Dynamic study on three SH3 domain proteins, mainly consisted by beta structures

三种以β结构为主的SH3结构域蛋白的动态研究

• 批准号: 20540400
• 负责人: KIHARA Hiroshi
• 金额: $ 2.91万
• 依托单位: Kansai Medical University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2008
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2008 至 2010
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20540400/
• 关键词: フォールディング; フォールディング初期中間体; クライオストップトフロー法; SH3ドメイン蛋白質; SH3; 蛋白質のフォールディング; PI3K SH3; アミロイド線維形成; α-ヘリックスの多い初期中間体; X線溶液散乱; src SH3; βラクトグロブリン; αヘリックス; 円偏光二色性

Folding process of three homologous SH3 proteins (src, Fyn and PI3K domain proteins) were monitored by cryo-stopped-flow method combined with circular dichroism (CD),fluorescence and X-ray scattering. Results show that the folding pathways are different from each other, though the native tertiary structures are similar with each other. Transiently appeared intermediate of src SH3 are rich in alpha-helix. Its structure was calculated by two programs, GASBOR and SAXS-MD. Both structures are similar at least in terms of gross conformation. The intermediate calculated by SAXS-MD shows atomic coordinates which gives us main chain conformation in the transiently appearing structure.

采用冷冻停流法结合圆二色性（CD）、荧光和X射线散射技术监测三种同源SH3蛋白（src、Fyn和PI3K结构域蛋白）的折叠过程。结果表明，尽管天然三级结构彼此相似，但折叠途径彼此不同。瞬时出现的src SH3中间体富含α-螺旋。其结构由两个程序GASBOR和SAXS-MD计算。两种结构至少在总体构象方面相似。 SAXS-MD 计算的中间体显示了原子坐标，这为我们提供了瞬时出现的结构中的主链构象。

项目成果

An observed α-helical burst of FHA1 domain of Rad53 in the folding pathway

折叠途径中观察到的 Rad53 FHA1 结构域的 α 螺旋爆发

• 发表时间: 2009
• 作者: Y.Matsumura;M.Shinjo;A.Mahajan;MD.Tsai;H.Kihara
• 通讯作者: H.Kihara

alpha-helical burst on the folding pathway of FHA domains from Rad53 and Ki67.

来自 Rad53 和 Ki67 的 FHA 结构域折叠途径上的 α 螺旋爆发。

• 发表时间: 2010
• 期刊: Biochimie 92(8)
• 作者: 日置幸介;松尾功二;松村義隆,新庄正路,Anjali Mahajan,Ming-Daw Tsai,木原裕
• 通讯作者: 松村義隆,新庄正路,Anjali Mahajan,Ming-Daw Tsai,木原裕

Alpha-helix-rich intermediate on the protein folding pathway studied by cryo-stopped flow method, Leopoldina-Symposium

通过冷冻停止流动方法研究蛋白质折叠途径中富含α螺旋的中间体，Leopoldina-Symposium

• 发表时间: 2010
• 作者: 日置幸介;松尾功二;木原裕
• 通讯作者: 木原裕

Structural analysis on folding intermediate of srcSH3

srcSH3折叠中间体的结构分析

• 发表时间: 2010
• 作者: 松尾功二;日置幸介;Masaji Shinjo
• 通讯作者: Masaji Shinjo

The transient and equilibrium intermediates of src SH3 refolding

src SH3重折叠的瞬时和平衡中间体

• 发表时间: 2008
• 作者: Xianju Jin;Jinsong Li;Masaji Shinjo;Yos hitaka Matsumura;Hiroshi Kihara
• 通讯作者: Hiroshi Kihara