ポリA鎖長に概日リズムが見られるmRNAのゲノムワイド検索

全基因组搜索具有多聚腺苷酸链长度昼夜节律的 mRNA

• 批准号: 22651072
• 负责人: 程 肇
• 金额: $ 2.11万
• 依托单位: Kanazawa University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
• 财政年份: 2010
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2010 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22651072/
• 关键词: 概日リズム; 視交叉上核; 時計遺伝子; Period1; poly(A); 翻訳制御

生物には概日リズムとよばれる、約24時間周期の自律的な活動リズムが見られる。真核生物の概日リズム形成には、転写制御フィードバックループが一義的な機能を担うとされる。一方転写リズムがなくても、多数のタンパク質で発現概日リズムが見出され、タンパク質の時刻依存的濃度変化を構築する転写後制御機構(翻訳やタンパク質分解)も、概日振動ネットワークが機能するために重要であることが明らかとなった。本年度は我々が開発した新規ポリA鎖決定法の反応の最適化を図るとともに、ゲノムワイドに展開するための基盤整備、そしてmRNAポリA鎖長に概日リズムが見られる遺伝子をゲノムワイドに検索するパイロットプロジェクトを実施した。その結果、poly(A-T)鎖を効率的に捕捉増幅する酵素の選定と反応条件を決定し、新たに構築した遺伝子特異的プライマーのデザインツールを用いてヒト、マウス、ラットの全mRMAの3'末端に対するプライマーをデザインした。さらに、ポリA鎖長を測定するための自動電気泳動装置出力データをpoly(A)鎖長分布解析プログラムを開発した。そして、この方法の有効性を実際の実験で評価するために、これらの条件と方法を用いてラットの約500の遺伝子mRNAのポリA鎖長を測定した。

活生物体具有自主的活动节奏，每天大约需要24小时，称为昼夜节律。据说转录控制的反馈回路在真核生物的昼夜节律形成中起着独特的功能。另一方面，即使没有转录节奏，也可以在许多蛋白质中找到表达的昼夜节律，并且已经揭示了转录后调节机制（翻译和蛋白水解），构造时间依赖性蛋白质的蛋白质变化对于昼夜节律的功能也很重要。今年，我们旨在优化我们开发的新型Poly-A链测定方法的反应，以及全基因组部署的基础，以及一个试点项目，以搜索MRNA Poly-A链长度中具有昼夜节律的基因的基因。结果，确定了有效捕获和扩增聚（A-T）链和反应条件的酶的选择，并使用新建造的基因特异性引物设计工具设计了所有MRMA的3'端的引物。此外，使用自动电泳设备的输出数据开发了一个poly（a）链长度分布分析程序，以测量polya链长。为了评估该方法在实际实验中的有效性，这些条件和方法用于测量大鼠大约500个基因mRNA的Polya链长度。