散在性反復配列(SINE)を指標とした哺乳類の目内,目間レベルでの系統関係の解析

使用散布重复序列 (SINE) 作为指标分析哺乳动物目内部和之间的系统发育关系

• 批准号: 00J10229
• 负责人: 二階堂 雅人
• 金额: $ 1.92万
• 依托单位: Tokyo Institute of Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2000
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2000 至 2002
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-00J10229/
• 关键词: アフリカ大陸; SINE; 哺乳類; 大陸移動; 分子系統分類

本年度においては、ゾウ、ジュゴン、ハイラックス、キンモグラ、テンレツク、ツチブタ、ハネジネズミのゲノムに特異的に分布するSINE配列の単離に成功した。これらのグループは独立した6個の目を含んでおり、形態学的研究からはそれらの単系統性を示唆する様なデータは得られていない.しかし近年の分子系統学的解析からは、これらのグループが単系統群を形成する可能性も示唆されており、おそらく今から8000万年ほど前にゴンドワナ大陸から分離・孤立したアフリカ大陸において、1つの共通祖先から独立に進化を遂げた哺乳類群なのではないかと予想されていた。この新規SINEの発見はハイラックスゲノムの網羅的探索によってなされたものであり、その後にこのSINE配列を指標にしてPCRプライマーを設計し、他の哺乳類中におけるこのSINEの分布を確認した所、これらのグループに特異的に分布することかわかった。本研究は哺乳類の伝統的分類体系における大きな矛盾点を明らかにしたと共に、大陸移動と哺乳類の進化が密接に関与していることを示した重要なものであると考えている。この結果は現在Molecular Biology and Evolution誌において印刷中である。また本研究に附随してアフリカを起源とする哺乳類のミトコンドリア全長配列を用いた包括的系統解析をおこない、それらの単系統性に加えて、その内部系統に関しても詳細に解析した。その結果はGenes and Genetic System誌およびMdecular Phylogenetics and Evolution誌において現在印刷中である。

今年，我们成功分离出专门分布在大象、儒艮、蹄兔、金鼹鼠、田鼠、土豚和田鼠基因组中的 SINE 序列。这些类群包括六个独立的目，形态学研究尚未提供表明它们单系的数据。然而，最近的分子系统发育分析表明，这些类群可能形成一个单系类群，这可能是一群哺乳动物大约8000万年前，非洲大陆与冈瓦纳大陆分离并孤立，是从非洲大陆的一个共同祖先独立进化而来的。这个新的SINE是通过对蹄兔基因组的全面搜索而发现的，随后，以这个SINE序列为索引设计了PCR引物，并发现了这个SINE在其他哺乳动物中的分布。群体间的具体分布。我们认为这项研究很重要，因为它揭示了哺乳动物传统分类体系中的一个主要矛盾，并表明大陆漂移与哺乳动物进化密切相关。研究结果目前发表在《分子生物学与进化》杂志上。此外，结合这项研究，我们使用来自非洲的哺乳动物的全长线粒体序列进行了全面的系统发育分析，除了它们的单系性之外，我们还详细分析了它们的内部系统发育。研究结果目前发表在《基因与遗传系统》和《分子系统发育与进化》杂志上。

项目成果

Murata Y, Nikaido M, Sasaki T, Cao Y, Hasegawa M, Okada N: "Afrotherian Phylogeny as Inferred from Complete Mitochondrial Genomes."Molecular Phylogenetics and Evolution. (in press). (2003)

Murata Y、Nikaido M、Sasaki T、Cao Y、Hasekawa M、Okada N：“从完整线粒体基因组推断的非洲兽系统发育。”分子系统发育与进化。

Kawai K, Nikaido M, Harada M, Matsumura S, LinL, Wu Y, Hasegawa M, Okada N: "The status of the Japanese and East Asian Bats of the Genus Myotis (Vespertilionidae) in the world based on mitochondrial sequences"Molecular Phylogenetics and Evolution. (in pre

Kawai K、Nikaido M、Harada M、Matsumura S、LinL、Wu Y、Hasekawa M、Okada N：“基于线粒体序列的日本和东亚蝙蝠属蝙蝠（Vespertilionidae）在世界上的地位”分子系统发育

Nikaido M, Nishihara H, Hukumoto Y, Okada N.: "Ancient SINEs from African Endemic Mammals"Molecular Biology and Evolution. (in press). (2003)

Nikaido M、Nishihara H、Hukumoto Y、Okada N.：“来自非洲特有哺乳动物的古代 SINE”分子生物学和进化。

Nikaido M, Cao Y, Okada N, Hasegawa M: "The Phylogenetic Reladonships of Insectivores with special reference to the lesser hedgehog tenrec as Inferred from the Complete Sequence of their Mitochondria"Genes and Genetic System. 78. 107-112 (2003)

Nikaido M、Cao Y、Okada N、Hasekawa M：“食虫动物的系统发育关系，特别是从线粒体的完整序列推断出的小刺猬”基因和遗传系统。

Kawai K, Nikaido M, Harada M, Matsumura S, Lin L, Wu Y, Hasegawa M, Okada N: "Iitra-and inter-family relationships of Vespertilionidae inferred by various molecular markers including SINE insertion data"Journal of Molecular Evolution. 55. 284-301 (2002)

Kawai K、Nikaido M、Harada M、Matsumura S、Lin L、Wu Y、Hasekawa M、Okada N：“通过各种分子标记（包括 SINE 插入数据）推断 Vespertilionidae 的 Iitra 和科间关系”分子进化杂志。