雑草性関連遺伝子群を総合的かつ定量的に評価できる雑草性レベルメーター系統の開発

开发可全面定量评价杂草相关基因组的杂草水平仪系统

基本信息

批准号：
22H02345
负责人：
黒川俊二
金额：
$ 10.82万
依托单位：
Kyoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2027-03-31
项目状态：
未结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22H02345/
关键词：
雑草性雑草性遺伝子アサガオアメリカアサガオ

项目摘要

本年度は雑草性レベルメーター系統作出のための世代促進技術の開発を行った。交配に必要な種子数を確保するため、１個体当たり10個以上の花をつける条件で、４ヶ月で１世代を回す技術の開発を試みた。第1期は野外試験で行い、アメリカアサガオおよびアサガオともに短日処理を行うことで、両種の開花期が重なるタイミングで１個体あたり10個を大きく上回る花数をつけることに成功した。第2期および第3期は人工気象器を用いて栽培初期から短日条件で栽培し、開花期間および花数の調査を行った。その結果、両種間で開花ピークが概ね重なっていること、花数は1個体当たり10個を大きく上回っていた。これらの結果から、目標とする１個体あたり10個以上の花をつける条件で、４ヶ月で１世代を回す世代促進技術の開発に成功した。雑草性レベルメーター系統が作出された際に、その実用性評価に用いるSNPsマーカーを開発するため、すでに解読されているI. nil（東京古型標準型（Q1065））の全ゲノム配列（Asagao_1.1）をリファレンス配列としてI. hederacea（農研機構WH03-IH）をリシーケンスし、両種間の多型の検出を行った。I. hederaceaについては３個体での平均リード数が220,305,648、シーケンスされた平均塩基数は33,046Mbpとなり、I. nilの全ゲノム塩基数を750Mbpとすると平均カバレッジ数は44となり、目標の20を上回った。Asagao_1.1にマッピングされたリード数は３個体の平均で207.7Mリードとなり、マッピング率は平均99.07%となった。リファレンス配列に対して、バックグラウンド除去のため用いたI. nilサンプルで配列が一致しI. hederaceaでホモで多型の見られたサイトを集計すると、SNPsが4,609,587箇所、indelが196,147箇所となった。

今年，我们开发了生产杂草水平仪系统的生成促进技术。为了确保交配所需的种子数量，我们试图开发一项技术，该技术允许在每个人至少生产10朵花的条件下四个月内通过。第一阶段是在户外测试中进行的，通过对美国晨间荣耀和晨荣耀的短暂处理，我们能够在两种物种的开花时期重叠时达到大量的花朵，每人超过每人的花朵。从种植开始时，在短期条件下使用人造天气设备进行了第二阶段和第三阶段，并研究了开花期和鲜花数量。结果，开花峰通常重叠在这两个物种之间，而花的数量远高于每个物种的10种。基于这些结果，我们成功地开发了一系列的促进技术，该技术将使一代人在每个人至少10朵花的目标状态下在四个月内通过。当创建杂草电表线时，使用I. NIL（Tokyo Preaotype Standard Type（Q1065））的整个基因组序列（Asagao_1.1）对I. Hederacea（农业研究所WH03-IH）进行了重新陈述，这些序列已经被解密了，这些序列是检测两种多态性序列的参考序列。 For I. hederacea, the average read count for three individuals was 220,305,648, and the average number of sequenced bases was 33,046 Mbp, and if the total number of genomes in I. nil was 750 Mbp, the average coverage count was 44, exceeding the target 20. The average number of reads mapped to Asagao_1.1 was 207.7M for the three individuals, and the average mapping rate was 99.07％。当在用于参考序列的背景删除的I. nil样品中收集了Hederacea的同源多态性的位点时，SNP的数量为4,609,587，Indels为196,147。