都市構造の変化が結核罹患構造へおよぼす影響に関する研究

城市结构变化对结核病发病结构的影响研究

• 批准号: 22K17318
• 负责人: 山本 香織
• 金额: $ 3万
• 依托单位: Osaka Institute of Public Health
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22K17318/
• 关键词: 結核; 感染伝播; 遺伝子型別; クラスター; 地区類型; 都市部; 地域差

地域内の感染伝播を検証するためのゲノム解析対象サンプルセットを抽出する方法として、遺伝子型別によるスクリーニングを行うが、その際のクラスター定義を検討するために以下の分析を行った。結核分子疫学調査における遺伝子型別法はJATA12領域のVNTR型別が主流である。一方、サーベイランス調査ではJATA12領域に追加領域を加え、菌株識別能を高める必要がある。現状では菌株間のVNTR型の1領域違いを遺伝子型一致とするか、明確な判定基準は無い。2012-20年の大阪市新登録結核患者由来の結核菌505株について24領域のVNTR型別を行い、23領域が一致した菌株群（23領域クラスター）内で、不一致となった領域の分布を検討した。結果、199株が70パターンの23領域クラスターを形成した。23領域クラスター内で不一致であった領域は、多様度が高いとされているVNTR3820(14.3%)、QUB-3232(10.0%)、VNTR4120(8.6%)、QUB-26(8.6%)の順に多く、多様度が低いとされているMIRU40(7.1％)が続いた。23領域クラスターにおける、不一致領域の違いが菌株の異同判定の参考情報となり得るか、ゲノム解析での検証が必要であることを確認した。本研究では対象とする菌株が多く、ゲノム解析対象株のサンプルセットを選出するための検討を引き続き行う。また、本研究対象となる2017年から2021年までに大阪市の新登録結核患者から分離された結核菌2,316株について、遺伝子型別(VNTR法）を進めた。

作为提取样品集为基因组分析的一种方法，用于验证该区域的感染传播，进行以下分析以检查当时的群集定义。结核病性分子流行病学调查中遗传类型的主流是JATA12区域的VNTR类型。另一方面，在调查调查中，有必要在JATA12区域增加其他区域，以增强细菌库存识别。目前，细菌库存之间的VNTR类型VNTR类型之间没有基因型匹配，或者没有明确的判断标准。 2012 - 20年，大阪市新注册的结核病患者的结核病在24个地区进行了VNTR类型，并且在23个地区的细菌（23个区域群集）中的区域分布不均匀考虑了它。结果，199股构成了一个23个地区集群，具有70个模式。 23区域，该地区集群不平衡的区域在VNTR3820（14.3％），QUB-3232（10.0％），VNTR4120（8.6％）和Qub-26（8.6％）（8.6％）（8.6％）（8.6％）（8.6％）（（8.6％）（（8.6％）（ 8.6％）。 23证实，该区域群集不匹配区域的差异可能是细菌菌株不同判断的参考信息，或者有必要在基因组分析中验证。在这项研究中，有许多细菌份额要靶向，我们将继续考虑基因组分析共享的样本集。此外，从2017年至2021年，促进了2,316种结核病的VNTR方法（VNTR方法），该结核病与大阪新注册的结核病患者分离，这受这项研究的影响。