全mRNAおよびタンパク質の絶対量計測のための基盤技術開発

开发总mRNA和蛋白质绝对量测定基础技术

基本信息

  • 批准号:
    19021013
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 2.18万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    日本
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
  • 财政年份:
    2007
  • 资助国家:
    日本
  • 起止时间:
    2007 至 2008
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

1、出芽酵母におけるGATC-PCR法によるトランスクリプトームの定量解析出芽酵母のトランスクリプトームについて、完全培地または最小培地で培養した出芽酵母におけるmRNA量コピー数を、GATC-PCR法により定量し、全遺伝子の約8割(約5000種類)についてコピー数の計測に成功した。計測間の系統的誤差は10%以下であり、非常に再現性の高い絶対量計測を実現することができた。両培養条件間で発現量の異なるmRNA群を抽出すると、リボゾームタンパク質の遺伝子群などについては、相対的な量比より絶対量の差分が顕著であった。差分での解析は個々の分子のコピー数データに基づくものであり、細胞内分子の絶対量を包括的に計測することが、より意味のある生物学的情報を感度良く抽出するのに重要であることが示された。2、PCS-MS法によるタンパク質の絶対定量計測技術の開発大規模な絶対定量解析を可能にするためにPCS-MS法の改良を行った。具体的には定量のための標準であるPCSを階層的に用いることで、定量可能なタンパク質数とダイナミックレンジのスケールアップを可能にする戦略を開発した。本戦略により、約70種類のタンパク質について約100倍のダイナミックレンジでの絶対量計測が可能となった。また、解糖系酵素群のなかでは律速酵素と位置づけられたタンパク質の絶対量が最も少なかった。生体内パスウェイの全体像を捉え意味のある生物学的知見を導き出するために、絶対定計測が欠かせないものであるといえる。
1。通过GATC-PCR方法对转录组进行定量分析的转录组,通过GATC-PCR方法引用了GATC-PCR方法,即在完整培养基或最小培养基中培养的MRNA量副本的数量。这些基因(约5000种)成功地测量了副本的数量。测量之间的系统误差为10%或更少,并且实现了非常高度可重现的绝对量测量。在两种培养条件之间提取具有不同表达的mRNA基团,核糖体蛋白比的绝对量差异比相对体积比显着。差异中的分析基于单个分子的拷贝数数据,并且要全面测量细胞内分子的绝对量以提取更有意义的生物学信息。 2。改进了PCS-MS方法,以使用PCS-MS方法对蛋白质的绝对定量测量技术进行大规模的绝对定量分析。具体而言,已经制定了一种策略来通过使用层次结构使用中的PC(是数量的标准)来实现定量蛋白和动态范围的缩放。通过这种策略,可以在大约100倍的动态范围内测量约70种蛋白质的绝对量。此外,将其定位为宗教速度酶的绝对量蛋白质是糖化酶基团中最小的蛋白质。绝对恒定的测量是必不可少的,以捕获体内通道的整个图面并获得有意义的生物学知识。

项目成果

期刊论文数量(3)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
プチド連結型標準物質と質量分析(PCS-MS法)を用いたタンパク質の化学量論的定量解析
使用肽连接标准品和质谱法对蛋白质进行化学计量定量分析(PCS-MS 方法)
  • DOI:
  • 发表时间:
    2007
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    紀藤圭治;他;紀藤 圭治
  • 通讯作者:
    紀藤 圭治
ペプチド連結型標準物質と質量分析(PCS-MS法)を用いたタンパク質の絶対定量解析
使用肽连接标准物质和质谱法对蛋白质进行绝对定量分析(PCS-MS 方法)
  • DOI:
  • 发表时间:
    2008
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    紀藤圭治;他
  • 通讯作者:
{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ monograph.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ sciAawards.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ conferencePapers.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ patent.updateTime }}

紀藤 圭治其他文献

オオグソクムシ トロポミオシンの潜在的アレルゲン性とcDNAクローニング
原肌球蛋白和 cDNA 克隆的潜在过敏性
  • DOI:
  • 发表时间:
    2018
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    岩川 織奈;嶋倉 邦嘉;紀藤 圭治;大迫 一史;黒瀬 光一
  • 通讯作者:
    黒瀬 光一

紀藤 圭治的其他文献

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

{{ truncateString('紀藤 圭治', 18)}}的其他基金

Quantitative analysis of proteome homeostasis and amino acid recycling during nutrient starvation stress
营养饥饿应激期间蛋白质组稳态和氨基酸循环的定量分析
  • 批准号:
    23K05757
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 2.18万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
全mRNAカウンティングの基盤技術開発
总mRNA计数基础技术开发
  • 批准号:
    18038010
  • 财政年份:
    2006
  • 资助金额:
    $ 2.18万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas

相似海外基金

「空間トランスクリプトーム解析」による臨床膵癌CAFの機能解明と治療標的の探索
利用“空间转录组分析”阐明临床胰腺癌CAF的功能并寻找治疗靶点
  • 批准号:
    24K19379
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 2.18万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
自発運動療法による鎮痛効果の機序解明:脊髄ミクログリアのトランスクリプトーム解析
阐明运动疗法的镇痛作用机制:脊髓小胶质细胞的转录组分析
  • 批准号:
    24K19451
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 2.18万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
空間トランスクリプトーム解析を用いたミトコンドリア心筋症の理解と制御
使用空间转录组分析了解和控制线粒体心肌病
  • 批准号:
    24K02453
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 2.18万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
次世代トランスクリプトーム解析を用いた肺癌個別化医療開発
利用下一代转录组分析开发肺癌个体化医疗
  • 批准号:
    23K24104
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 2.18万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
血中循環腫瘍細胞の経時的トランスクリプトーム解析による薬剤耐性メカニズムの解明
通过循环肿瘤细胞的时程转录组分析阐明耐药机制
  • 批准号:
    24K11816
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 2.18万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
{{ showInfoDetail.title }}

作者:{{ showInfoDetail.author }}

知道了