核染色による絶対寄生性土壌病害菌の発芽検定法の確立と発芽誘引シグナルの探索

利用核染色建立专性寄生土壤病原体发芽测定方法并寻找发芽诱导信号

基本信息

批准号：
17658031
负责人：
江澤辰広
金额：
$ 2.24万
依托单位：
Hokkaido University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Exploratory Research
财政年份：
2005
资助国家：
日本
起止时间：
2005 至 2008
项目状态：
已结题

项目摘要

絶対寄生性の土壌病害菌であるアブラナ科根こぶ病菌のレース識別は、従来、検定植物への接種試験により行われていた。これを根こぶ病菌のレース識別を分子マーカーを用いて簡便に行う方法を確立するために、大、小サブユニットリボソームRNA遺伝子の塩基配列、IGS領域および本遺伝子中に発見されたイントロンの解析を行った。1.IGS領域の解析:名古屋大学より分離されたNGY03株のIGS領域には14bpのパリンドローム配列の中心に反復配列が挿入されたものが、987-1248nt領域に5反復存在した。これら反復配列は、本菌のグループ分けの指標となる可能性が示唆された。2.イントロンの解析:大、小サブユニットで発見された4つのイントロンの二次構造予測を行ったところ、Group-Iイントロンに特徴的であるstem-loop構造が見つかった。また、系統解析から、S516_NGYイントロンはGroup-Iイントロンのうちのsubgroup IEに、Pbr.S943_NGY、Pbr.S1506_NGYおよびPbr.1094_Hagiはsubgroup IC1に属することが示された。NGY03株を含む世界各地で分離された7種類の根こぶ病菌のPbr.S1506イントロンの塩基配列の比較により、米国産のArkansas(U19881)のものは、P5ドメインの配列の一部が欠損していることがわかった。さらに、NGY03とArkansas株のその領域の二次構造は異なっていることが推定された。萩市(Hagi)および広島市(Hiroshima)から分離された株で見つかったPbr.L1094イントロンは、HagiとHiroshima間でその長さおよび塩基配列が異なっていた。NGY03株のエクソンおよび各イントロンの塩基配列は、クローン間で相同性が高かったのに対し、HagiおよびHiroshima株で見つかったPbr.S1904イントロンではクローン間で相同性が低く、この領域は地理的隔離株の識別に利用できる可能性が示唆された。一方で、Group-Iイントロンに特徴的なモチーフ配列(P,Q,R,S)は、すべての分離株の間で保存性が高かった。

通常通过对认证植物的接种测试进行了胸腺科根膜疾病的绝对寄生虫疾病细菌的种族鉴定。为了建立一种使用分子标记鉴定根细菌种族种族种族的简单方法，我们分析了该基因中发现的大和小亚基核糖体RNA基因，IGS区域和内含子的核苷酸序列。 1。对IgS区域的分析：在从名古屋大学分离的NGY03菌株区域中，在987-1248NT区域中有五次迭代，重复序列在14bp palindromic序列的中心插入。据建议，这些重复序列可以用作细菌分组的指标。 2。内含子分析：我们对在大小亚基中发现的四个内含子进行了二次结构预测，并发现了I组内含子的茎环结构特征。此外，系统发育分析表明，S516_NGY内含子属于I组内含子的子组IE，并且PBR.S943_NGY，PBR.S1506_NGY和PBR.1094_HAGI属于子组IC1。 PBR.S1506内含子的核苷酸序列的比较，包括NGY03菌株在内的世界各地分离出的七种不同的根细菌细菌，表明阿肯色州的P5域序列的一部分（U19881）与美国丢失了。此外，据估计，NGY03和阿肯色菌株的二级结构有所不同。从Hagi和Hiroshima分离出的菌株中发现的PBR.L1094内含子具有不同的长度和Hagi和Hiroshima之间的核苷酸序列。 NGY03菌株中每个内含子的外显子和核苷酸序列在克隆之间是高度同源的，而在Hagi和Hiroshima菌株中发现的PBR.S1904内含子在克隆之间具有较少的同源性，这表明该区域可用于识别地理隔离率。另一方面，在所有分离株中，I组内含子的基序序列（p，q，r，s）的特征是高度保守的。