日米英蘭の先端ゲノムコホートと戦略的AI解析技術を用いた多因子疾患の病態解明

利用来自日本、美国、英国和荷兰的先进基因组队列和战略人工智能分析技术阐明多因素疾病的病理学

基本信息

  • 批准号:
    22H03346
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 11.23万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    日本
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
  • 财政年份:
    2022
  • 资助国家:
    日本
  • 起止时间:
    2022-04-01 至 2025-03-31
  • 项目状态:
    未结题

项目摘要

自閉スペクトラム症(ASD)の異質性を克服するために、Simons Foundation Powering Autism Research for Knowledge(SPARK)データセットのクラスター分析を行い、そのクラスターのGWASを実施した。白人男性プロバンド2,079人と未罹患の兄弟875人のデータを解析した。従来のGWASとして、参加者全員(症例875人、対照2,079人)に対してGWASを実施した。クラスタベースのGWAS(cGWAS)として、まずASDの875例をDeep Embedded Clusteringを用いて40クラスターに分類した。クラスタリングには、DCDQ(15項目)、SCQ(40項目)、RBS-R(43項目)、初回登録時の年齢(月)、民族、利き手、投薬歴、生物医学的介入歴、集中行動介入歴が用いられた。その後、各クラスターの参加者と2,079人のコントロールの参加者を統合し、40のクラスターに従ってGWASを実施した。全患者と全コントロールを比較した従来のGWASでは、有意な関連は観察されなかった。しかし、表現型が似ているクラスターに分けられた患者をコントロールと比較したcGWASでは、P < 5.0 × 10-8を満たす90の染色体座が同定され、そのうちのいくつかは、これまでに報告されたASDの候補遺伝子内またはその近くに位置していた。アトピー性皮膚炎に関しては、東北メディカル・メガバンク計画のバイオバンクに格納されている「お肌チェック」のデータを用い、データクリーニングが完了したところである。糖尿病については、英国のUK Biobankのデータを用い、表現型としてどのような変数があり、それらがどのような相関関係にあるかを明らかにし、変数選択をほぼ終えたところである。
为了克服自闭症谱系障碍 (ASD) 的异质性,我们对西蒙斯基金会支持自闭症知识研究 (SPARK) 数据集进行了聚类分析,并对聚类进行了 GWAS。分析了 2,079 名白人男性先证者和 875 名未受影响的兄弟姐妹的数据。作为传统的 GWAS,GWAS 对所有参与者(875 例病例和 2,079 例对照)进行了研究。作为基于聚类的 GWAS (cGWAS),我们首先使用深度嵌入聚类将 875 个 ASD 病例分为 40 个聚类。聚类包括 DCDQ(15 项)、SCQ(40 项)、RBS-R(43 项)、首次入组年龄(月)、种族、惯用手、用药史、生物医学干预史、强化行为干预史。 。然后,我们将每个集群的参与者与 2,079 名对照参与者整合起来,并根据 40 个集群进行了 GWAS。传统 GWAS 比较所有患者与所有对照,未观察到显着关联。然而,cGWAS 将表型聚集的患者与对照进行比较,发现了 90 个 P < 5.0 × 10-8 的染色体位点,其中一些位点以前未曾报道过位于 ASD 候选基因内或附近。关于特应性皮炎,我们刚刚使用东北医疗大型银行项目生物银行中存储的“皮肤检查”数据完成了数据清理。关于糖尿病,我们利用英国UK Biobank的数据已经基本完成了变量的选择,明确了表型变量有哪些类型以及它们之间有什么样的相关性。

项目成果

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专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)

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  • 发表时间:
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  • 期刊:
  • 影响因子:
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    0
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