Formulation of management units in areas of black bear extermination and evaluation of harmful genes in endangered populations

黑熊灭绝地区管理单元的制定及濒危种群有害基因评价

基本信息

批准号：
22H02370
负责人：
大西尚樹
金额：
$ 11.07万
依托单位：
Forest Research and Management Organization
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22H02370/
关键词：
ツキノワグマ景観遺伝学保全遺伝学

项目摘要

本州におけるツキノワグマの遺伝構造を明らかにした。マイクロサテライトDNA16遺伝子座を用いて各地で捕獲された個体の遺伝子型を決定し、STRUCTURE解析を行ったところ16程度の地域集団が推定された。特に日本アルプスによる東西の分岐と、岩手県における北上山地の遺伝的な独自性が明らかになった。また、日本アルプス周辺では日本海側から南方方面へ、岩手県では北上山地から奥羽山系への東方面へ同種が進出していった経緯が推定された。集団の遺伝構造に与えるオスの影響を明らかにするために、Y染色体上のマイクロサテライトマーカーの開発に着手した。すでに公開されている韓国および四国のオスのツキノワグマの全ゲノム配列から、Y染色体上の変異を特定した。そして、Y染色体上の230のマイクロサテライト領域を選抜し、そのうちの108遺伝子座においてプライマーを作成した。また、他種での変異を調べるために国内の動物園からホッキョクグマ、マレーグマの血液サンプル、および北海道の野生のヒグマの組織サンプルを入手した。絶滅が危惧されている四国のツキノワグマ個体群の有害変異蓄積量を推定するために、四国で捕獲された4頭（雌雄2頭ずつ）の全ゲノム解析を行った。比較対象として、本州の8個体（雌雄4頭ずつ）の全ゲノム解析も同時に行った。さらに、すでに公開されている四国の1個体と中国大陸由来の3個体の全ゲノム配列データを用いて予備解析を行ったところ、四国の個体は大陸由来の個体に比べて個体内のヘテロ接合度が極めて低いことが明らかになった。

本州亚洲黑熊的遗传结构得到了阐明。使用 16 个微卫星 DNA 位点，我们确定了在不同地点捕获的个体的基因型并进行了结构分析，从而估计了大约 16 个区域种群。特别是日本阿尔卑斯山的东西支脉和岩手县北上山脉的基因独特性被揭示。还推测同一物种从日本阿尔卑斯山周围的日本海一侧向南传播，并从北上山脉向东传播到岩手县的奥羽山脉。为了阐明男性对种群遗传结构的影响，我们开始开发 Y 染色体上的微卫星标记。 Y染色体上的突变是从先前发表的来自韩国和四国的雄性亚洲黑熊的全基因组序列中发现的。然后，他们选择了 Y 染色体上的 230 个微卫星区域，并为其中 108 个创建了引物。为了研究其他物种的突变，他们还从日本动物园获取了北极熊和太阳熊的血液样本，以及北海道野生棕熊的组织样本。为了估计四国濒危亚洲黑熊种群中有害突变的累积量，我们对四国捕获的四只动物（两只雄性和两只雌性）进行了全基因组分析。为了进行比较，我们还同时对来自本州的八个人（四男四女）进行了全基因组分析。此外，利用已公开的四国1名个体和中国大陆3名个体的全基因组序列数据进行的初步分析显示，四国个体的个体内杂合度高于中国大陆个体。非常低。