核染色による絶対寄生性土壌病害菌の発芽検定法の確立と発芽誘引シグナルの探索

利用核染色建立专性寄生土壤病原体发芽测定方法并寻找发芽诱导信号

基本信息

批准号：
17658031
负责人：
江澤辰広
金额：
$ 2.24万
依托单位：
Hokkaido University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Exploratory Research
财政年份：
2005
资助国家：
日本
起止时间：
2005 至 2008
项目状态：
已结题

项目摘要

絶対寄生性の土壌病害菌であるアブラナ科根こぶ病菌のレース識別は、従来、検定植物への接種試験により行われていた。これを根こぶ病菌のレース識別を分子マーカーを用いて簡便に行う方法を確立するために、大、小サブユニットリボソームRNA遺伝子の塩基配列、IGS領域および本遺伝子中に発見されたイントロンの解析を行った。1.IGS領域の解析:名古屋大学より分離されたNGY03株のIGS領域には14bpのパリンドローム配列の中心に反復配列が挿入されたものが、987-1248nt領域に5反復存在した。これら反復配列は、本菌のグループ分けの指標となる可能性が示唆された。2.イントロンの解析:大、小サブユニットで発見された4つのイントロンの二次構造予測を行ったところ、Group-Iイントロンに特徴的であるstem-loop構造が見つかった。また、系統解析から、S516_NGYイントロンはGroup-Iイントロンのうちのsubgroup IEに、Pbr.S943_NGY、Pbr.S1506_NGYおよびPbr.1094_Hagiはsubgroup IC1に属することが示された。NGY03株を含む世界各地で分離された7種類の根こぶ病菌のPbr.S1506イントロンの塩基配列の比較により、米国産のArkansas(U19881)のものは、P5ドメインの配列の一部が欠損していることがわかった。さらに、NGY03とArkansas株のその領域の二次構造は異なっていることが推定された。萩市(Hagi)および広島市(Hiroshima)から分離された株で見つかったPbr.L1094イントロンは、HagiとHiroshima間でその長さおよび塩基配列が異なっていた。NGY03株のエクソンおよび各イントロンの塩基配列は、クローン間で相同性が高かったのに対し、HagiおよびHiroshima株で見つかったPbr.S1904イントロンではクローン間で相同性が低く、この領域は地理的隔離株の識別に利用できる可能性が示唆された。一方で、Group-Iイントロンに特徴的なモチーフ配列(P,Q,R,S)は、すべての分離株の間で保存性が高かった。

十字花科根肿真菌是专性寄生土壤病原体，其种族鉴定通常通过对试验植物进行接种试验来进行。为了建立一种利用分子标记来鉴定根肿真菌种族的简单方法，我们分析了大亚基核糖体RNA基因、IGS区域以及该基因中发现的内含子的核苷酸序列。 1、IGS区分析：名古屋大学分离株NGY03的IGS区在14bp回文序列的中心插入了重复序列，在987-1248nt区域有5个重复序列。有人建议这些重复序列可以作为对该细菌进行分组的指标。 2.内含子分析：当我们预测大小亚基中的四个内含子的二级结构时，我们发现了I组内含子特征的茎环结构。此外，系统发育分析表明，S516_NGY内含子属于Group-I内含子的IE亚群，Pbr.S943_NGY、Pbr.S1506_NGY和Pbr.1094_Hagi属于IC1亚群。通过对包括NGY03菌株在内的世界各地分离的7种根肿菌Pbr.S1506内含子的碱基序列进行比较，发现美国产的阿肯色根肿菌（U19881）的Pbr.S1506内含子存在部分缺失。我发现有P5域序列。此外，NGY03 和阿肯色菌株中该区域的二级结构估计是不同的。从萩市和广岛市分离的菌株中发现的 Pbr.L1094 内含子在萩市和广岛市之间的长度和核苷酸序列上有所不同。 NGY03菌株的外显子和内含子核苷酸序列在克隆之间具有较高的同源性，而Hagi和Hiroshima菌株中发现的Pbr.S1904内含子在克隆之间具有较低的同源性，表明该区域在地理上是孤立的。用于菌株鉴定。另一方面，I组内含子特征的基序序列（P、Q、R、S）在所有分离株中高度保守。