ゲノムに潜むシグナル・モチーフ部品の網羅的探索のための自己組織化地図

自组织图谱用于全面搜索隐藏在基因组中的信号基序部分

基本信息

批准号：
16014225
负责人：
池村淑道
金额：
$ 2.3万
依托单位：
The Graduate University for Advanced Studies
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2004
资助国家：
日本
起止时间：
2004 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

ゲノム配列が解読された真核生物種を対象に、4〜8連塩基頻度のSOMマップを作成した。高次元ベクトルの大量情報を対象にするので、地球シミュレータを用いた大規模計算を行った。8連塩基については回文型配列にのみ着目した。各生物種で特徴的な出現頻度を持つオリゴヌクレオチドを網羅的に探索することを可能にした。マウスの完全長cDNAをSOM解析したところ、protein-codingとnoncoding cDNA(ncRNA)で分離する傾向にあった。前者については5'と3'UTR、CDSの3領域に分割し、ncRNAを含めた4カテゴリーについてSOMを行ったところ、カテゴリーによる分離が起きており、SOMが各機能領域の配列上の特徴を識別すること判明し、各機能領域を特徴付けるシグナル配列類を抽出できた。SOM解析で得られた特徴的な連文字配列の生物学的な意味を知るためには、各連文字配列について、実験的な研究を報告した文献類を組織的に参照することが重要になる。この文献検索の過程で蓄積する検索情報を「GenomeWordDictionary」と呼ぶ新規なデータベースとして構築した。4連続塩基は完成し、5連続塩基を編纂中である。Venterらはバーミューダ沖の海中微生物群の混合ゲノムDNAを回収し、80万本の断片配列を決定し約120万の遺伝子の候補を推定した。SOMは新規性の高い配列類の系統分類に最適な方法である。10kb以上の配列がデータベースに収録されている約1500種の既知原核生物種の総計1Gbの配列を5kbに断片化し、4連続塩基頻度のSOMを行い25の系統群への分類を解析したところ、約85%の配列が正しい系統を反映して分離していた。Venterらの環境由来の大量な断片配列を、そのSOM上へマップすることで、約12,000の新規配列を92の属へ帰属できた。

为真核biose创建了4至8个连续盐基的SOM图，其基因组阵列被解码。使用全局模拟器进行大规模计算，因为针对高维矢量的大量信息。第八盐组仅专注于单词-Type阵列。已经全面地制成了每个生物种类的寡核苷酸，具有独特的外观频率。当分析小鼠的全长cDNA时，它倾向于通过蛋白质编码和非编码cDNA（NCRNA）分离。对于前者，分为3个区域，5'和3'UTR，CD，并对包括NCRNA的四个类别进行了SOM，并以类别的形式分开，并且SOM具有每个功能区域的序列。已识别，并且提取了表征每个功能区域的信号阵列。为了了解通过SOM分析获得的特征连续特征序列的生物学含义，重要的是系统地将报道的文献引入了每个角色序列的实验研究。本文档搜索过程中累积的搜索信息已被构建为一个名为“ GenomeWordDictionary”的新数据库。连续四个基地完成了，并且正在编译五个连续的基地。 Venter及其同事从百慕大海岸收集了水下微生物的混合物DNA，确定了800,000个碎片序列，估计约有120万个基因。 SOM是对高度新性质进行系统分类的最佳方法。总共有1500种已知的主要幽灵，总共有10kb或更多的是1GB的1 GB序列，并且连续4个连续的碱基的SOM大约将分类分析为25个系统85％的阵列分开，反映了正确的系统。通过绘制大量从SOM上环境得出的碎片序列，约有12,000个新阵列属于92属。