Theoretical analysis of functional mechanisms of biological macromolecules using hybrid quantum mechanics/molecular mechanics molecular dynamics simulation

利用混合量子力学/分子力学分子动力学模拟理论分析生物大分子的功能机制

基本信息

批准号：
21340108
负责人：
TATENO Masaru
金额：
$ 12.15万
依托单位：
University of Hyogo (2011)University of Tsukuba (2009-2010)
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
财政年份：
2009
资助国家：
日本
起止时间：
2009 至 2011
项目状态：
已结题

项目摘要

In thisstudy, mechanisms of biochemical reactions of crucial biological macromolecularsystems wereanalyzedbyemploying hybrid quantummechanicsQM molecularmechanicsMM molecular dynamicsMDsimulation, whichisastate-of-the-art theoretical methodology. As aconsequence of the analyses, we revealedthe significance of "hybrid ribozyme/protein catalyst" andits reaction mechanism, the functional roles of a novelprotein structural element involving "Nainteraction", modulation mechanismsof electronic structures ofDNA bases by protein-DNA interaction, unidirectional mechanisticvalved mechanisms for ammonia transport in protein, etc.

在本研究中，至关重要的生物学大分子系统的生化反应机制差异化杂种量化量抑制了分子QM分子QM分子动力学，构图，以及静止的理论方法。作为分析的影响，我们揭示了“杂交核酶/蛋白催化剂”和质量反应机制的重要性，这是涉及“ Nainteraction”的新颖蛋白结构元素的功能作用，涉及“ Nainteraction”，通过蛋白质 - DNA相互作用的电子结构的调节机制，用于蛋白质 - DNA相互作用，Unirectiontriptional机械机制，蛋白质中的氨运输，等。

项目成果

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专利数量（0）

Improvement of an automatic identification algorithm of transcription factor binding sites in genome DNA sequences coupled to ChIP-data

与 ChIP 数据耦合的基因组 DNA 序列中转录因子结合位点的自动识别算法的改进

DOI：
发表时间：
2011
期刊：
影响因子：
0
作者：
Ryo Nakaki;Masaru Tateno
通讯作者：
Masaru Tateno

Theoretical analysis of electronic and geometrical structures of heroes a/a_3 modulated by the bovine cytochrome c oxidase in the reduced and oxidized states

牛细胞色素c氧化酶还原态和氧化态调控英雄a/a_3电子和几何结构的理论分析

DOI：
发表时间：
2009
期刊：
影响因子：
0
作者：
J.Kang;et al.
通讯作者：
et al.

Structural modelling of the complex of leucyl-tRNA synthetase and mis-aminoacylated tRNALeu

DOI：
10.1016/j.febslet.2009.01.049
发表时间：
2009-02-18
期刊：
FEBS LETTERS
影响因子：
3.5
作者：
Hagiwara, Yohsuke;Nureki, Osamu;Tateno, Masaru
通讯作者：
Tateno, Masaru

Some Applications of Quantum Mechanics

量子力学的一些应用

DOI：
发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
0
作者：
Jiyoung Kang;Yohsuke Hagiwara;Masaru Tateno
通讯作者：
Masaru Tateno

Computational study of catalytic mechanisms of hybrid ribozyme/protein catalyst

杂化核酶/蛋白质催化剂催化机理的计算研究

DOI：
发表时间：
2010
期刊：
影响因子：
0
作者：
M. Katsuragawa;F. L. Hong;M. Arakawa;and T. Suzuki S. DeSilvestri;K. A. Nelson;E. Riedle;R. W. Schoenlein;M.Tateno
通讯作者：
M.Tateno