都市構造の変化が結核罹患構造へおよぼす影響に関する研究

城市结构变化对结核病发病结构的影响研究

基本信息

批准号：
22K17318
负责人：
山本香織
金额：
$ 3万
依托单位：
Osaka Institute of Public Health
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22K17318/
关键词：
結核感染伝播遺伝子型別クラスター地区類型都市部地域差

项目摘要

地域内の感染伝播を検証するためのゲノム解析対象サンプルセットを抽出する方法として、遺伝子型別によるスクリーニングを行うが、その際のクラスター定義を検討するために以下の分析を行った。結核分子疫学調査における遺伝子型別法はJATA12領域のVNTR型別が主流である。一方、サーベイランス調査ではJATA12領域に追加領域を加え、菌株識別能を高める必要がある。現状では菌株間のVNTR型の1領域違いを遺伝子型一致とするか、明確な判定基準は無い。2012-20年の大阪市新登録結核患者由来の結核菌505株について24領域のVNTR型別を行い、23領域が一致した菌株群（23領域クラスター）内で、不一致となった領域の分布を検討した。結果、199株が70パターンの23領域クラスターを形成した。23領域クラスター内で不一致であった領域は、多様度が高いとされているVNTR3820(14.3%)、QUB-3232(10.0%)、VNTR4120(8.6%)、QUB-26(8.6%)の順に多く、多様度が低いとされているMIRU40(7.1％)が続いた。23領域クラスターにおける、不一致領域の違いが菌株の異同判定の参考情報となり得るか、ゲノム解析での検証が必要であることを確認した。本研究では対象とする菌株が多く、ゲノム解析対象株のサンプルセットを選出するための検討を引き続き行う。また、本研究対象となる2017年から2021年までに大阪市の新登録結核患者から分離された結核菌2,316株について、遺伝子型別(VNTR法）を進めた。

为了验证一个区域内的感染传播，进行了基因型筛选以提取基因组分析的样本集以验证一个区域内的感染传播，并进行了以下分析以检查在这种情况下的群集定义。结核分子流行病学调查的主流基因分型方法是JATA12区域的VNTR类型。另一方面，监视调查要求将其他区域添加到JATA12区域，以提高区分菌株的能力。当前，尚无明确的标准来确定菌株之间VNTR类型的一个区域是否是基因型匹配。 2012 - 20年，大阪市新注册的结核病患者衍生出的505株结核病是24个地区的VNTR类型，并且检查了23个区域菌株组（23-区域群集）内差异区域的分布。结果，199个菌株以70个模式形成了23个区域簇。 23个区域内最常见的区域是VNTR3820（14.3％），QUB-3232（10.0％），VNTR4120（8.6％）和QUB-26（8.6％），其次是Miru40（7.1％），据说较少的种类繁多。已经证实，23区域集群中不一致区域的差异可以用作确定菌株差异的参考信息，并且必须通过基因组分析进行验证。这项研究具有许多针对的细菌菌株，我们将继续研究要分析基因组菌株样品集的选择。此外，从2017年至2021年，对从大阪市新注册的结核病患者分离的2,316株结核病菌株进行了基因型（VNTR方法），这是这项研究的主题。