グラム陽性細菌におけるオルソログ遺伝子の分布の比較に関する研究

革兰氏阳性菌直系同源基因的比较分布研究

• 批准号: 16700274
• 负责人: 平川 英樹
• 金额: $ 2.37万
• 依托单位: Kyushu University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2004
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2004 至 2006
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-16700274/
• 关键词: バイオインフォマティクス; ゲノム比較; グラム陽性細菌; バイオインフォマテクス; 比較ゲノム; バイオインフォマティクス; ゲノム比較; グラム陽性細菌; バイオインフォマテクス; 比較ゲノム

全ゲノム配列が決定された183種の微生物を対象として、それぞれの微生物でのリーディング鎖とラギング鎖上における遺伝子の分布の比較を行なった.Proteobacteria門、firmicutes門(低GCグラム陽性細菌)、Actinobacteria門(高GCグラム陽性細菌)におけるリーディング鎖に存在する遺伝子の全遺伝子数に対するそれぞれの割合は、49〜67%、51〜87%、53〜73%であった.これらのうち、低GCグラム陽性細菌であるFirmicutes門では偏りが特に大きく、Baclllales網が75.7%、Lactobacillales網が78.8%、Clostridia網が82.9%、Mollicutes網が69.0%であった.そこで、遺伝子の重複と偏りとの関係を調べるために、全遺伝子についてオルソルグとパラログの関係を計算し、それらの遺伝子のDNA鎖上における偏りの程度を調べた.オルソルグ遺伝子は、各網における微生物群の全遺伝子のアミノ酸配列の類似性が高いものを単結合法によりクラスタリングし、各網における全微生物で保存されているものと定義した.パラログ遺伝子は、ある生物種内で重複しているものと定義した.さらに、オルソルグ遺伝子は、重複がないものと有るもの(パラログ化したもの)に分類した.この結果、重複がないオルソログ遺伝子のリーディング鎖への偏りは、Proteobacteria門、Firmicutes門、Actinobacteria門で、それぞれ35〜84%、59〜98%、67〜97%であり、殆どの微生物においてリーディング鎖に存在する遺伝子の偏りよりも大きかった.Firmicutes門では重複がないオルソログ遺伝子の偏りは特に大きく、Bacillales網では94.4%、Lactobacillales網で91.2%、Clostridia網で94.2%、Mollicutes網で76.5%であった.また、Firmicutes門に属するMollicutes網において、オルソログ遺伝子のリーディング鎖への偏りが他のFirmicutes門における微生物よりも低い原因の一つとしては、重複がないオルソログ遺伝子のリーディング鎖への偏りが小さく、パラログ遺伝子も少ないことが考えられた。なお、Chlamydia門のChlamydophila felis/C-56株の全ゲノム配列決定に携わり、Chlamydia門におけるオルソログ解析を行なった.

我们比较了每种微生物中基因在读取和滞后链上的分布，靶向具有全基因组序列的183种微生物。蛋白质细菌，门固固体（低GC革兰氏阳性细菌）和静脉细菌（高GC革兰氏阳性细菌）与基因总数的基因比例分别为49-67％，51-87％和53-73％。其中，较低的GC革兰氏阳性细菌中的粉状偏差尤其很大。 Bacclales网络为75.7％，乳杆菌网络为78.8％，梭菌网络为82.9％，Mollicutes网络为69.0％。因此，为了研究基因复制与偏差之间的关系，计算了所有基因的Orthorg和Paralog之间的关系，并检查了这些基因的DNA链的偏差程度。使用单键方法聚类Orthorg基因，并由每个网络中的所有微生物保守。寄生虫基因被定义为一个物种内的重叠。此外，矫正基因被归类为未命名的基因，并且具有副词（类似）。结果，在非抑制矫形器基因的阅读链中的偏差分别为35-84％，59-98％和67-97％，在原生质杆菌，坚果菌，坚果菌和静脉细菌中，比较大的基因较大的基因较大，在大多数培训中，大多数人都在较大的基因中。天然基因的富公司中没有重叠的偏差特别大，杆菌网络的偏差为94.4％，乳酸杆菌网络的偏差为91.2％，梭菌网络为94.2％，而Mollicutes Networks则为76.5％。此外，属于富有粉状门的软体动物网络中直系同源基因阅读链的偏见的原因之一是，对不重叠的直系同源基因的阅读链的偏见很小，而副神父基因也很小。他参与了菲利斯衣原体/C-56菌株的整个基因组测序。