Biobjeによる遺伝子発現制御機構のシミュレーション

使用Biobje模拟基因表达控制机制

基本信息

批准号：
13208005
负责人：
萩原正敏
金额：
$ 4.16万
依托单位：
Tokyo Medical and Dental University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
财政年份：
2001
资助国家：
日本
起止时间：
2001 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

本年度はBiobjeシミュレ-タ-をDrosophilaの概日周期の系に適応し、光に対しての感受性についての〓な研究を行い、シミュレーターの応用へのめどをつけるべく研究を計画した。具体的には、1)理論上、またグラム上の問題がないか、様々な条件の元で検証を行う;2)Drosophilaの概日周期の系に関しての遺伝子の理論実験を行う;3)光による周期のシフトのメカニズムを理論的に探る、などの研究を遂行した。その〓Biobjeシミュレーションにおいての、その方法、アルゴリズムの開発、検証については、完了した。そして、〓用を容易にする為の、条件ファイルの設置、結果ファイルのCSV化(Microsoft Ex. cel対応)も行った。当〓「光による周期のシフトのメカニズム」に注目した「理論実験」を、Biobjeシミュレーターを用いて行う予定で〓が、その前段階として試験的に行った、「機能分子の特性が周期に及ぼす影響」を見る理論実験の結果〓常に興味深く、また、その後行う予定であった「光による周期のシフトのメカニズム」に関わる理論実験に必要〓くの情報が得られる為、こちらを優先して先に行った。そして、その結果をまとめ、複数の学界にて発表した〓究のシミュレーターは、既存の細胞レベルでのシミュレーターとは大きく違った、理論のもとで作成された為、より生物学者にとって理解し易いタイプのシミュレーターとなっている。国内、国外においても、様々な〓の細胞レベルでのシミュレーターが開発されているが、その点において、本研究は注目されており、国内及〓外で特許の対象としての高い評価を得ている。

今年，我们将Biobje模拟器适应了果蝇的昼夜节律系统，对其对光的敏感性进行了广泛的研究，并计划研究寻找模拟器的应用方法。具体来说，1）我们将在各种条件下验证是否存在任何理论或语法问题；2）我们将针对果蝇的昼夜节律系统进行理论遗传实验；3）我们将进行光理论上的探索等研究。周期偏移的机制Biobje模拟方法和算法的开发和验证已经完成。我们还安装了条件文件，并将结果文件转换为 CSV（兼容 Microsoft Excel 和 cel），以使其更易于使用。我们计划使用 Biobje 模拟器进行“理论实验”，重点关注“光诱导周期变化的机制”。作为第一步，我们进行了一项试验实验来研究特性的影响功能分子对周期的影响的理论实验结果总是很有趣，它们为与光引起的周期变化机制相关的理论实验提供了许多所需的信息。稍后进行，所以我决定优先考虑这个。该研究模拟器总结了这些结果并在多个学术界公布，它是基于与现有细胞水平模拟器显着不同的理论而创建的，因此生物学家更容易理解它是模拟器的一种。国内外已开发出多种细胞水平模拟器，该研究备受关注，并被国内外高度评价为可专利课题。

项目成果

期刊论文数量（5）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Ueda, H.R., Hagiwara, M., Kitano, H.: "Robust oscillations within the interlocked feedback model of Drosophila circadian rhythm"J.Theoret.Biol.. 210. 401-406 (2001)

Ueda, H.R.、Hagiwara, M.、Kitano, H.：“果蝇昼夜节律连锁反馈模型中的稳健振荡”J.Theoret.Biol.. 210. 401-406 (2001)

DOI：
发表时间：
期刊：
影响因子：
0
作者：
通讯作者：

Kamimoto, T., Zama, T., Aoki, R., M11.研究発表(発表予定を含む。但し、投稿中、投稿準備中を除く。)uro, Y., Hagiwara, M.: "Identification of a novel kinesin-related protein, KRMP1, as a target for mitotic peptidyl-prolyl isomerase Pin1"J.Biol.Chem.. 276. 37520-37528 (2001)

Kamimoto，T.，Zama，T.，Aoki，R.，M11。研究演示（包括演示时间表，但不包括提交和提交准备）uro，Y.，Hagiwara，M.：“一种新型驱动蛋白相关的鉴定蛋白质，KRMP1，作为有丝分裂肽基-脯氨酰异构酶 Pin1 的靶标”J.Biol.Chem.. 276. 37520-37528 (2001)