RNA結合蛋白質hnRNPDの配列特異的一本鎖核酸認識機構の解明

阐明RNA结合蛋白hnRNPD的序列特异性单链核酸识别机制

• 批准号: 09249101
• 负责人: 石川 冬木
• 金额: $ 1.02万
• 依托单位: Tokyo Institute of Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 1997
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1997 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-09249101/
• 关键词: hnRNPD; RNA結合蛋白質; NMR; RNPモチーフ

1.D1Hの溶液構造を高分解能(r.m.s.d=0.41オングストローム)で決定した。その結果、βαββαβフォールディング構造に加えて以下の構造が形成されていることがわかった。1)αヘリックスのN末端の構造を安定化するNキャッピング構造がα1及びα2に形成されている。2)α1にはαヘリックスのC末端側の構造を安定化するCキャッピング構造が形成されている。3)β2にはβバルジ構造が形成されている。4)二次構造を形成していないループ領域のうちloop1とloop5に含まれるアミノ酸の側鎖間に水素結合が見つかった。これらのloop1及びloop5はRNAと相互作用するloop3の真下に位置することから、RNAが結合する際にloop3を下から支えている可能性がある。2.RNAとの複合体に関して三重共鳴NMR測定を行い主鎖の帰属を行なった。その結果RNAとの相互作用部位がより正確になった。また、RNAが結合した状態でもD1Hの二次構造が保持されていることがわかった。3.複合体形成にともなうD1Hの主鎖の運動性をT1,T2及び15N-NOEを用いて調べた。相互作用に関与するloop3は、RNAが結合していないときは運動性が高いが、結合すると運動性が低くなることからinducedfitしている可能性がある。4.一方、D2の構造も二次構造を決定した。現在立体構造を求めるために解析を続けている。

1。D1H的溶液结构用高分辨率（R.M.S.D = 0.41 Angstroms）确定。结果，发现除了βαβαβ折叠结构外，还形成了以下结构。 1）在α1和α2处形成N贴结构，该结构稳定在α-螺旋的N末端的结构。 2）在α1中形成了C贴结构，以稳定α螺旋的C末端的结构。 3）β2中形成了β凸起结构。 4）在不形成二级结构的环区域之间，在Loop1和Loop5中包含的氨基酸的侧链之间发现了氢键。由于这些Loop1和Loop5位于与RNA相互作用的Loop3直接位于LOOP3下方，因此当RNA结合时，可能从下方支持Loop3。 2。在与RNA的复合物上进行三重共振NMR测量值，以分配主链。结果，与RNA相互作用的位点更准确。还发现即使RNA结合，D1H的二级结构也会保留。 3。使用T1，T2和15N-NOE研究了与复合形成相关的D1H主链的运动。参与相互作用的LOOP3在不结合RNA时会高度动机，但可能会诱导，因为它会在绑定时降低运动性。 4。同时，还确定了D2的二级结构。目前，我们正在继续分析以确定三维结构。