Development of Gene Regulatory Network Analysis Methods for Revealing Cell Differentiation Processes

开发揭示细胞分化过程的基因调控网络分析方法

• 批准号: 22310125
• 负责人: MATSUDA Hideo
• 金额: $ 11.98万
• 依托单位: Osaka University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2010
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2010 至 2012
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22310125/
• 关键词: 遺伝子ネットワーク; 細胞分化; ベイジアンネットワーク; 遺伝子制御ネットワーク; 遺伝子発現プロファイル; バイオインフォマティクス; 遺伝子発現解析

We constructed a mathematical model for expressing gene regulatory relationships, based on gene regulatory networks, on multiple cell differentiations. We successfully explored several regulatory genes appeared in both of the two cell differentiations of mouse adipocytes and osteoblasts. We developed a parallel processing method on massively parallel servers to reduce a large amount of computational costs of the processing.

我们构建了一个数学模型，用于基于基因调节网络来表达基因调节关系，以多种细胞分化。我们成功地探索了小鼠脂肪细胞和成骨细胞的两个细胞分化中的几个调节基因。我们在大规模并行服务器上开发了一种并行处理方法，以降低处理的大量计算成本。

项目成果

Feature selection for specifying experimental conditions that activate gene transcriptions

用于指定激活基因转录的实验条件的特征选择

• 发表时间: 2011
• 作者: Nozawa A;Ogasawara T;Matsunaga S;Iwasaki T;Sawasaki T;Endo Y;Sho Ohsuga
• 通讯作者: Sho Ohsuga

大規模遺伝子ネットワーク解析とその応用

大规模基因网络分析及其应用

• 发表时间: 2010
• 作者: Ichinose;N.;Yada;T.;Gotoh O.;松田秀雄
• 通讯作者: 松田秀雄

Network analysis for time-series expression profile using nested effects models

使用嵌套效应模型对时间序列表达谱进行网络分析

• 发表时间: 2011
• 作者: Tatsuya Kitaguchi;Shigeto Seno;Yoichi Takenaka;Hideo Matsuda
• 通讯作者: Hideo Matsuda

Reconstruction of Gene Regulatory Networks for Drug Target Discovery

药物靶点发现的基因调控网络重建

• 发表时间: 2010
• 作者: Chen;G.;Li;Y.;Zhang;Y.;Wu;J.;Hideo Matsuda
• 通讯作者: Hideo Matsuda

Revealing regulatory relationships of crosstalk with multiple time-series gene expression profiles

揭示串扰与多个时间序列基因表达谱的调控关系

• 发表时间: 2010
• 作者: Kiyoshi Yoshizawa;Shigeto Seno;Yoichi Takenaka;Hideo Matsuda
• 通讯作者: Hideo Matsuda