オミクス解析を用いた口腔癌における歯周病原菌の役割の解明

使用组学分析阐明牙周病原体在口腔癌中的作用

• 批准号: 22K17202
• 负责人: 西山 今日子
• 金额: $ 3万
• 依托单位: Osaka University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22K17202/
• 关键词: 口腔癌; 歯周病原菌; 浸潤・転移; 癌微小環境; オミクス解析

口腔細菌感染である歯周病は口腔癌のリスク因子として挙げられ、歯周病原菌が原因の一つと考えられている。近年、TCGAデータを用いた網羅的な生体内分子解析(オミクス解析)によって生み出された大量のデータを、横断的に分析し生命現象を解明していくバイオインフォマティクスは急速に拡大・発展している。これまでに我々は、頭頸部癌における飢餓誘導遺伝子の予後への影響を次世代シークエンサーやTCGAデータを用いて解析を行ってきた。同様の方法で、今回我々は、頭頸部癌(HNSCC)への歯周病原菌が及ぼす影響を網羅的に解析し明らかにすることを目的とし研究を遂行した。その具体的な方法として、歯周病原菌P. gingivalis ATCC 33277またはF. nucleatum ATCC 25586（MOI:1）で口腔扁平上皮癌細胞株SASを処理し、RIsureを用いてRNAを抽出し次世代シークエンサーにて解析を行った。著明な発現変化を示す322遺伝子を抽出し、F. nucleatum感染細胞では120遺伝子の発現上昇と、202遺伝子の発現減少を認めた。また、P. gingivalis感染細胞では160遺伝子の発現上昇と、162遺伝子の発現減少を認めた。F. nucleatumもしくはP. gingivalis感染細胞で共通に著明な発現変化を示す遺伝子として31遺伝子（上昇）、48遺伝子（低下）を特定した。さらに、HNSCCのTCGAデータベースを用い、共通して変化を認めた遺伝子発現を調べたところ、CACYR、DHRS2、DLEU7、WISP1、AKAPS、C2orf88、KIAA1456、SLC47A1は、癌組織で正常組織と比較し発現に差を認めた。

牙周疾病是一种口腔细菌感染，被认为是口腔癌的危险因素，被认为是牙周病原体的原因之一。近年来，生物信息学分析了使用TCGA数据通过全面的体内分子分析（OMICS分析）生成的大量数据，但一直在迅速扩展和发展。迄今为止，我们使用下一代序列仪和TCGA数据分析了头颈癌中饥饿基因的预后影响。使用类似的方法，我们进行了研究，目的是全面分析和阐明牙周病原体对头颈癌（HNSCC）的影响。作为一种特定方法，口服鳞状细胞癌细胞系SAS用牙周病原体牙龈疟原虫ATCC 33277或F. nucleatum ATCC 25586（MOI：1）处理，使用RISURE提取RNA，并使用下一代测序者进行分析。提取了表达显着变化的322个基因，f.核感染的细胞表现出120个基因的表达增加和202个基因表达的降低。此外，在感染牙龈疟原虫的细胞中，观察到160个基因的表达增加和162个基因表达的降低。将31个基因（升高）和48个基因（降低）鉴定为基因，在F. nuteatum或牙龈疟原虫感染的细胞中通常观察到的表达显着变化。此外，当我们研究了使用HNSCC TCGA数据库显示共同变化的基因表达时，我们发现Cacyr，DHRS2，DLEU7，WISP1，Akap，Akap，C2orf88，KiaA1456和SLC47A1在癌症组织中的表达中有所不同。

项目成果

Effect of oral bacteria on head and neck cancer cell lines and prognostic association.

口腔细菌对头颈癌细胞系的影响及其预后关联。

• 发表时间: 2022
• 作者: 西山今日子;稲葉裕明;濱田正和;吉田翔;松本(仲野)道代
• 通讯作者: 松本(仲野)道代

Prognostic association of starvation-induced genes in head and neck cancer

• DOI: 10.21203/rs.3.rs-420651/v1
• 发表时间: 2021-04
• 作者: Masakazu Hamada;Hiroaki Inaba;Kyoko Nishiyama;Sho Yoshida;Yura Yoshiaki;M. Matsumoto-Nakano;N. Uz