オニドコロ自然集団における種内変異と地理的文化に関する分子集団遺伝学的研究

Onidokoro自然群体种内变异与地理文化的分子群体遗传学研究

基本信息

批准号：
05740521
负责人：
寺内良平
金额：
$ 0.58万
依托单位：
Kyoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
财政年份：
1993
资助国家：
日本
起止时间：
1993 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

オニドコロ自然集団におけるDNA変異の分子集団遺伝学的研究の一環として、当該年度は集団内の個体間の遺伝的関係・遺伝子流動を解析するためにマイクロサテライト変異の分析をおこなった。真核生物のゲノム中で2から6塩基の短かいDNAモチーフが直列に反復した配列をマイクロサテライトと呼ぶ。マイクロサテライトはDNAポリメラーゼのスリッページがおこりやすく、反復回数は高度に多型的である。この多型的な領域をPCR法により増幅し、産物の長さの変異を検出して集団解析に用いる方法がマイクロサテライト分析である。オニドコロゲノムライブラリーをM13ファージを用いて作成し、(CA)_8,(GT)_8,(GA)_8の3種のオリゴマクレオチドをプローブとしたスクリーニングをおこなった。計4000個の組換元クローンの内80個がスクリーニングで陽性となったので、これらを単離し、うち21クローンの塩基配列を決定した。この中でマイクロサテライトを含む8クローンについて、PCRプライマーを合成した。近畿地方より採集したオニドコロ23個体について上記8つのマイクロサテライトをPCR法により増幅し、電気泳動により増幅産物の長さを調査したところ、7つのマイクロサテライト座が高度に多型的で、平均して座あたり6.2対立遺伝子、0.68の平均ヘテロザイゴシテイをもつことがわかった。7座位を通してみると、23個体で同じ遺伝子型の組を持つ個体は無く、この方法により“DNAフィンガープリント"が可能であることも示された。母親と子どもの遺伝子型が判っている時に父親を識別する能力も7座位で98%となり今後花粉を通じた遺伝子流動の研究に威力を発揮すると考える。

作为 Onidokoro 自然种群 DNA 变异分子种群遗传学研究的一部分，今年对微卫星变异进行了分析，以分析种群内个体之间的遗传关系和基因流。微卫星是真核生物基因组中串联重复的 2 至 6 个碱基的短 DNA 基序。微卫星容易受到 DNA 聚合酶滑动的影响，并且重复次数具有高度多态性。微卫星分析是通过PCR扩增该多态性区域，检测产物长度的变化并用于群体分析的方法。使用M13噬菌体构建Onidocolo基因组文库，并使用三种类型的寡大肽作为探针进行筛选：(CA)_8、(GT)_8和(GA)_8。总共4000个原始克隆中，筛选出80个阳性，因此将其分离出来，并测定了21个克隆的核苷酸序列。为8个含有微卫星的克隆合成了PCR引物。当我们通过PCR在近畿地区采集的23个个体中扩增上述8个微卫星，并通过电泳研究扩增产物的长度时，我们发现7个微卫星位点具有高度多态性，平均发现有6.2个等位基因每个位点的平均杂合度为 0.68。从这 7 个基因座来看，23 个个体中没有一个具有相同的基因型集，这表明使用这种方法可以进行“DNA 指纹识别”。当母亲和孩子的基因型已知时，在 7 个位点上识别父亲的能力为 98%，我们相信这将成为未来研究花粉基因流的有力工具。