Accurate structural analysis of natively unfolded proteins by the solution X-ray scattering

通过溶液 X 射线散射对天然未折叠蛋白质进行准确的结构分析

• 批准号: 21700322
• 负责人: SEKI Yasutaka
• 金额: $ 2.83万
• 依托单位: Iwate Medical University (2010)Nagaoka University of Technology (2009)
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2009
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2009 至 2010
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21700322/
• 关键词: 分子シミュレーション; 天然解鎖蛋白質; 溶液X線散乱法

A new method for generating polypeptide conformations has been developed for studying structural characteristics of unfolded proteins. Those of proteins in high-concentration denaturant solution were analyzed by comparing predictions from this method with results from solution X-ray scattering measurement. Analysis of the dependence of mean square radius on the number of residues and the shape of Kratky profiles for polypeptide chains has confirmed that a high-concentration denaturant solution serves as a good solvent. We found also that, for a conformational ensemble to reproduce experimental data, the probability that main-chain dihedral angles are in the α-region must be in the range of 20 to 40%.

开发了一种生成多肽构象的新方法，用于研究未折叠蛋白质的结构特征，通过将该方法的预测与溶液 X 射线散射测量的结果进行比较来分析蛋白质的结构特征。残基数量的均方半径和多肽链的 Kratky 谱形状已证实高浓度变性剂溶液是良好的溶剂，我们还发现，对于重现实验数据的构象系综，主链二面角位于α区域的概率必须在20%到40%之间。

项目成果

分子モデリング法と溶液X線散乱法による天然解鎖蛋白質の構造解析

使用分子建模和溶液 X 射线散射对天然无链蛋白质进行结构分析

• 发表时间: 2009
• 作者: Nakamura;S.;Seki;Y.;Katoh;E.;Kidokoro;S.-i.;中村茂芳;曽田邦嗣;関安孝;関安孝;関安孝;関安孝
• 通讯作者: 関安孝

Thermodynamic and Structural Properties of the Acid Molten Globule State of Horse

马酸熔球态的热力学和结构性质

• 发表时间: 2011
• 期刊: Cytochrome c Biochemistry 50
• 作者: Nakamura;S.;Seki;Y.;Katoh;E.;Kidokoro;S.-i.
• 通讯作者: S.-i.

Thermodynamic and Structural Properties of the Acid Molten Globule State of Horse Cytochrome c

• DOI: 10.1021/bi101806b
• 发表时间: 2011-04-19
• 期刊: BIOCHEMISTRY
• 影响因子: 2.9
• 作者: Nakamura, Shigeyoshi;Seki, Yasutaka;Kidokoro, Shun-ichi
• 通讯作者: Kidokoro, Shun-ichi

解けたタンパク質のNMR残余双極子結合定数の推定法

估计已溶解蛋白质的 NMR 残余偶极耦合常数的方法

• 发表时间: 2010
• 作者: Nakamura;S.;Seki;Y.;Katoh;E.;Kidokoro;S.-i.;中村茂芳;曽田邦嗣;関安孝;関安孝;関安孝
• 通讯作者: 関安孝

分子モデリング法と溶液X線散乱法による天然解蛋白質の構造解析

使用分子建模和溶液 X 射线散射对天然蛋白质进行结构分析

• 发表时间: 2009
• 作者: Nakamura;S.;Seki;Y.;Katoh;E.;Kidokoro;S.-i.;中村茂芳;曽田邦嗣;関安孝;関安孝;関安孝;関安孝;関安孝
• 通讯作者: 関安孝