Investigation of novel oral cancer-specific molecular targets based on genetic diversity

基于遗传多样性的新型口腔癌特异性分子靶点研究

基本信息

批准号：
22H03288
负责人：
工藤保誠
金额：
$ 11.15万
依托单位：
The University of Tokushima
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2026-03-31
项目状态：
未结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22H03288/
关键词：
口腔がん分子標的治療薬

项目摘要

近年、がん組織の遺伝子発現情報を含めた膨大なデータを利用した治療標的遺伝子の探索が試みられているが、口腔がんでは治療標的遺伝子は未だ同定されていない。本研究では、異なる複数のデータベースから口腔がん遺伝子発現データを統合し、間質細胞の混入が少ないがん細胞の純度の高い症例を選別することで、信頼度の高い治療標的を探索する。さらに、治療効果の堅牢性・再現性を確保するために、多数の口腔がん細胞株を混在させた細胞プールに対して一括して抗がん効果を評価することにより、がん細胞の特徴である遺伝的多様性に起因する多様な薬剤感受性を視野に入れた従来とは異なる戦略で口腔がんに特異的な分子標的薬の開発を試みることを目的としている。本年度は、口腔がんの新規治療標的遺伝子の探索として、公共のHNSC scRNA-seqデータをリファレンスとしてTCGA- HNSCデータをBayesPrism法によってdeconvolutionした。この結果、がん細胞純度が90%以上の症例は全症例の約半数であった。これらのがん細胞純度が高い症例のうちHPV陰性の症例を選択し、学習用データセットとした。現在、高純度がん組織と正常組織の遺伝子発現値を統計検定し、がん組織で2倍以上の発現値を示す膜タンパク遺伝子の同定を行っている。また、バーコード導入口腔がん細胞株の作製するために、26塩基からなるバーコードを付与し、GFPおよびルシフェラーゼを発現するウイルスベクターを構築した。現在、細胞バンクから入手した13種類の口腔がん細胞株に異なったバーコードを有するベクターを導入し、安定性に発現する細胞株を作成している。

近年来，人们尝试利用包括癌组织的基因表达信息在内的大量数据来寻找治疗靶基因，但尚未鉴定出口腔癌的治疗靶基因。在这项研究中，我们将通过整合来自多个不同数据库的口腔癌基因表达数据并选择具有高纯度癌细胞且基质细胞污染很少的病例来寻找高度可靠的治疗靶点。此外，为了确保治疗效果的稳健性和可重复性，我们通过评估含有大量口腔癌细胞系的细胞库中的抗癌效果来评估癌细胞的特征。该项目的目的是尝试开发。考虑到遗传多样性引起的各种药物敏感性，针对口腔癌的分子靶向药物采用了与传统方法不同的策略。今年，为了寻找口腔癌新的治疗靶基因，我们以公开的HNSC scRNA-seq数据为参考，使用BayesPrism方法对TCGA-HNSC数据进行解卷积。结果，大约一半病例的癌细胞纯度达到 90% 或更高。在这些癌细胞纯度高的病例中，选择HPV阴性病例作为训练数据集。目前，我们正在对高纯度癌组织和正常组织中的基因表达值进行统计测试，正在鉴定表达值在癌组织中高出两倍以上的膜蛋白基因。此外，为了创建引入条形码的口腔癌细胞系，我们添加了 26 碱基条形码并构建了表达 GFP 和荧光素酶的病毒载体。目前，将具有不同条形码的载体导入从细胞库获得的13种口腔癌细胞系中，以创建稳定表达该基因的细胞系。