多因子遺伝子性循環器疾患の遺伝子解析へのDNAチップ技術の応用

DNA芯片技术在多因素遗传性心血管疾病遗传分析中的应用

基本信息

批准号：
11877119
负责人：
荻原俊男
金额：
$ 1.34万
依托单位：
Osaka University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Exploratory Research
财政年份：
1999
资助国家：
日本
起止时间：
1999 至 2000
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-11877119/
关键词：
遺伝子多型マイクロアレイ疾患感受性 SNPs 高血圧 TaqMan プローブ ASO

项目摘要

多くの検体を迅速、正確、安価に処理できる技術の確立を図るため、本研究では「生活習慣病の遺伝子多型解析のための技術革新」を目的としている。本年度も共同研究施設へのDNAマイクロアレイ装置の導入が見送られたため、TaqManケミストリー法を応用したASO(allele specific oligonucleotide hybridization)による半自動遺伝子型決定法の確立を中心に検討した。本法では、プライマーとプローブの設計と、至適温度条件の設定が最も重要であり、極端にGC richな領域や単塩基の連続した配列には不向きであることが判明したが、本法のランニングコストは、ゲル電気泳動が不用で、制限酵素処理も必要としないことから、むしろ従来の制限酵素断片長多型よりも安く、1検体あたり50〜100円程度、実験時間は約1/10に短縮可能であった。500検体をPCR-RFLPとTaqMan PCR法の両者で検討した結果、1例の相違も認められず、再現性、信頼性は良好であった。アンジオテンシノーゲン遺伝子(AGT)のT235アリルは高血圧感受性を高めることが知られているが、我々はこれと完全な連鎖不平衡にあるAGT/T+31C多型を4,000人規模の一般集団で検討し、同多型が高血圧家族歴と関連があることを示した(Hypertension,2001,in press)。岩手県で実施中の農村部地域住民の大規模コホート研究では、東北大学倫理委員会の承認を得て、24時間血圧変動と関連する遺伝因子、高血圧に起因する合併症と関連する遺伝因子をTaqMan PCR法を用いて検討中であり、同多型がnon-dipper型と関連することや、無症候性脳梗塞と各種遺伝子多型が血圧とは独立して関連することなどの検討結果を得ている。

为了建立一种能够快速、准确且廉价地处理大量样本的技术，本研究旨在“创新生活方式相关疾病的遗传多态性分析技术”。由于今年联合研究机构推迟了 DNA 微阵列设备的引进，因此我们专注于建立使用 ASO（等位基因特异性寡核苷酸杂交）的半自动基因分型方法，这是 TaqMan 化学的应用。在该方法中，最重要的因素是引物和探针的设计以及最佳温度条件的设定，并且发现该方法不适合GC极其丰富的区域或单碱基的连续序列，实际运行成本较高。与传统的限制性酶片段长度多态性相比，不需要凝胶电泳或限制性酶处理，每个样品的成本约为50至100日元，并且实验时间可缩短约1/10。使用PCR-RFLP和TaqMan PCR方法检测500个样品，结果没有观察到任何差异，重现性和可靠性良好。已知血管紧张素原基因 (AGT) 的 T235 等位基因会增加对高血压的易感性，我们在 4,000 人的一般人群中研究了完全连锁不平衡的 AGT/T+31C 多态性，结果表明存在相同的多态性。与高血压家族史有关（Hypertension，2001，出版中）。目前正在岩手县进行的一项大规模队列研究已获得东北大学伦理委员会的批准，旨在调查与 24 小时血压波动和高血压引起的并发症相关的遗传因素。我们目前正在使用 TaqMan PCR 进行研究。我们的研究结果表明，相同的多态性与非杓型相关，并且无症状脑梗塞和各种遗传多态性与血压独立相关。