シングルセル遺伝子発現解析/エピゲノム解析による骨巨細胞腫の発生・進展過程の解明

单细胞基因表达分析/表观基因组分析阐明骨巨细胞瘤的发生发展过程

• 批准号: 21K16648
• 负责人: 津田 祐輔
• 金额: $ 3万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K16648/
• 关键词: シングルセル解析; 軟部明細胞肉腫; 腫瘍免疫; 腫瘍免疫環境; シングルセル遺伝子発現解析; 骨巨細胞腫; エピゲノム解析

明細胞肉腫の原発巣、リンパ節のそれぞれ1検体から組織を採取し、1細胞ごとにdropletに分離し、Reagent Kits v3（10x genomics社）を用いてライブラリ調整した。Hiseq 2500にてシークエンスし、Cell Ranger 6.0を用いて、細胞ごとの遺伝子発現情報を取得した。R 4.0.2, Seurat 4.0を用い、feature RNA 500以上,ミトコンドリア遺伝子占有率15%以下の質の低い細胞のデータを除外した。リガンド-受容体解析にはnichenetrを用いた。原発巣では4631細胞、リンパ節転移部では2322細胞を解析対象とした。2検体を統合し解析を行い、10個のclusterに分けアノテーションを行ったところ、Tumor、T cell、NK cell、Macrophage/Monocyte、Endothelial cell、Fibroblast、B cellが同定された。腫瘍内免疫環境の解析を行うと、特にリンパ節内のCD4+細胞やCD8+細胞は、BATF+ FOXP3+ CTLA4+ CD4+ T cell (Regulatory T cell, Treg)やLAG3+ PD1+ CD8+ T cell(Exhausted T cell)が多く、免疫抑制的な腫瘍環境を形成していた。T regはTGFβ1やCXCL12によって分化誘導されることが知られており、リガンド-受容体解析においてMacrophageやEndothelial cellのTGFβ1リガンドとT細胞におけるTGFβ1受容体、FibroblastのCXCL12リガンドとT細胞のCXCR4受容体との結合が示唆された。シングルセル解析によって、軟部明細胞肉腫内の細胞集団不均一性が明らかになり、免疫抑制的な環境が構築されていることが示唆された。

从透明细胞肉瘤原发肿瘤和一个淋巴结各一个样本中收集组织，将每个细胞分成液滴，并使用试剂盒 v3（10x 基因组学）制备为文库。使用Hiseq 2500进行测序，并使用Cell Ranger 6.0获得每个细胞的基因表达信息。使用R 4.0.2和Seurat 4.0，排除特征RNA为500或更多且线粒体基因占用率为15%或更少的低质量细胞的数据。 Nichenetr 用于配体-受体分析。分析包括原发肿瘤中的 4631 个细胞和淋巴结转移中的 2322 个细胞。当将两个样本合并并分析并注释为​​ 10 个簇时，识别出肿瘤、T 细胞、NK 细胞、巨噬细胞/单核细胞、内皮细胞、成纤维细胞和 B 细胞。瘤内免疫环境分析显示，尤其是淋巴结中的CD4+细胞和CD8+细胞以BATF+FOXP3+CTLA4+CD4+T细胞（调节性T细胞，Tregs）和LAG3+PD1+CD8+T细胞（耗尽的T细胞）为主，这表明免疫系统形成了一个抑制肿瘤的环境。已知Treg通过TGFβ1和CXCL12诱导分化，在配体-受体分析中，巨噬细胞和内皮细胞中的TGFβ1配体和T细胞中的TGFβ1受体、成纤维细胞中的CXCL12配体和T细胞中的CXCR4受体表明：与的组合单细胞分析揭示了软组织透明细胞肉瘤内的细胞群异质性，表明存在免疫抑制环境。

项目成果

Extra-articular resection of the hip joint for pelvic sarcomas: Are there any oncological and functional risks compared with intra-articular resection?

• DOI: 10.1016/j.jbo.2021.100401
• 发表时间: 2021-12
• 期刊: Journal of bone oncology
• 影响因子: 3.4
• 作者: Fujiwara T;Tsuda Y;Stevenson J;Parry M;Jeys L
• 通讯作者: Jeys L

Prognostic factors and impact of surgery in patients with metastatic soft tissue sarcoma at diagnosis: A population-based cohort study

诊断时转移性软组织肉瘤患者的预后因素和手术影响：一项基于人群的队列研究

• DOI: 10.1093/jjco/hyab033
• 发表时间: 2021
• 期刊: Japanese Journal of Clinical Oncology
• 影响因子: 2.4
• 作者: Zhang Liuzhe;Akiyama Toru;Fukushima Takashi;Iwata Shintaro;Tsuda Yusuke;Takeshita Katsushi;Kawai Akira;Tanaka Sakae;Kobayashi Hiroshi
• 通讯作者: Kobayashi Hiroshi

How Are Indeterminate Pulmonary Nodules at Diagnosis Associated with Survival in Patients with High-Grade Osteosarcoma?

• DOI: 10.1097/corr.0000000000001491
• 发表时间: 2021-02-01
• 期刊: CLINICAL ORTHOPAEDICS AND RELATED RESEARCH
• 影响因子: 4.2
• 作者: Tsoi, Kim M.;Lowe, Martin;Jeys, Lee M.
• 通讯作者: Jeys, Lee M.

Role of perioperative chemotherapy and radiotherapy for localized high-grade malignant peripheral nerve sheath tumor at the extremities and trunk wall: a population-based cohort study

围手术期化疗和放疗对四肢和躯干壁局部高级别恶性周围神经鞘瘤的作用：一项基于人群的队列研究

• DOI: 10.1093/jjco/hyac178
• 发表时间: 2023
• 期刊: Jpn J Clin Oncol.
• 作者: Kobayashi H;Zhang L;Okajima K;Hirai T;Tsuda Y;Ikegami M;Kawai A;Tanaka S.
• 通讯作者: Tanaka S.

Surgical outcomes of bone sarcoma of the foot

足部骨肉瘤的手术效果

• DOI: 10.1093/jjco/hyab118
• 发表时间: 2021
• 期刊: Jpn J Clin Oncol 2021
• 作者: Tsuda Y;Fujiwara T;Stevenson JD;Abudu A.
• 通讯作者: Abudu A.