tRNAに存在する特異な構造モチーフの分子固定と構造解析

tRNA 中独特结构基序的分子固定和结构分析

基本信息

批准号：
09278209
负责人：
関根光雄
金额：
$ 1.28万
依托单位：
Tokyo Institute of Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
1997
资助国家：
日本
起止时间：
1997 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究は人工的に分子設計した立体的に固定化されたベント構造をもつtRNAや塩基部位と糖部位を完全にA型らせんのコンホメーションに固定した剛直構造をもつRNAの最小単位であるモチーフを活用し、これらをRNAに組み込み、これまでにない、三次元構造が固定されたRNAを構築することを目的とする。まず、tRNAのアンチコドンル-部位に存在する鋭いベント機構として知られているUターン構造を科学的に固定化するため、tRNAX線構造解析のデータと最新のアンチコドンの第一字目の装飾ヌクレオシドとUターン構造との残基間相互作用を参考に、UpUの上流側のUの2'水酸基と下流のUの塩基部位の5位から-CH_2C(0)NHCH_2-と-C(O)NHCH_2-の2種類のリンカーを介して連結させたウリジル酸2量体の合成を行い、NMR、CD、分子力場計算、MD計算などをおこない、Uターン構造が安定化されるか、調べた。その結果、NMRからは-CH_2C(O)NHCH_2-をリンア-として用いる場合には、ベントした構造とストレッチ構造の2つの構造の平衡にあることがわかった。一方、-C(O)NHCH_2-をリンカーとして用いる場合、アミド結合のcis-transの回転異性体の混合物として存在することがわかった。また、ベント構造も取りかえることもわかった。そこで、このベント構造をtRNAに組み込むため、その合成に必要なこれらのリンカーで連結されたウリジル酸2量体のホスホロアミダイト合成ユニットの合成をおこない、収率よく合成することができた。現在、これら-CH_2C(O)NHCH_2-と-C(O)NHCH_2-のリンカーをもつベント核酸を個相合成法で合成する詳細な条件について検討している。

这项研究利用具有人工分子设计的静置固定的通风结构的TRNA，以及具有刚性结构的最小单位的图案，具有刚性结构，这些结构具有刚性结构，这些结构完全固定了A型螺旋构象中的基础和糖位点，并将这些构型结合到RNA中，并将这些结构纳入RNA中，以构建无预防性的三二维结构，将其结合到rnas中。 First, in order to scientifically immobilize the U-turn structure, known as the sharp vent mechanism present at the anticodonle-site of tRNA, we used data from tRNA X-ray structure analysis and the inter-residue interaction between the first-character decorative nucleoside of the latest anticodon and the U-turn structure, and synthesized uridylic acid dimers linked from the 2' hydroxyl group of U upstream side UpU and the base U下游U的位点通过两种类型的接头-CH_2C（0）NHCH_2-和-C（O）NHCH_2-和-C（O）NHCH_2-，使用NMR，CD，CD，分子力场计算，MD计算等。确定U-Turn结构是否稳定。结果，NMR表明，当-CH_2C（O）NHCH_2-用作磷时，这两个结构处于平衡状态时，结构会排气并拉伸。另一方面，当使用-C（O）NHCH_2-用作接头时，发现它是CIS-Trans与酰胺键的旋转组的混合物。还发现已更换了通风孔结构。因此，为了将这种排气结构纳入tRNA中，进行了这些接头连接的尿酸酸抑制剂的磷光单位，这是合成所必需的，并以高收率制成合成。目前，正在研究通过接头-CH_2C（O）NHCH_2-和-C（O）NHCH_2-通过单个相合成的详细条件。