Genomic instability and immunology of hepato-biliary cancer

肝胆癌的基因组不稳定性和免疫学

基本信息

批准号：
22H03063
负责人：
中川英刀
金额：
$ 8.65万
依托单位：
Institute of Physical and Chemical Research
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

项目摘要

これまでshort-read WGSを行いHBV組み込み検出した肝癌のDNAについて、Nanopore sequencing を行い、HBV組み込みを介して染色体転座を検出した。これらの転座によって、TP53やARID1Aといった腫瘍抑制遺伝子の染色体欠損がおきていた。また、long-readでの肝がんのRNAの全長シークエンス解析も行い、HBVや内因性ウイルスHERVとの融合遺伝子を同定した。胆道胆道がんの合計50例の全ゲノムシークエンス解析を行い、SNV/indel およびＳＶの情報を鑑みて、機械学習法によりHRD解析を行った。BRCA1/2およびPLAB2のgermline variants を保有する患者においては、LOHなどのsecond hit が入ることで、ゲノム不安定が生じ、HRD陽性の腫瘍が発生することを実証した (J Hepatol. 78:333-342, 2023)。B型肝炎、C型肝炎、アルコール性肝炎、およびNASHの凍結保存してある肝組織について、合計8例の空間的RNA発現解析（Visium）のデータ取得を行った。さらには、ウイルス感染や背景肝炎のない肝臓から発生した肝がん組織について、20例の全ゲノムシークエンス解析およびＲNAシークエンス解析を行い、その網羅的変異プロファイルを作成して、これまでのウイルス性肝癌との比較を行った。変異遺伝子には大きな差異はなかったが、ゲノム全体での変異Signatureや非腫瘍肝臓の遺伝子発現に差異が認められ、それらが肝炎を介さない肝発癌に寄与しているものと考えられる。胆道がんおよび膵臓がんの切除標本より、exome およびRNAseq、そして小腸組織のRNAseqを行った。

对肝癌 DNA 进行纳米孔测序，此前曾使用短读长全基因组测序检测 HBV 整合，以检测 HBV 整合导致的染色体易位。这些易位导致 TP53 和 ARID1A 等肿瘤抑制基因的染色体缺失。我们还对肝癌 RNA 进行了长读长全长序列分析，并鉴定了 HBV 和内源性病毒 HERV 的融合基因。对共50例胆道癌进行全基因组序列分析，并利用基于SNV/indel和SV信息的机器学习方法进行HRD分析。我们证明，在患有 BRCA1/2 和 PLAB2 种系变异的患者中，LOH 等第二次打击会导致基因组不稳定和 HRD 阳性肿瘤的发展 (J Hepatol. 78:333-342, 2023)。我们获得了总共 8 例乙型肝炎、丙型肝炎、酒精性肝炎和 NASH 冷冻保存肝组织的空间 RNA 表达分析 (Visium) 数据。此外，我们对20例无病毒感染或肝炎背景的肝癌组织进行了全基因组序列和RNA序列分析，并建立了全面的突变谱进行比较。尽管突变基因没有重大差异，但在整个基因组的突变特征和非肿瘤肝脏中的基因表达中观察到差异，这被认为有助于非肝炎介导的肝癌发生。我们对胆道癌和胰腺癌的切除标本进行了外显子组和 RNAseq 以及小肠组织 RNAseq。