相関遺伝子クラスタの抽出に向けた複数グラフの比較手法の開発

开发比较多个图以提取相关基因簇的方法

基本信息

批准号：
14015216
负责人：
中谷明弘
金额：
$ 2.62万
依托单位：
Kyoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2002
资助国家：
日本
起止时间：
2002 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-14015216/
关键词：
遺伝子クラスタ

项目摘要

遺伝子やタンパク質が構成する複数のネットワークの比較を行うツールを開発した。開発の動機は複数のY2H(Yeast Two Hybrid)実験で得られた相互作用のデータの再現性が低いように見えることである。しかしながら、実験毎に、相互作用を起こしたタンパク質の集合の重なりが、相互作用の集合の重なりよりも大きくなっていることがあることに注目した。これは、同一タンパク質間が異なる相互作用パスでつながっている可能性があることを示唆しているものである。本研究で開発・実装した手法は、階層型クラスタリングに基づいてネットワークの比較をすることによって、このようなタンパク質の例を網羅的に探し出すことを行う(処理の一部は並列実行可能)。得られた結果は、タンパク質間の相互作用マップとして描画(EPS形式)することが可能である。例として、公開されている2つのY2H実験の結果を実際に比較した結果、両実験で共通して直接相互作用しているタンパク質のペアの他に、複数のタンパク質を介在として間接的に相互作用しているタンパク質群の例が多数見出された。本手法は、2つのタンパクの1対1の関係について注目したものに加えて、タンパク群の多対多の関係にも注目して一般化していることが特徴の1つである。上記の2つのY2H実験に関してパラメータ(介在タンパク質の数の上限)を変えて処理した結果をデータベース化し、タンパク質の相互作用マップと併せて表示できるようにしたシステムをウェブ上に公開して参照できるようにした。

我们开发了一种工具来比较由基因和蛋白质组成的多个网络。其开发的动机是在多个 Y2H（酵母二杂交）实验中获得的相互作用数据的再现性似乎较低。然而，我们注意到，在每个实验中，相互作用蛋白质组之间的重叠有时大于相互作用组之间的重叠。这表明相同的蛋白质可能通过不同的相互作用路径连接。本研究开发和实现的方法通过基于层次聚类的比较网络来全面搜索此类蛋白质的示例（部分过程可以并行执行）。获得的结果可以绘制为蛋白质-蛋白质相互作用图（EPS 格式）。举个例子，通过实际比较两个已发表的 Y2H 实验的结果，我们发现除了两个实验中共同的直接相互作用的一对蛋白质之外，还发现了许多由多个蛋白质介导的间接相互作用。蛋白质组的例子该方法的特点之一是，除了关注两个蛋白质之间的一对一关系外，还通过关注蛋白质组之间的多对多关系进行泛化。将上述两个Y2H实验通过改变参数（干预蛋白质数量的上限）进行处理的结果编译成数据库，并在网络上发布可以与蛋白质相互作用图一起显示的系统以供参考。我做到了。