Instability of proteins from aquatic animals as revealed by molecular dynamics simulation

分子动力学模拟揭示水生动物蛋白质的不稳定性

• 批准号: 24658186
• 负责人: OCHIAI Yoshihiro
• 金额: $ 2.58万
• 依托单位: Tokai University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
• 财政年份: 2012
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2012-04-01 至 2014-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-24658186/
• 关键词: タンパク質; 構造揺らぎ; 不安定性; 魚介類; 分子シミュレーション; 筋肉; 安定性

Molecular dynamics simulation was applied to the mechanism of instability of proteins (namely, tropomyosin, myoglobin and myosin) from some aquatic organisms. The extent of structural fluctuations under varied temperature and pressured conditions were examined in detail. Regarding the two proteins except myosin, the regions responsible for the instability could be identified. Especially in case of tropomyosin, the effects of amino acid substitutions on the bends in the molcule could be addressed. On the other hand, in the case of myoglobin, the detaied study revealed the extent of fluctuation under the wide range of temperature and pressured conditions, which might be a possible factor for the molecular adaptation of each animal species to the respective habitat.

分子动力学模拟应用于一些水生生物的蛋白质（即肌球蛋白，肌红蛋白和肌球蛋白）的不稳定性机制。详细研究了在不同温度和压力条件下的结构波动的程度。关于除肌球蛋白以外的两种蛋白质，可以鉴定出负责不稳定性的区域。尤其是在牙霉素的情况下，可以解决氨基酸取代对摩尔菌中弯曲的影响。另一方面，在肌红蛋白的情况下，该研究揭示了在广泛的温度和压力条件下波动的程度，这可能是每种动物物种对各个栖息地的分子适应性的可能因素。

项目成果

Strategies of acclimation to deep sea : Structure simulation of myoglobin molecules from aquatic animals under high pressure

深海适应策略：高压下水生动物肌红蛋白分子的结构模拟

• 发表时间: 2013
• 作者: Y. Ochiai;H. Ozawa
• 通讯作者: H. Ozawa

Analysis of flexibility and curvature of tropomyosin by molecular dynamics simulation

分子动力学模拟分析原肌球蛋白的柔韧性和曲率

• 发表时间: 2013
• 作者: H. Ozawa;Y. Ochiai;K. Umezawa;S. Ishiwata;M. Takano
• 通讯作者: M. Takano

分子シミュレーションを用いた筋肉トロポミオシン断片の局所構造解析

使用分子模拟对肌肉原肌球蛋白片段进行局部结构分析

• 发表时间: 2013
• 作者: 小澤秀夫;梅澤公二;高野光則;石渡信一;渡部終五;落合芳博
• 通讯作者: 落合芳博

MD simulation of the structural fluctuations of sea hare Aplysia limacina myoglobin

海兔肌红蛋白结构波动的MD模拟

• 发表时间: 2012
• 作者: 小澤秀夫;梅澤公二;高野光則;石渡信一;渡部終五;落合芳博;霜浦森平・大江靖雄;玉里恵美子;Y. Ochiai;飯國芳明;落合芳博;蔵田翔平・大江靖雄;Ikuo Ota;Y. Ochiai
• 通讯作者: Y. Ochiai

Simulation of the thermal-stability differences of myoglobin from aquatic animals

水生动物肌红蛋白热稳定性差异的模拟

• 作者: 小澤秀夫;梅澤公二;高野光則;石渡信一;渡部終五;落合芳博;霜浦森平・大江靖雄;玉里恵美子;Y. Ochiai;飯國芳明;落合芳博;蔵田翔平・大江靖雄;Ikuo Ota;Y. Ochiai;Y. Ochiai
• 通讯作者: Y. Ochiai