雑草性関連遺伝子群を総合的かつ定量的に評価できる雑草性レベルメーター系統の開発

开发可全面定量评价杂草相关基因组的杂草水平仪系统

基本信息

批准号：
22H02345
负责人：
黒川俊二
金额：
$ 10.82万
依托单位：
Kyoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2027-03-31
项目状态：
未结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22H02345/
关键词：
雑草性雑草性遺伝子アサガオアメリカアサガオ

项目摘要

本年度は雑草性レベルメーター系統作出のための世代促進技術の開発を行った。交配に必要な種子数を確保するため、１個体当たり10個以上の花をつける条件で、４ヶ月で１世代を回す技術の開発を試みた。第1期は野外試験で行い、アメリカアサガオおよびアサガオともに短日処理を行うことで、両種の開花期が重なるタイミングで１個体あたり10個を大きく上回る花数をつけることに成功した。第2期および第3期は人工気象器を用いて栽培初期から短日条件で栽培し、開花期間および花数の調査を行った。その結果、両種間で開花ピークが概ね重なっていること、花数は1個体当たり10個を大きく上回っていた。これらの結果から、目標とする１個体あたり10個以上の花をつける条件で、４ヶ月で１世代を回す世代促進技術の開発に成功した。雑草性レベルメーター系統が作出された際に、その実用性評価に用いるSNPsマーカーを開発するため、すでに解読されているI. nil（東京古型標準型（Q1065））の全ゲノム配列（Asagao_1.1）をリファレンス配列としてI. hederacea（農研機構WH03-IH）をリシーケンスし、両種間の多型の検出を行った。I. hederaceaについては３個体での平均リード数が220,305,648、シーケンスされた平均塩基数は33,046Mbpとなり、I. nilの全ゲノム塩基数を750Mbpとすると平均カバレッジ数は44となり、目標の20を上回った。Asagao_1.1にマッピングされたリード数は３個体の平均で207.7Mリードとなり、マッピング率は平均99.07%となった。リファレンス配列に対して、バックグラウンド除去のため用いたI. nilサンプルで配列が一致しI. hederaceaでホモで多型の見られたサイトを集計すると、SNPsが4,609,587箇所、indelが196,147箇所となった。

今年，我们开发了促进技术来创建基于杂草的电平系统的技术。为了确保越过所需的种子数量，我们试图开发一项技术，该技术在每个人施加10多个花朵的条件下四个月内转为一代。第一阶段是在户外考试中进行的，在美国野蛮人和阿萨戈尔（Asagao and Asagao）进行了短期加工，在开花阶段重叠时，成功地添加了大量的每人花费大量的花朵。从人工气象仪器培养的初期，在短期内培养了第二阶段和第三阶段，并研究了开花时期和花的数量。结果，这两个物种之间的开花峰通常是超过的，花的数量大于每个人的10个。基于这些结果，我们成功地开发了一种一代促进技术，该技术在每个目标施加10多个花朵的条件下在四个月内变成了一代。为了开发用于实用性评估的SNP标记，当创建了基于杂草的水平仪表系统时，所有已经被解码的I.Nil（Tokyo Antive Altend Standard（Q1065））的所有基因组序列（Asagao_1。I。Hederacea）（农业研究组织WH03-IH）被恢复为参考阵列，并进行了两种物种之间的多型检测。对于Hederacea，三个个体的平均铅数为220,305,648，平均序列为33,046 MBP，如果I.NIL的总基因组基础为750 MBP，平均覆盖率为44，超过目标为20。ta。映射到Asagao_1.1的铅数量平均为20770万个人，平均地图率为99.07％。为了响应参考阵列，阵列与I.无用于删除背景的零样品匹配。