Investigation of novel oral cancer-specific molecular targets based on genetic diversity

基于遗传多样性的新型口腔癌特异性分子靶点研究

基本信息

批准号：
22H03288
负责人：
工藤保誠
金额：
$ 11.15万
依托单位：
The University of Tokushima
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2026-03-31
项目状态：
未结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22H03288/
关键词：
口腔がん分子標的治療薬

项目摘要

近年、がん組織の遺伝子発現情報を含めた膨大なデータを利用した治療標的遺伝子の探索が試みられているが、口腔がんでは治療標的遺伝子は未だ同定されていない。本研究では、異なる複数のデータベースから口腔がん遺伝子発現データを統合し、間質細胞の混入が少ないがん細胞の純度の高い症例を選別することで、信頼度の高い治療標的を探索する。さらに、治療効果の堅牢性・再現性を確保するために、多数の口腔がん細胞株を混在させた細胞プールに対して一括して抗がん効果を評価することにより、がん細胞の特徴である遺伝的多様性に起因する多様な薬剤感受性を視野に入れた従来とは異なる戦略で口腔がんに特異的な分子標的薬の開発を試みることを目的としている。本年度は、口腔がんの新規治療標的遺伝子の探索として、公共のHNSC scRNA-seqデータをリファレンスとしてTCGA- HNSCデータをBayesPrism法によってdeconvolutionした。この結果、がん細胞純度が90%以上の症例は全症例の約半数であった。これらのがん細胞純度が高い症例のうちHPV陰性の症例を選択し、学習用データセットとした。現在、高純度がん組織と正常組織の遺伝子発現値を統計検定し、がん組織で2倍以上の発現値を示す膜タンパク遺伝子の同定を行っている。また、バーコード導入口腔がん細胞株の作製するために、26塩基からなるバーコードを付与し、GFPおよびルシフェラーゼを発現するウイルスベクターを構築した。現在、細胞バンクから入手した13種類の口腔がん細胞株に異なったバーコードを有するベクターを導入し、安定性に発現する細胞株を作成している。

近年来，已经尝试使用大量数据（包括癌症组织中的基因表达信息）搜索治疗靶基因，但是在口腔癌中尚未发现治疗靶基因。在这项研究中，我们将通过选择几乎没有基质细胞污染的高度纯癌细胞的病例来整合来自多个不同数据库的口腔癌基因表达数据，并搜索高度可靠的治疗靶标。此外，为了确保治疗作用的鲁棒性和可重复性，其目的是在包含大量口腔癌细胞系的细胞池中以集体方式评估抗癌作用，并试图使用针对多种药物易感性的不同策略来开发针对口腔癌的分子靶向药物，这些药物由多样化的遗传性癌症引起的多样性。今年，我们使用公共HNSC SCRNA-SEQ数据将TCGA-HNSC数据解析为使用Bayesprism方法来寻找针对口腔癌的新型治疗靶基因的参考。结果，大约一半的病例的癌细胞纯度为90％或以上。在这些癌细胞纯度高的病例中，选择了HPV阴性病例并用作训练数据集。目前，对高纯性癌组织和正常组织中的基因表达值进行了统计测试，以鉴定在癌组织中表现出双重表达值的膜蛋白基因。此外，为了创建条形码 - 引入口服癌细胞系，分配了由26个碱基组成的条形码来构建表达GFP和荧光素酶的病毒载体。目前，已经引入了从细胞库中获得的13个口腔癌细胞系，并带有具有不同条形码的向量，以创建稳定的细胞系。