転写開始点の超高速決定法の開発と植物ゲノム研究への応用

转录起始位点超快速测定方法的建立及其在植物基因组研究中的应用

基本信息

批准号：
19657016
负责人：
小保方潤一
金额：
$ 2.3万
依托单位：
Nagoya University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Exploratory Research
财政年份：
2007
资助国家：
日本
起止时间：
2007 至 2008
项目状态：
已结题

项目摘要

初年度に開発・実施したCT-MPSS法によって、シロイヌナズナの転写開始点タグ配列を38万ほど決定した。本年度は、それらの配列情報を用いて、植物の転写開始点に関する情報生物学的解析を進めたところ、以下のような研究成果が得られた。(1)高等植物のコアプロモーター領域では、ヒトやマウスのコアプロモーターにはみられない配列要素やコンテキストが使われている。(2)植物のプロモーターは、転写開始点がブロードに広がるタイプと、数塩基に集中するタイプに大きく分けられた。(3)このうち、TATAボックスを持つ遺伝子は、一般に、発現量が大きく、また、転写開始点の収斂度が高かった。(4)転写開始点は一般にプリンとピリミジンの境界に出現するが、発現量の多い遺伝子では、その周辺にさらに特徴があり、所謂イニシエーター(Inr)のコンセンサス配列により近づく傾向が見られた。(5)遺伝子の発現量と、TATAボックスの存在、Inr類縁配列のコンセンサス配列への収斂度、の3者には正の相関がみられた。(6)一方、ブロード型のプロモーターはTATAボックスやInrの代わりに、GA因子をもつ傾向があった。(7)植物のブロード型プロモーターには、動物のブロード型プロモーターにみられるようなCpGモチーフがみられなかった。従って、植物では、動物のCpGモチーフが果たしている役割を、GA因子が代わりに果たしているのかもしれない。(8)TATAボックス型プロモーターは、環境応答系の遺伝子に比較的多い傾向があった。

在第一年开发和实施的CT-MPSS方法已确定约380,000 shiro nunazuna的转移开始标签阵列。今年，通过使用这些阵列信息促进有关植物转录的起点的信息生物学分析获得以下研究结果。（1）在高植物的核心启动子区域中，使用了人类和小鼠核心启动子中未发现的阵列元素和环境。（2）该植物的启动子被广泛分为广播公司的类型，而集中在几个基础上的类型。（3）其中，带有Tata盒的基因通常具有较大的表达，并且转移起点的收敛性很高。（4）转移起点通常出现在布丁和嘧啶之间的边界上，但是具有大量表达的基因在其周围具有更多的特征，并且SO被称为的引发剂（INR）的共有序列倾向于接近。（5）在基因的表达，tata框的存在以及INR边缘阵列共识序列的收敛中发现了正相关。（6）另一方面，宽阔的启动子倾向于具有GA因子，而不是Tata盒和INR。（7）植物的宽型启动子没有看到动物宽型启动子中看到的CpG图案。因此，在植物中，GA因子可能起着动物CpG基序的作用。（8）TATA框 - 类型启动子在环境反应基因中往往相对常见。

项目成果

期刊论文数量（23）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Three novel subunits of Arabidopsis chloroplastic NAD(P)H dehydrogenase identified by bioinformatic and reverse genetic approaches.

DOI：
10.1111/j.1365-313x.2008.03680.x
发表时间：
2009
期刊：
The Plant journal : for cell and molecular biology
影响因子：
0
作者：
Atsushi Takabayashi;Noriko Ishikawa;T. Obayashi;S. Ishida;J. Obokata;T. Endo;F. Sato
通讯作者：
Atsushi Takabayashi;Noriko Ishikawa;T. Obayashi;S. Ishida;J. Obokata;T. Endo;F. Sato

高密度転写開始点解析から明らかになったシロイヌナズナのコアプロモーター構造の多様性

高密度转录起始位点分析揭示拟南芥核心启动子结构的多样性