オミクス解析を用いた口腔癌における歯周病原菌の役割の解明

使用组学分析阐明牙周病原体在口腔癌中的作用

• 批准号: 22K17202
• 负责人: 西山 今日子
• 金额: $ 3万
• 依托单位: Osaka University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22K17202/
• 关键词: 口腔癌; 歯周病原菌; 浸潤・転移; 癌微小環境; オミクス解析

口腔細菌感染である歯周病は口腔癌のリスク因子として挙げられ、歯周病原菌が原因の一つと考えられている。近年、TCGAデータを用いた網羅的な生体内分子解析(オミクス解析)によって生み出された大量のデータを、横断的に分析し生命現象を解明していくバイオインフォマティクスは急速に拡大・発展している。これまでに我々は、頭頸部癌における飢餓誘導遺伝子の予後への影響を次世代シークエンサーやTCGAデータを用いて解析を行ってきた。同様の方法で、今回我々は、頭頸部癌(HNSCC)への歯周病原菌が及ぼす影響を網羅的に解析し明らかにすることを目的とし研究を遂行した。その具体的な方法として、歯周病原菌P. gingivalis ATCC 33277またはF. nucleatum ATCC 25586（MOI:1）で口腔扁平上皮癌細胞株SASを処理し、RIsureを用いてRNAを抽出し次世代シークエンサーにて解析を行った。著明な発現変化を示す322遺伝子を抽出し、F. nucleatum感染細胞では120遺伝子の発現上昇と、202遺伝子の発現減少を認めた。また、P. gingivalis感染細胞では160遺伝子の発現上昇と、162遺伝子の発現減少を認めた。F. nucleatumもしくはP. gingivalis感染細胞で共通に著明な発現変化を示す遺伝子として31遺伝子（上昇）、48遺伝子（低下）を特定した。さらに、HNSCCのTCGAデータベースを用い、共通して変化を認めた遺伝子発現を調べたところ、CACYR、DHRS2、DLEU7、WISP1、AKAPS、C2orf88、KIAA1456、SLC47A1は、癌組織で正常組織と比較し発現に差を認めた。

牙周病是一种口腔细菌感染，被认为是口腔癌的危险因素，而牙周病原体被认为是原因之一。近年来，利用TCGA数据对综合体内分子分析（组学分析）产生的大量数据进行横断面分析并阐明生物现象的生物信息学迅速发展和发展。迄今为止，我们已经使用下一代测序和 TCGA 数据分析了饥饿诱导基因对头颈癌预后的影响。我们此次也采用类似的方法进行研究，旨在全面分析和阐明牙周病原菌对头颈癌（HNSCC）的影响。具体来说，我们用牙周病原体 P. gingivalis ATCC 33277 或 F. nucleatum ATCC 25586 (MOI: 1) 处理口腔鳞状细胞癌细胞系 SAS，使用 RIsure 提取 RNA，并将其应用到下一代测序仪中进行分析。实施。我们提取了 322 个表现出显着表达变化的基因，发现在具核梭杆菌感染的细胞中，120 个基因表现出表达增加，202 个基因表现出表达下降。此外，在牙龈卟啉单胞菌感染的细胞中，观察到160个基因的表达增加和162个基因的表达减少。我们鉴定出 31 个基因（上）和 48 个基因（下）是在感染具核梭杆菌或牙龈卟啉单胞菌的细胞中通常表现出明显表达变化的基因。此外，利用HNSCC的TCGA数据库，我们调查了常见变化的基因的表达，发现CACYR、DHRS2、DLEU7、WISP1、AKAPS、C2orf88、KIAA1456和SLC47A1在癌组织中的表达显着低于在癌组织中的表达。我认识到了正常组织的差异。

项目成果

Effect of oral bacteria on head and neck cancer cell lines and prognostic association.

口腔细菌对头颈癌细胞系的影响及其预后关联。

• 发表时间: 2022
• 作者: 西山今日子;稲葉裕明;濱田正和;吉田翔;松本(仲野)道代
• 通讯作者: 松本(仲野)道代

Prognostic association of starvation-induced genes in head and neck cancer

• DOI: 10.21203/rs.3.rs-420651/v1
• 发表时间: 2021-04
• 作者: Masakazu Hamada;Hiroaki Inaba;Kyoko Nishiyama;Sho Yoshida;Yura Yoshiaki;M. Matsumoto-Nakano;N. Uz