シングルセル遺伝子発現解析/エピゲノム解析による骨巨細胞腫の発生・進展過程の解明

单细胞基因表达分析/表观基因组分析阐明骨巨细胞瘤的发生发展过程

• 批准号: 21K16648
• 负责人: 津田 祐輔
• 金额: $ 3万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K16648/
• 关键词: シングルセル解析; 軟部明細胞肉腫; 腫瘍免疫; 腫瘍免疫環境; シングルセル遺伝子発現解析; 骨巨細胞腫; エピゲノム解析

明細胞肉腫の原発巣、リンパ節のそれぞれ1検体から組織を採取し、1細胞ごとにdropletに分離し、Reagent Kits v3（10x genomics社）を用いてライブラリ調整した。Hiseq 2500にてシークエンスし、Cell Ranger 6.0を用いて、細胞ごとの遺伝子発現情報を取得した。R 4.0.2, Seurat 4.0を用い、feature RNA 500以上,ミトコンドリア遺伝子占有率15%以下の質の低い細胞のデータを除外した。リガンド-受容体解析にはnichenetrを用いた。原発巣では4631細胞、リンパ節転移部では2322細胞を解析対象とした。2検体を統合し解析を行い、10個のclusterに分けアノテーションを行ったところ、Tumor、T cell、NK cell、Macrophage/Monocyte、Endothelial cell、Fibroblast、B cellが同定された。腫瘍内免疫環境の解析を行うと、特にリンパ節内のCD4+細胞やCD8+細胞は、BATF+ FOXP3+ CTLA4+ CD4+ T cell (Regulatory T cell, Treg)やLAG3+ PD1+ CD8+ T cell(Exhausted T cell)が多く、免疫抑制的な腫瘍環境を形成していた。T regはTGFβ1やCXCL12によって分化誘導されることが知られており、リガンド-受容体解析においてMacrophageやEndothelial cellのTGFβ1リガンドとT細胞におけるTGFβ1受容体、FibroblastのCXCL12リガンドとT細胞のCXCR4受容体との結合が示唆された。シングルセル解析によって、軟部明細胞肉腫内の細胞集団不均一性が明らかになり、免疫抑制的な環境が構築されていることが示唆された。

从一个标本，清晰细胞肉瘤和淋巴结的每个主要焦点中收集组织，分成每个细胞的液滴，并使用试剂试剂盒V3（10x基因组学）制备。使用HISEQ 2500进行序列，并使用Cell Ranger 6.0获得每个细胞的基因表达信息。使用R 4.0.2和Seurat 4.0，排除了500或更多特征RNA和线粒体基因占有率低于15％的低质量RNA的数据。 Nichenetr用于配体受体分析。对原发性灶的4631个细胞和淋巴结转移的2322个细胞进行了分析。将两个标本集成并分析，并注释为10个簇，以及鉴定出肿瘤，T细胞，NK细胞，巨噬细胞/单核细胞，内皮细胞，成纤维细胞和B细胞。在分析肿瘤内免疫环境时，尤其是淋巴结中的CD4+和CD8+细胞主要是BATF+ FOXP3+ CTLA4+ CD4+ CD4+ T细胞（调节性T细胞，Treg）和Lag3+ PD1+ CD8+ CD8+ T细胞（耗尽的T细胞），并形成了免疫抑制性的Tumor tumor环境。已知T reg是由TGFβ1和CXCL12诱导的，配体受体分析表明，TGFβ1配体在巨噬细胞和内皮细胞中的TGFβ1配体之间的结合，T细胞中的TGFβ1受体，以及成纤维细胞CXCL12的CXCL12配体和CXCR4受体中T细胞中的TGFβ1受体。单细胞分析表明，软组织清除细胞肉瘤中细胞群的异质性，这表明已经建立了免疫抑制环境。

项目成果

Extra-articular resection of the hip joint for pelvic sarcomas: Are there any oncological and functional risks compared with intra-articular resection?

• DOI: 10.1016/j.jbo.2021.100401
• 发表时间: 2021-12
• 期刊: Journal of bone oncology
• 影响因子: 3.4
• 作者: Fujiwara T;Tsuda Y;Stevenson J;Parry M;Jeys L
• 通讯作者: Jeys L

Prognostic factors and impact of surgery in patients with metastatic soft tissue sarcoma at diagnosis: A population-based cohort study

诊断时转移性软组织肉瘤患者的预后因素和手术影响：一项基于人群的队列研究

• DOI: 10.1093/jjco/hyab033
• 发表时间: 2021
• 期刊: Japanese Journal of Clinical Oncology
• 影响因子: 2.4
• 作者: Zhang Liuzhe;Akiyama Toru;Fukushima Takashi;Iwata Shintaro;Tsuda Yusuke;Takeshita Katsushi;Kawai Akira;Tanaka Sakae;Kobayashi Hiroshi
• 通讯作者: Kobayashi Hiroshi

How Are Indeterminate Pulmonary Nodules at Diagnosis Associated with Survival in Patients with High-Grade Osteosarcoma?

• DOI: 10.1097/corr.0000000000001491
• 发表时间: 2021-02-01
• 期刊: CLINICAL ORTHOPAEDICS AND RELATED RESEARCH
• 影响因子: 4.2
• 作者: Tsoi, Kim M.;Lowe, Martin;Jeys, Lee M.
• 通讯作者: Jeys, Lee M.

Role of perioperative chemotherapy and radiotherapy for localized high-grade malignant peripheral nerve sheath tumor at the extremities and trunk wall: a population-based cohort study

围手术期化疗和放疗对四肢和躯干壁局部高级别恶性周围神经鞘瘤的作用：一项基于人群的队列研究

• DOI: 10.1093/jjco/hyac178
• 发表时间: 2023
• 期刊: Jpn J Clin Oncol.
• 作者: Kobayashi H;Zhang L;Okajima K;Hirai T;Tsuda Y;Ikegami M;Kawai A;Tanaka S.
• 通讯作者: Tanaka S.

Surgical outcomes of bone sarcoma of the foot

足部骨肉瘤的手术效果

• DOI: 10.1093/jjco/hyab118
• 发表时间: 2021
• 期刊: Jpn J Clin Oncol 2021
• 作者: Tsuda Y;Fujiwara T;Stevenson JD;Abudu A.
• 通讯作者: Abudu A.