活性型Ａｌｕ検出によるゲノム動的地図の作成

通过检测活性Alu创建基因组动态图

基本信息

批准号：
24651220
负责人：
山田思郎
金额：
$ 2.58万
依托单位：
Gunma University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
财政年份：
2012
资助国家：
日本
起止时间：
2012-04-01 至 2014-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-24651220/
关键词：
繰り返し配列 Alu ゲノム進化と疾病

项目摘要

平成２４年度に行った実験より、Aluのサブクラスを特異的に増幅することは難しいことが分かった。サブクラス同士が非常に似た配列であり、かつグアニン・シトシン塩基の割合が多いためと思われた。PCRプライマーの設定を繰り返した。アニーリング温度を高めに設定すること、プライマーの解離温度を高めにすることを試みたが、最適な条件はいまだ決まっていない。MAC-PCR法で見つかる新規Alu配列挿入の確認のために、Achレセプター遺伝子を含む染色体領域のPCR増幅を行い成功した。増幅断片は制限酵素にて切断を行い、レファレンス配列から予想される通りの断片長を得た。将来的に、新規挿入Aluが見つかった場合には、挿入の有無をこの方法で確認することができる。新規挿入Aluとその周辺塩基配列が決定された場合には、その配列の染色体上の座位を決定し、データベースのものと比較する必要がある。Alu配列はハプロイドあたり１００万個と大量にあるため、検出されるAluも多種多量となる。このデータ処理のため、コンピュータを購入し基準となるゲノムデータをダウンロードした。また、クラウドソフトのGalaxy（https://main.g2.bx.psu.edu/）を用いてデータベースからのAlu等、繰り返し配列の全ゲノム情報をダウンロードできようにした。繰り返し配列の医学的な研究は世界的にも始まったばかりである。ゲノムの４割を占める繰り返し配列の進化的な意義が今後明らかになると、疾病と繰り返し配列の関連も分かってくる。繰り返し配列の挿入による遺伝子破壊だけでなく、ゲノム全体の制御を変化させる仕組みも疾病に関わることが明らかになるであろう。今回の研究は研究者の転勤に伴い一旦終了するが、ここで得られたノウハウを用いて新規挿入Aluと疾患の関連性に関して引き続き別施設で研究を継続する予定である。

2012年进行的一个实验表明，很难特别扩大Alu子类。这被认为是因为亚类非常相似，并且鸟嘌呤 - 伴侣碱的比例很高。重复PCR引物设置。尽管我们试图将退火温度设置为更高的水平并增加底漆的解离温度，但尚未确定最佳条件。为了确认MAC-PCR发现的新型ALU序列的插入，成功地进行了包含ACH受体基因的染色体区域的PCR扩增。用限制酶裂解放大的片段，以从参考序列中获得预期的片段长度。如果将来发现了新的插入ALU，则可以使用此方法检查是否发生了插入。当确定新的插入ALU及其周围的核苷酸序列时，必须确定序列的染色体基因座并将其与数据库的染色体基因座进行比较。由于有大量的ALU序列，每倍倍体100万个序列，因此大量的ALU检测到也很丰富。对于此数据处理，购买了一台计算机并下载了参考基因组数据。此外，使用云软件星系（https://main.g2.bx.psu.edu/）下载重复序列的整个基因组信息，例如来自数据库的Alu。关于重复序列的医学研究才刚刚开始在全球范围内开始。如果将来重复序列的进化意义在将来很明显，则疾病与重复序列之间的关系也将被揭示。显然，不仅由于重复序列插入而引起的基因破坏，而且改变了整个基因组调节的机制都参与了疾病。研究人员转移后，当前的研究将完成，但是使用此处获得的知识，我们计划继续研究不同设施的新插入ALU与疾病之间的关系。