ポストゲノム時代の家畜生産現場における遺伝子情報の活用に関する研究

后基因组时代畜牧生产现场遗传信息利用研究

基本信息

批准号：
19658104
负责人：
廣岡博之
金额：
$ 2.11万
依托单位：
Kyoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
财政年份：
2007
资助国家：
日本
起止时间：
2007 至 2009
项目状态：
已结题

项目摘要

近年のヒトゲノムプロジェクトに代表されるゲノミックスの飛躍的な進歩と発展に伴い、一すべての哺乳類のDNAシークエンスの類似性が明らかになり、ヒトやマウスで開発された先端技術が家畜にも応用され、その結果、家畜に関する遺伝性疾患遺伝子や経済形質に関与する遺伝子(QTL)の位置と効果が解明されつつある。本年度は以下の3つの研究を行った。その第1は、ゲノムワイドでの高密度なマーカーを用いて家畜の遺伝的能力を評価する方法の有用性をマウスのデータを用いて検討した。マウスの体長と総コレステロールの2形質を対象に、QTL解析データを基にして有意なSNPを10個選び、それらの相加的効果および優性効果を推定し、その効果を基にしてマーカースコアを作成した。その結果、表現型のみの情報を用いたときの体長と総コレステロールに関する遺伝分散は、表現型とマーカースコアの情報を両方取り込んだときの遺伝分散はそれぞれ0.020、0.042であり、表現型のみの情報を用いたときの半分程度であることを示した。現在、同様の方法を黒毛和種集団に適用すべく、枝肉重量に関与すると考えられる遺伝子マーカーを5個選び、タイピングを行っている。第2は、ゲノム育種価に加え、親の予測育種価、後代の表現型情報が利用できる場合を想定し、ゲノミック評価における育種価の正確度を検討した。その結果、ゲノム育種価の正確度が低いときは、ゲノム育種価、親の予測育種価に加え、後代の表現型情報を取り入れることで、さらなる育種価の正確度の上昇が見込まれることが示唆された。第3は、サンプル個体群のSNPマーカーにおけるヘテロ接合度過剰から集団の有効な大きさを区間推定する方法を開発した。コンピュータ・シミュレーションの結果は、開発した方法はNeについてわずかに幅の広い信頼区間1を与えるが、実用上きわめて有効性が高いことを示唆するものであった。

近年来，以人类基因组计划为代表的基因组学的快速进步和发展，已经清楚所有哺乳动物的DNA序列都是相似的，为人类和小鼠开发的先进技术现在正应用于牲畜。结果，家畜遗传病基因和涉及经济性状的基因（QTL）的位置和影响正在被阐明。今年，我们进行了以下三项研究。首先，我们使用小鼠数据来检验使用全基因组高密度标记评估牲畜遗传能力的方法的有用性。针对小鼠体长和总胆固醇这两个性状，我们根据QTL分析数据选择了10个显着的SNP，估计了它们的加性效应和显性效应，并根据这些效应计算了标记得分。结果表明，仅使用表型信息时的体长和总胆固醇的遗传方差为0.020，而结合表型和标记评分信息时的遗传方差分别为0.020和0.042，其量约为使用时的一半。使用。目前，为了将类似的方法应用于日本黑猫种群，我们正在选择并键入五个被认为与胴体重量有关的遗传标记。其次，我们考虑了基因组评估中育种值的准确性，假设除了基因组育种值之外，还可以使用亲本的预测育种值和后代的表型信息。结果表明，当基因组育种值的准确性较低时，除了亲本的基因组育种值和预测育种值之外，还可以通过结合后代的表型信息来进一步提高育种值的准确性。。第三，我们开发了一种根据样本群体中 SNP 标记的过度杂合度估计群体有效规模的方法。计算机模拟结果表明，所开发的方法为 Ne 提供了稍宽的置信区间1，但在实践中非常有效。