ウシガエル卵由来レクチンの水素結合.異方性温度因子、および温度の相関

牛蛙卵凝集素中的氢键各向异性温度因子和温度相关性。

基本信息

批准号：
10157210
负责人：
野中孝昌
金额：
$ 0.96万
依托单位：
Nagaoka University of Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
财政年份：
1998
资助国家：
日本
起止时间：
1998 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

これまでに、ウシガエル卵由来レクチン(111アミノ酸残基)の290Kの温度で得られた1.14Å分解能のX線回折強度データおよび100Kで得られた1.06Å分解能のデータに対して結晶構造精密化を行い、全原子の異方性温度因子を決定した。さらに200K,180K,160K,および100Kでの原子分解能のデータの収集にも成功している。SPring-8のビームライン44B2(波長は0.7Åに設定した)に於いてリガクRAXIS-IVを用いて100Kで得られたX線回折強度データ(P3_221,a=b=41.653Å,c=118.126Å)は、1.06Å分解能にも達する極めて良質のものであった。収集された反射数は53,000以上(R_<merge>(I)=0.042,<I/σ>=7.9,multiplicity=3.9)で最外角シェルでも理論値の90%(R_<merge>(I)=0.250,<I/σ>=2.9,multiplicity=2.9)を超える数の反射を得ることができた。そのため、精密化において異方性温度因子を加味してもデータ/パラメータ比が4を超える。1.14Å分解能の構造を初期構造としてプログラムSHELXLで異方性温度因子も含めて精密化を行っているが、現在のところ、R-factorとfree R-factorがそれぞれ、0.1035、0.1401となっている(原子の結合距離の理想値からのずれ(rms)は0.008Å)。精密化に含めている原子の数は水素原子を含めて2,755個(非対称単位中に蛋白質1分子、緩衝液のクエン酸1分子、および水354分子を含む)であり、非対称単位のおよそ93%の体積を占める。差フーリエ図上の電子密度分布で0.432e/Å^3(温度因子78.96Å^2の酸素原子の中心の電子密度分布の理論値に相当)を超えるのは6箇所しかなく、これ以上はほとんど水分子を拾い集めることはできない段階まで精密化が進んでいる。

到目前为止，在290K衍生的凝集素（111氨基酸残基）中获得的晶体结构精度为1.14Å分辨率x-射线折叠强度数据，并在100K中获得1.06Å的分辨率数据。确定原子。此外，在200k，180k，160k和100k的情况下收集原子分辨率数据是成功的。使用Rigaku Raxis-IV在弹簧8的梁线44B2（将波长设置为0.7Å）（p3_221，a = b =41.653Å，c =118.126Å）的X射线折叠强度数据（100K）获得的X射线折叠强度数据（波长设置为0.7Å）。达到1.06Å的分辨率。收集的反射为53,000或更多（R_ <merge>（i）= 0.042，<i/σ> = 7.9，多率= 3.9）和90％的理论值（R_ <merge> = 3.9）要获得0.250的反射，<i/σ> = 2.9，多率= 2.9）。因此，即使在精确度中添加了各向异性温度因子，数据/参数比也超过4。 1.14Å分辨率作为初始结构进行，并进行精度，包括各向异性温度因子，但目前，R因子和游离R因子分别为0.1035，0.1401（0.008Å）。从原子的结合距离的理想值。精度中包含的原子数量为2,755片，包括氢原子（包括一个不对称单元中的一个蛋白质分子，一个缓冲液的柠檬酸分子和354个水），以及约93％的不对称单位。在傅立叶图上的电子密度分布中，只有六个位置超过0.432e/Å^3（电子密度分布78.96Å^2的理论值），其中大多数是更多比这是无法收集水分子的阶段。