Application of an effective post-labeling method using RNA methyltransferases and synthetic AdoMet-derivatives.

应用使用 RNA 甲基转移酶和合成 AdoMet 衍生物的有效后标记方法。

• 批准号: 21603018
• 负责人: BESSHO Yoshitaka
• 金额: $ 3万
• 依托单位: The Institute of Physical and Chemical Research
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2009
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2009 至 2011
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21603018/
• 关键词: 生物・生体工学; バイオテクノロジー; 酵素反応; タンパク質; メチル基転位酵素; tRNA; 人工補酵素; S-アデノシルメチオニン

We utilized a chemical biology approach to develop a site-specific RNA labeling method, in which nucleic acids can be covalently modified at nucleotide precision using engineered methyltransferases and synthetic analogs of their cofactor, AdoMet. By conjugating fluorescent probes to the extended group of the synthetic AdoMet, we successfully developed the core technologies to incorporate fluorescent labels into microcrystals of complexes of tRNA and its maturation enzymes, which cannot be observed by visible light, and the instrument to detect the fluorescent label incorporated into the sample crystal. A microcrystal X-ray diffraction method was developed, using the fluorescent microcrystals of the complex of the post-labeled tRNA and its maturation enzymes and the co-axial microscope installed on the micro-focus beamline BL32XU of the SPring-8 synchrotron.

我们利用一种化学生物学方法来开发一种位点特异性的RNA标记方法，其中可以使用工程甲基转移酶和辅助因子Adomet的核苷酸精度将核酸在核苷酸精度上共价修饰。通过将荧光探针结合到合成ADOMEM的扩展组中，我们成功地开发了核心技术，将荧光标签掺入了TRNA及其成熟酶的微晶及其成熟酶的微晶，这些酶无法通过可见光观察到，并且该仪器以检测将荧光标记掺入样品晶体中。使用后标记的tRNA的复合物及其成熟酶以及安装在Spring-8 Synchrotron的微焦点Beam线BL32XU上的同轴显微镜，开发了一种微晶X射线衍射法。

项目成果

Substrate tRNA Recognition Mechanism of a Multisite-specific tRNA Methyltransferase, Aquifex aeolicus Trm1, Based on the X-ray Crystal Structure

• DOI: 10.1074/jbc.m111.253641
• 发表时间: 2011-10-07
• 期刊: JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY
• 影响因子: 4.8
• 作者: Awai, Takako;Ochi, Anna;Hori, Hiroyuki
• 通讯作者: Hori, Hiroyuki

原始生命における核酸修飾と遺伝暗号

原始生命中的核酸修饰和遗传密码

• 发表时间: 2011
• 作者: M. Staoh;T. Suwada;N. Iida(KEK);S. Telada;K. Minoshima(AIST);神門正城;別所義隆;諏訪田剛;神門正城;別所義隆;佐藤政則;M. Kando;別所義隆
• 通讯作者: 別所義隆

SPring-8/XFELの新しい光に期待する古細菌RNA/RNP分子イメージング手法の開発

基于SPring-8/XFEL新光的古菌RNA/RNP分子成像方法的开发

• 发表时间: 2011
• 作者: Awai T.;et al;佐藤政則;T. Suwada and M. Satoh;別所義隆
• 通讯作者: 別所義隆

Crystal structure of the bifunctional tRNA modification enzyme MnmC from Escherichia coli

• DOI: 10.1002/pro.659
• 发表时间: 2011-07-01
• 期刊: PROTEIN SCIENCE
• 影响因子: 8
• 作者: Kitamura, Aya;Sengoku, Toru;Bessho, Yoshitaka
• 通讯作者: Bessho, Yoshitaka

Crystal Structure of Methanocaldococcus jannaschii Trm4 Complexed with Sinefungin

• DOI: 10.1016/j.jmb.2010.06.046
• 发表时间: 2010-08-20
• 期刊: JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY
• 影响因子: 5.6
• 作者: Kuratani, Mitsuo;Hirano, Masashi;Yokoyama, Shigeyuki
• 通讯作者: Yokoyama, Shigeyuki