相同グループ法による系統プロファイリングを用いた植物遺伝子機能の大規模推定

使用同源组方法进行系统发育分析大规模估计植物基因功能

基本信息

批准号：
18017005
负责人：
佐藤直樹
金额：
$ 4.93万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2006
资助国家：
日本
起止时间：
2006 至 2007
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究では,相同グループ法による系統プロファイリングの方法論の有効性を確立して,データを公開するとともに,これによって系統特異的に保存されているタンパク質群を推定し,生物群特異的機能に関与するタンパク質群を一括して同定することを目的とした。以下のような成果を得た。1.Gclustソフトウェアを改良し,大量データにも耐えるバージョン3.5.5zを作った。またこれによって,光合成生物を中心とする95種の生物の全タンパク質のクラスタリングを行い,その結果をGclustサーバーにおいて公開した。2.系統プロファイリングの適用によって推定される新規機能遺伝子の機能アノテーションの最初の試みとして,光合成膜の主要脂質であるジガラクトシルジアシルグリセロール(DGDG)を合成する酵素のうち,紅藻とシアノバクテリアに共通に存在するものをGclustを用いて推定し,実験的に実証した。3.相同グループを利用した微生物ゲノムの距離構造の解析の新しい手法を開発した。すなわち,Gclustソフトウェアを用いて最新25種のシアノバクテリアからなるデータセットCyano25を構築し,これに基づいてシアノバクテリアにおいて保存されている遺伝子の並び方の保存性(拡張したsynteny,global linkage)を発見することができた。4.色素体の起源となったシアノバクテリアの推定に関し,新たな配列データを用いて解析を行い,従来の定説とは異なる可能性を示唆した。

这项研究旨在使用同源组方法来确定该方法对谱系分析的有效性，以发布数据并估计谱系特异性的保守蛋白质基团，并确定与生物群特异性功能有关的所有蛋白质组。实现了以下结果：1。我们改进了GCLUST软件，以创建可以承受大量数据的3.5.5Z版本。这还聚集了来自95种生物体的所有蛋白质，主要是光合生物，结果发表在GCLUST服务器上。 2。作为通过谱系分析的应用推导出的新功能基因的首次尝试，我们估计了合成二甲状腺乳糖基甘油（DGDG）的酶，这是光合作用膜的主要脂质，这些酶通常存在于红色algae和cyanobacteria中，并使用了gclustia和gclust，并使用这种酶。 3。已经开发了一种新方法来分析使用同源基团的微生物基因组的距离结构。换句话说，我们构建了由最新25种氰基菌种组成的数据集Cyano25，因此，我们能够发现在蓝细菌中保守基因的保护（扩展的同步，全球链接）。 4。使用新序列数据进行的蓝细菌的估计是由质体进行的，这表明它可能与常规理论有所不同。

项目成果

期刊论文数量（17）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Mutations in four regulatory genes have interrelated effects on heterocyst maturation in Anabaena sp. strain PCC 7120

四个调控基因的突变对鱼腥藻异形囊的成熟具有相互关联的影响。

DOI：
发表时间：
2006
期刊：
J. Bacteriol. 188
影响因子：
0
作者：
S.Lechno-Yossef;Q.Fan;S.Ehira;N.Sato;C.P.Wolk
通讯作者：
C.P.Wolk

Genomic and biochemical analysis of lipid biosynthesis in the unicellular rhodophyte Cyani dioschyzon merolae: lack of plastidic desatuation pathway resuits in mixed pathway of gala ctolipid synthesis.

单细胞红藻 Cyani dioschyzon merolae 脂质生物合成的基因组和生化分析：缺乏质体去饱和途径导致半乳糖脂质合成的混合途径。

DOI：
发表时间：
2007
期刊：
Eukaryotic Cell 6
影响因子：
0
作者：
Sato;N. and Moriyama;T.
通讯作者：
T.

The mitochondrial genome of the moss Physcomitrella patens sheds new light on mitochondrial evolution in land plants

DOI：
10.1093/molbev/msl198
发表时间：
2007-03-01
期刊：
MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION
影响因子：
10.7
作者：
Terasawa, Kimihiro;Odahara, Masaki;Sato, Naoki
通讯作者：
Sato, Naoki

新版植物の細胞を観る実験プロトコール(植物細胞工学シリーズ22)pp.149-155

新版观察植物细胞的实验方案（植物细胞工程系列22）第149-155页

DOI：
发表时间：
2006
期刊：
影响因子：
0
作者：
寺澤公宏;藤原誠;佐藤直樹
通讯作者：
佐藤直樹

Mitochondrial genome of the moss Physcomitrella patens sheds new light on the mitochondrial evolution in land plants

苔藓小立碗藓的线粒体基因组为陆地植物线粒体进化提供了新的线索

DOI：
发表时间：
2007
期刊：
Mol.Biol.Evol 24
影响因子：
0
作者：
K. Terasawa;M. Odahara;Y. Kabeya;T. Kikugawa;Y. Sekine;M. Fujiwara and N.Sato
通讯作者：
M. Fujiwara and N.Sato