ミオシン軽鎖の分子進化と構造進化

肌球蛋白轻链的分子和结构演化

• 批准号: 07780575
• 负责人: 中山 享
• 金额: $ 0.64万
• 依托单位: Nagasaki University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
• 财政年份: 1995
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1995 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-07780575/
• 关键词: ミオシン; 分子進化; 立体構造

ミオシン軽鎖の分子進化を解析するため、まず以下の要領でミオシン軽鎖のアミノ酸配列データベースを作成した。(1)ミオシン軽鎖のアミノ酸配列(断片構造は除外する)を、インターネットを介してデータベース(PIR:protein information resource)から抽出する。(2)抽出された配列を軽鎖の種類(触媒軽鎖、調節軽鎖)、細胞の種類(骨格筋、心筋、平滑筋、非筋細胞など)、および生物種に基づいて分類し、配列を識別するための信号をつける。(3)アミノ酸配列アラインメントプログラム(align)を用いて全配列のアラインメントを行う。(4)全アミノ酸配列を、米国ワシントン大学のDr.Felsensteinから提供された系統樹作製プログラムパッケージ(PHYLIP:Phylogeny Inference Package)の入力データとして使えるようなフォーマットにして一つのファイルにまとめる。次に、上記のミオシン軽鎖アミノ酸配列データベースを用いて系統樹を作製した。系統樹作成用のコンピュータプログラムとしては、PHYLIPパッケージの中のアミノ酸配列および距離行列を入力データとする数種のプログラム(PROTPARS,PROTDIST,FITCH,KITSCH,NEIGHBORなど)を用いた。これらのプログラムにミオシン軽鎖アミノ酸配列を入力し、系統樹を作製した。さらに、得られた系統樹に基づいて、最大節約の仮定を用いて主な分岐点の祖先型のミオシン軽鎖のアミノ酸配列を推定した。また、既に立体構造が決定されているミオシン軽鎖(ニワトリ触媒軽鎖・調節軽鎖、ホタテ調節軽鎖)の構造を参考にして祖先型ミオシン軽鎖の立体構造を予測するため、米国San Diego Supercomputer Centerより3次元分子モデル作成プログラム、XtalViewを入手し、平成7年度科学研究費補助金により設備備品として購入したグラフィックス専用パーソナルコンピュータシステムにインストールした。

为了分析肌球蛋白轻链的分子进化，我们首先创建了肌球蛋白轻链的氨基酸序列数据库如下。 (1)通过互联网从数据库(PIR：蛋白质信息资源)中提取肌球蛋白轻链的氨基酸序列(不包括片段结构)。 (2) 根据轻链类型（催化轻链、调节轻链）、细胞类型（骨骼肌、心肌、平滑肌、非肌肉细胞等）、生物种类对提取的序列进行分类；附加一个信号来识别(3)使用氨基酸序列比对程序(align)比对所有序列。 (4)将所有氨基酸序列编译成一个文件，其格式可用作美国华盛顿大学Felsenstein博士提供的系统发育树创建程序包(PHYLIP：Phylogeny Inference Package)的输入数据。接下来，使用上述肌球蛋白轻链氨基酸序列数据库构建系统发育树。 PHYLIP 包中使用氨基酸序列和距离矩阵作为输入数据的几个程序（PROTPARS、PROTDIST、FITCH、KITSCH、NEIGHBOR 等）被用作创建系统发育树的计算机程序。将肌球蛋白轻链氨基酸序列输入到这些程序中以创建系统发育树。此外，基于获得的系统发育树，利用最大简约性假设估计了主要分支点的祖先肌球蛋白轻链的氨基酸序列。另外，为了参考已经确定三维结构的肌球蛋白轻链（鸡催化轻链/调节轻链、扇贝调节轻链）的结构来预测祖先肌球蛋白轻链的三维结构），我们在美国圣地亚哥进行了研究，我们从超级计算机中心获得了 3D 分子模型创建程序 XtalView，并将其安装在作为 1995 年科学援助基金的设备购买的纯图形个人计算机系统上。研究。