时间: 2007
• 作者: 寺村 浩; 他
• 通讯作者: 他

UORFを有するイネ機能未知遺伝子の解析

具有UORF的水稻功能未知基因分析

• 发表时间: 2007
• 作者: 寺村浩; 他
• 通讯作者: 他