ＴＥＲＴ異常に着目した肝発癌モデルの樹立と第三世代シーケンサーを用いたゲノム解析

以TERT异常为中心的肝癌模型建立及第三代测序仪基因组分析

• 批准号: 18J00565
• 负责人: 竹田 治彦
• 金额: $ 2.33万
• 依托单位: Chiba University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2018
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2018-04-25 至 2021-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-18J00565/
• 关键词: 肝癌; 次世代シーケンサー; 第三世代シーケンサー; ゲノム解析; TERT

COVID-19による研究活動の制約により、実験活動の継続が困難となったことを受け、次世代シークエンサーおよび第三世代シークエンサーを用いてこれまでに得られたデータの解析に加え、The Cancer Genome Atlas (TCGA) やInternational Cancer Genome Consortium (ICGC) にデポジットされた公開データベース上の次世代シークエンスデータを用いて、肝発癌のメカニズムについて追究する方針とした。まず、昨年までに行った一分子リアルタイムシークエンスのデータの解析手法確立の延長で、昨年同様肝癌の最大の原因である肝炎ウイルスのロングリード解析を行った。肝癌においてヒトゲノムに挿入されることが知られているＢ型肝炎ウイルスゲノムの一分子リアルタイムシークエンスデータから、構造異常を加味した経時的な分子系統樹解析を行い、極めて複雑な構造異常を有するウイルスクローン集団が経時的にそのポピュレーションを変動させながら持続感染することが明らかとなった。近年、実際にヒト肝癌ゲノムに組み込まれているB型肝炎ウイルスゲノム配列の複雑性が国内外から報告されており、それらとの関連性については未検討であるが、今後ウイルス側のゲノム異常とヒトゲノム上のウイルス断片配列との関連などは重要な検討事項になると考えられた。次に、ICGCやTCGAといった国際的ながんゲノム解析プロジェクトで登録された公開データベースから得られる、多段階肝発癌に関わる早期肝癌・進行肝癌のシークエンスデータより、肝癌および肝臓非癌部（主に肝硬変）の変異データおよび遺伝子発現データを収集して解析した。サイズの大きなデータ解析となり、今年度で終了できる解析ではなく、採用終了後も引き続きデータ解析を続行する予定とする。

由于COVID-19对研究活动造成的限制，继续进行实验活动变得困难，因此除了使用下一代测序仪和第三代测序仪分析迄今为止获得的数据外，癌症基因组图谱我们决定使用国际癌症基因组联盟 (TCGA) 和国际癌症基因组联盟 (ICGC) 公共数据库中的下一代序列数据研究肝癌发生机制。首先，作为我们去年建立单分子实时测序数据分析方法工作的延伸，我们对作为肝癌最大病因的肝炎病毒进行了长读长分析，就像去年一样。利用已知在肝癌中插入人类基因组的乙型肝炎病毒基因组的单分子实时序列数据，我们进行了一段时间的分子系统发育树分析，考虑了结构异常，并鉴定了病毒克隆很明显，随着人口的不断变化，人口会持续受到感染。近年来，国内外对于乙型肝炎病毒基因组序列的复杂性，实际上整合到人类肝癌基因组中已有报道，虽然这些与这些之间的关系尚未得到研究，但预计病毒方面的基因组异常以及与人类基因组上的病毒片段序列的关系被认为是一个重要的考虑因素。接下来，我们根据ICGC、TCGA等国际癌症基因组分析项目注册的公共数据库获得的与多期肝癌发生相关的早期肝癌和晚期肝癌的序列数据，对肝癌和肝癌非癌区（主要是肝癌）进行了分析。收集并分析肝硬化的突变数据和基因表达数据。这将是大量的数据分析，并不是今年就能完成的分析，我们计划在招聘结束后继续进行数据分析。

项目成果

Single-molecular real-time deep sequencing reveals the dynamics of multidrug resistant haplotypes and structural variations in the hepatitis C virus genome.

单分子实时深度测序揭示了丙型肝炎病毒基因组中多重耐药单倍型的动态和结构变异。

• DOI: 10.1038/s41598-020-59397-2
• 发表时间: 2020
• 期刊: Sci. Rep,
• 作者: Yamashita T;Takeda H;Takai A;Arasawa S;Nakamura F;Mashimo Y;Hozan M;Ohtsuru S;Seno H,Ueda Y;Sekine A
• 通讯作者: Sekine A