ゲノム多型及び遺伝病の成因としての自然DNA酸化損傷とその修復機構の破綻

天然 DNA 氧化损伤及其修复机制失败是基因组多态性和遗传疾病的原因

基本信息

批准号：
16012248
负责人：
中別府雄作
金额：
$ 3.84万
依托单位：
Kyushu University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2004
资助国家：
日本
起止时间：
2004 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

1.研究の目的と進め方近年のゲノム配列の解析から,ゲノム配列には個体差,すなわち遺伝子多型が存在することが明かとなり,疾患との関連から大掛かりなスクリーニングが展開している。遺伝子多型の中で最も頻度が高いものが一塩基多型(single nucleotide polymorphisim,SNP)であるが,その成因に関する研究はまだほとんど手つかずの状態である。また,遺伝病の原因となる突然変異も多型と同じメカニズムで生じる可能性があるがその解明は全く手付かずである。本研究では,SNPの成因の1つとしてヒトゲノム上に恒常的に存在する8-oxoGの存在様式とその原因を明かにするとともに,SNPデータベースをもとに8-oxoGにより引き起こされうる塩基置換,すなわちG:C to T:A並びにA:T to C:Gトランスバージョンのゲノム上の頻度と分布を解析し,8-oxoGの存在部位との関連を解析した。2.研究の成果我々はヒト末梢血リンパ球の染色体標本上での8-oxoGの免疫学的in situ検出を試み、ゲノムワイドに検出領域の同定と検出頻度の解析を行った。その結果ヒト染色体上には個体間で共通に8-oxoGが高頻度に存在する領域が200ケ所以上存在することが明らかになった。これらの領域の共通の特徴を抽出する目的で、実験結果と各種ヒトゲノム情報との比較解析を行った結果、染色体ごとの8-oxoGの存在頻度と組換え頻度の間に正の相関を認めた。さらに各染色体上の組換え頻度が高い領域に8-oxoGが有意に高頻度に存在する事がわかった。また、8-oxoGの存在と塩基置換頻度との関連を解析するために、SNPデータベースより塩基置換のスペクトル別にSNP頻度を算出し,比較解析を行った。その結果,8-oxoGが存在する領域においてはグアニンが関与する塩基置換の頻度が有意に高いことがわかった。以上の結果は,8-oxoGが生殖細胞の組換え頻度とSNP頻度の両方に影響を及ぼしていることを示しており、定常状態でゲノム上に存在する8-oxoGがヒトゲノムの多様性を生み出す原動力になっている可能性を示唆する。

1.研究目的和方法最近对基因组序列的分析揭示了基因组序列存在个体差异，即遗传多态性，并且鉴于与疾病的关联性，正在进行大规模筛查。最常见的遗传多态性是单核苷酸多态性（SNP），但对其原因的研究在很大程度上仍未得到探索。引起遗传病的突变也可能通过与多态性相同的机制发生，但这种机制尚未完全阐明。在本研究中，我们将阐明8-oxoG作为SNP的原因之一持续存在于人类基因组中的存在模式和原因，并基于8-oxoG可能引起的碱基取代来阐明8-oxoG的存在方式和原因。即我们分析了基因组上G:C到T:A和A:T到C:G颠换的频率和分布，并分析了与8-oxoG位置的关系。 2.研究结果我们尝试对人外周血淋巴细胞染色体标本上的8-oxoG进行免疫原位检测，在全基因组范围内确定检测区域，并分析检测频率。结果显示，人类染色体上有 200 多个区域普遍存在 8-oxoG。为了提取这些区域的共同特征，我们对实验结果和各种人类基因组信息进行了对比分析，结果发现每条染色体中8-oxoG的频率与重组频率呈正相关关系.此外，还发现8-oxoG在每条染色体上重组频率高的区域中以显着高的频率存在。另外，为了分析8-oxoG的存在与碱基取代频率之间的关系，从SNP数据库计算每个碱基取代谱的SNP频率并进行比较分析。结果表明，在存在 8-oxoG 的区域中，涉及鸟嘌呤的碱基取代频率显着较高。上述结果表明，8-oxoG影响生殖细胞中的重组频率和SNP频率，并且以稳定状态存在于基因组上的8-oxoG创造了人类基因组的多样性，这表明它可能是驱动力。力量。

项目成果

期刊论文数量（15）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

MUTYH prevents OGG1 or APEX1 from inappropriately processing its substrate or reaction product with its C-terminal domain.

MUTYH 防止 OGG1 或 APEX1 以其 C 端结构域不当处理其底物或反应产物。

DOI：
发表时间：
2004
期刊：
Nucleic Acids Research 32(10)
影响因子：
0
作者：
Tominaga Y;Ushijima Y;Tsuchimoto D;Mishima M;Shirakawa M;Hirano S;Sakumi K;Nakabeppu Y.
通讯作者：
Nakabeppu Y.

A variant form of hMTH1, a human homologue of the E coli mutT gene, correlates with somatic mutation in the p53 tumour suppressor gene in gastric cancer patients

hMTH1 是大肠杆菌 mutT 基因的人类同源物，其变异形式与胃癌患者 p53 肿瘤抑制基因的体细胞突变相关