RNA結合蛋白質hnRNPDの配列特異的一本鎖核酸認識機構の解明

阐明RNA结合蛋白hnRNPD的序列特异性单链核酸识别机制

• 批准号: 09249101
• 负责人: 石川 冬木
• 金额: $ 1.02万
• 依托单位: Tokyo Institute of Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 1997
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1997 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-09249101/
• 关键词: hnRNPD; RNA結合蛋白質; NMR; RNPモチーフ

1.D1Hの溶液構造を高分解能(r.m.s.d=0.41オングストローム)で決定した。その結果、βαββαβフォールディング構造に加えて以下の構造が形成されていることがわかった。1)αヘリックスのN末端の構造を安定化するNキャッピング構造がα1及びα2に形成されている。2)α1にはαヘリックスのC末端側の構造を安定化するCキャッピング構造が形成されている。3)β2にはβバルジ構造が形成されている。4)二次構造を形成していないループ領域のうちloop1とloop5に含まれるアミノ酸の側鎖間に水素結合が見つかった。これらのloop1及びloop5はRNAと相互作用するloop3の真下に位置することから、RNAが結合する際にloop3を下から支えている可能性がある。2.RNAとの複合体に関して三重共鳴NMR測定を行い主鎖の帰属を行なった。その結果RNAとの相互作用部位がより正確になった。また、RNAが結合した状態でもD1Hの二次構造が保持されていることがわかった。3.複合体形成にともなうD1Hの主鎖の運動性をT1,T2及び15N-NOEを用いて調べた。相互作用に関与するloop3は、RNAが結合していないときは運動性が高いが、結合すると運動性が低くなることからinducedfitしている可能性がある。4.一方、D2の構造も二次構造を決定した。現在立体構造を求めるために解析を続けている。

1.以高分辨率测定D1H的溶液结构（r.m.s.d=0.41埃）。结果发现，除了βαββαβ折叠结构之外，还形成了以下结构。 1) 在 α1 和 α2 处形成 N 封端结构，稳定 α 螺旋的 N 端结构。 2) α1 具有 C 封端结构，可稳定 α 螺旋的 C 端结构。 3) β2内形成β凸出结构。 4)在不形成二级结构的环区域中，在loop1和loop5所含氨基酸的侧链之间发现氢键。由于这些loop1和loop5位于与RNA相互作用的loop3的正下方，因此当RNA结合时它们可能从下方支撑loop3。 2.对与RNA的复合物进行三重共振NMR测量以鉴定主链。结果，与RNA的相互作用位点变得更加精确。还发现即使当RNA结合时，D1H的二级结构也得以维持。 3.使用T1、T2和15N-NOE研究了复合物形成时D1H主链的迁移率。 Loop3 参与相互作用，当 RNA 未结合时，其活动性较高，但当 RNA 结合时，活动性降低，表明诱导契合。 4.另一方面，还测定了D2的二级结构。目前正在继续分析确定三维结构。