決定的ハプロタイプに基づく日本人ヒトゲノム中の自然選択領域の検出

基于确定的单倍型检测日本人类基因组中的自然选择区域

• 批准号: 18710163
• 负责人: 日笠 幸一郎
• 金额: $ 2.24万
• 依托单位: Kyushu University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2006
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2006 至 2007
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18710163/
• 关键词: ゲノム; 進化; ハプロタイプ

本研究の目的は、日本全国から収集した胞状奇胎と呼ばれる特殊な検体を用いて、日本人集団の"確定ハプロタイプ"構造を明らかにし、自然選択を受けた染色体領域と対立遺伝子(アリル)を検出することである。同集団のハプロタイプ構造は、国際ハプマップ計画によっても得られるが、親子関係にある検体を用いることなく統計的に決定した推定ハプロタイプであるために、それを自然選択領域の検出に用いた場合の誤検出が懸念される。そこで今年度は、昨年度ゲノムワイドに行った約28万個の一塩基多型(SNP)のタイピングデータに加えて、更に50万個のタイピングを実施し、得られたより詳細な確定ハプロタイプ情報を基に、確定、推定ハプロタイプ間の比較を行った。確定ハプロタイプにおいて、(1)連鎖不平衡係数の距離依存的な平均値の減衰傾向は、より遅く、(2)ハプロタイプホモ接合伸長度は、より大きい、ことを示した。これらの結果は、確定ハプロタイプのペアリングよって擬似的なディプロイド個体を作成した後、推測プロセスを経由したハプロタイプ間との比較においても検出された。この事実は、(1)(2)の結果が、胞状奇胎とハプマップ検体間のサンプリングバイアスではなく、推測するプロセスにおいて生じた誤りであることを示唆し、自然選択領域検出に影響を及ぼす可能性が高いことを意味する。そこで、昨年度開発したプログラムを改良し、更に検出感度の高い比較統計量を開発・実装し、特に推定ハプロタイプでは検出しえない自然選択領域がゲノム中に散在することを明らかにした。これらの結果は、50万個という詳細なタイピングを行うことにより明らかとなった、確定ハプロタイプの重要な利点である。今回決定したタイピングデータは、有用なリソースとしてデータベース化し、解析結果は、アメリカ人類遺伝学会(San Diego,California,America)、及び、国際先進ゲノミクス学会(東京)にて発表した。

这项研究的目的是利用从日本各地收集的称为葡萄胎的特殊标本来阐明日本人群的“确定的单倍型”的结构，并鉴定经过自然选择的染色体区域和等位基因。同一群体的单倍型结构也可以通过国际单体型图计划获得，但由于它是在不使用亲子关系样本的情况下统计确定的估计单倍型，因此如果用它来检测自然选择区域可能会出现错误。检测是一个问题。因此，本财年，除了我们去年在全基因组范围内进行的约28万个单核苷酸多态性（SNP）的分型数据外，我们还将对另外50万个SNP进行分型，并根据获得的更详细的确认单倍型信息接下来，对确认的和推断的单倍型进行比较。对于已建立的单倍型，我们发现（1）连锁不平衡系数的距离依赖性平均衰减趋势较慢，（2）单倍型纯合延伸程度较大。当通过配对确认的单倍型创建伪二倍体个体，然后通过推理过程在单倍型之间进行比较时，也检测到了这些结果。这一事实表明，(1)和(2)的结果不是由于葡萄胎和hapmap样本之间的抽样偏差，而是估计过程中发生的错误，并且可能影响自然选择区域的检测。高质量。因此，我们改进了去年开发的程序，开发并实施了检测灵敏度更高的比较统计，并阐明了散布在整个基因组中的自然选择区域是无法使用假定的单倍型检测到的。这些结果是确定单倍型的重要优势，这是通过 500,000 个单倍型的详细分型揭示的。这次确定的分型数据被编入数据库作为有用的资源，分析结果在美国人类遗传学学会（美国加利福尼亚州圣地亚哥）和国际先进基因组学学会（东京）上发表。

项目成果

Narrowing the regions of allelic loss of chromosorne 1p36 in meningioma tissues by an improved SSCP analysis.

通过改进的 SSCP 分析缩小脑膜瘤组织中染色体 1p36 等位基因丢失的区域。

• 发表时间: 2007
• 期刊: International Journal of Cancer 122
• 作者: Guan;Y;et. al.
• 通讯作者: et. al.

Enhanced D-HaploDB: definitive haplotyes and extended haplotype information determined by genotyping complete hydatidiform mole samples.

增强型 D-HaploDB：通过对完整葡萄胎样本进行基因分型确定的确定单倍体和扩展单倍型信息。

• 发表时间: 2007
• 作者: 鎌足雄司;吉見陽児;松本友治;児玉耕太;桑田一夫;日笠 幸一郎
• 通讯作者: 日笠 幸一郎

QSNPlite, a software system for quantitative analysis of SNPs based on capillary array SSCP analysis.

QSNPlite，一种基于毛细管阵列 SSCP 分析的 SNP 定量分析软件系统。

• 发表时间: 2006
• 期刊: Electrophoresis 27(19)
• 作者: Tahira T;Okazaki Y;Miura K;Yoshinaga A;Masumoto K;Higasa K;Kukita Y;Hayashi K.
• 通讯作者: Hayashi K.