気管支喘息の全ゲノム関連解析:基盤構築と情報公開

支气管哮喘全基因组关联分析：基础设施建设与信息公开

• 批准号: 20018002
• 负责人: 野口 恵美子
• 金额: $ 5.5万
• 依托单位: University of Tsukuba
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2008
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2008 至 2009
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20018002/
• 关键词: アレルギー・喘息; ゲノム; 遺伝学

小児アトピー性喘息患者942名vs成人コントロール2370名の55万SNPの全ゲノム関連解析を行った。55万SNPのうち、常染色体に存在し、かつminor allele frequencyが0.01以上のSNPは453,047個であった。さらに、コントロールにおけるHardy Weinberg平衡がP<0.0001である1,170SNPを除外し、最終的な解析データとした。一次解析におけるGenomic Inflation factorは1.053であった。アレル頻度の比較では、6番染色体短腕のHLA領域で強い関連が認められた(P=7.7×10-9)。そのほかにも2番染色領域、12番染色体領域にP<1×10-7が存在した。HLA領域のSNPと小児アトピー性喘息との関連については独立した症例対照サンプルおよび家系サンプルにおいても追認されている(P<0.05)さらに健康成人76名を対象としてHuman 610Quadを使用してタイピングを行い、別の研究成果として得られているCD4陽性T細胞およびCD14陽性モノサイトの網羅的遺伝子発現データ(イルミナHuman Ref8)と遺伝子型データを統合したデータベースの構築を情報支援班の支援を受けて作成しており、今後公開予定としている。

我们对 942 名儿童特应性哮喘患者和 2370 名成人对照者的 550,000 个 SNP 进行了全基因组关联分析。在 550,000 个 SNP 中，有 453,047 个 SNP 存在于常染色体上，且次要等位基因频率为 0.01 或更高。此外，排除对照中Hardy Weinberg平衡P＜0.0001的1,170个SNP，并将其用作最终分析数据。初步分析中的基因组膨胀因子为 1.053。等位基因频率的比较揭示了 6 号染色体短臂 HLA 区域的强相关性 (P=7.7×10-9)。另外，第2染色区域和第12染色体区域存在P<1×10-7。 HLA 区域的 SNP 与儿童特应性哮喘之间的关联在独立病例对照样本和家庭样本中得到证实（P<0.05）。此外，使用 Human 610Quad 对 76 名健康成人进行了分型，全面的 CD4- 基因表达数据。作为单独研究结果获得的阳性 T 细胞和 CD14 阳性单核细胞（Illumina Human我们正在信息支持团队的支持下构建整合Ref8）和基因型数据的数据库，并计划在未来发布。

项目成果

全ゲノム連鎖解析によるアトピー性皮膚炎疾患感受性遺伝子の機能解析

利用全基因组连锁分析对特应性皮炎疾病易感基因进行功能分析

• 发表时间: 2008
• 作者: Iokawa;Y.;大塚健太
• 通讯作者: 大塚健太

Genetic polymorphism regulating ORM1-like 3 (Saccharomyces cerevisiae) expression is associated with childhood atopic asthma in a Japanese population

• DOI: 10.1016/j.jaci.2007.09.038
• 发表时间: 2008-03-01
• 期刊: JOURNAL OF ALLERGY AND CLINICAL IMMUNOLOGY
• 影响因子: 14.2
• 作者: Hirota, Tomomitsu;Harada, Michishige;Tamari, Mayumi
• 通讯作者: Tamari, Mayumi

遺伝子とアレルギー疾患の性差

基因与过敏性疾病的性别差异

• 发表时间: 2009
• 作者: 御船淳;中村聡;福居俊昭;野口恵美子
• 通讯作者: 野口恵美子

Associations between decay-accelerating factor polymorphisms and allergic respiratory diseases

• DOI: 10.1111/j.1365-2222.2009.03316.x
• 发表时间: 2009-10-01
• 期刊: CLINICAL AND EXPERIMENTAL ALLERGY
• 影响因子: 6.1
• 作者: Kawai, T.;Takeshita, S.;Noguchi, E.
• 通讯作者: Noguchi, E.

Filaggrin null mutations are associated with atopic dermatitis and elevated levels of IgE in the Japanese population, family and case-control study

在日本人群、家庭和病例对照研究中，丝聚蛋白无效突变与特应性皮炎和 IgE 水平升高相关

• 发表时间: 2008
• 期刊: J Hum Genet 57
• 作者: Liu;J.-Q.;Wang;L.-Y.;Ikeda;H.;Liu;T.-L.;Wang;Y.-J.;Enomoto H
• 通讯作者: Enomoto H