多因子遺伝子性循環器疾患の遺伝子解析へのDNAチップ技術の応用

DNA芯片技术在多因素遗传性心血管疾病遗传分析中的应用

基本信息

批准号：
11877119
负责人：
荻原俊男
金额：
$ 1.34万
依托单位：
Osaka University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Exploratory Research
财政年份：
1999
资助国家：
日本
起止时间：
1999 至 2000
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-11877119/
关键词：
遺伝子多型マイクロアレイ疾患感受性 SNPs 高血圧 TaqMan プローブ ASO

项目摘要

多くの検体を迅速、正確、安価に処理できる技術の確立を図るため、本研究では「生活習慣病の遺伝子多型解析のための技術革新」を目的としている。本年度も共同研究施設へのDNAマイクロアレイ装置の導入が見送られたため、TaqManケミストリー法を応用したASO(allele specific oligonucleotide hybridization)による半自動遺伝子型決定法の確立を中心に検討した。本法では、プライマーとプローブの設計と、至適温度条件の設定が最も重要であり、極端にGC richな領域や単塩基の連続した配列には不向きであることが判明したが、本法のランニングコストは、ゲル電気泳動が不用で、制限酵素処理も必要としないことから、むしろ従来の制限酵素断片長多型よりも安く、1検体あたり50〜100円程度、実験時間は約1/10に短縮可能であった。500検体をPCR-RFLPとTaqMan PCR法の両者で検討した結果、1例の相違も認められず、再現性、信頼性は良好であった。アンジオテンシノーゲン遺伝子(AGT)のT235アリルは高血圧感受性を高めることが知られているが、我々はこれと完全な連鎖不平衡にあるAGT/T+31C多型を4,000人規模の一般集団で検討し、同多型が高血圧家族歴と関連があることを示した(Hypertension,2001,in press)。岩手県で実施中の農村部地域住民の大規模コホート研究では、東北大学倫理委員会の承認を得て、24時間血圧変動と関連する遺伝因子、高血圧に起因する合併症と関連する遺伝因子をTaqMan PCR法を用いて検討中であり、同多型がnon-dipper型と関連することや、無症候性脳梗塞と各種遺伝子多型が血圧とは独立して関連することなどの検討結果を得ている。

为了建立一种可以快速，准确和廉价地处理许多标本的技术，本研究的目的是“从技术上进行创新，以分析与生活方式相关疾病中的遗传多态性”。由于今年推迟了将DNA微阵列设备引入联合研究设施，因此我们专注于使用Taqman化学方法使用ASO（同等位基因特异性寡核苷酸杂交）建立半自动基因分型方法。在这种方法中，底漆和探针的设计以及最佳温度条件的设置是最重要的，发现它们不适用于极富GC富含GC的区域或单个碱基的连续序列。但是，由于凝胶电泳是不必要的，并且不需要限制酶处理，因此实际上它比常规限制酶片段长度多态性便宜，并且实验时间可以减少到每个标本约50-100日元。在使用PCR-RFLP和TAQMAN PCR方法检查了500个标本后，在一种情况下未发现差异，可重复性和可靠性非常好。已知血管紧张素基因基因（AGT）的T235等位基因可以提高高血压敏感性，并且我们在4,000名普通人群中检查了与此的AGT/T+31C多态性，以与此相结合，并表明多态性与高血压的家族病史有关（2001年的高血压）。 In a large-scale cohort study of rural residents in Iwate Prefecture, with the approval of the Tohoku University Ethics Committee, genetic factors associated with 24-hour blood pressure fluctuations and complications caused by hypertension are being investigated using the TaqMan PCR method, and the results of this study have been obtained that the polymorphism is associated with non-dipper type, and that asymptomatic cerebral infarction and various gene多态性与血压独立相关。