ＴＥＲＴ異常に着目した肝発癌モデルの樹立と第三世代シーケンサーを用いたゲノム解析

以TERT异常为中心的肝癌模型建立及第三代测序仪基因组分析

• 批准号: 18J00565
• 负责人: 竹田 治彦
• 金额: $ 2.33万
• 依托单位: Chiba University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2018
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2018-04-25 至 2021-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-18J00565/
• 关键词: 肝癌; 次世代シーケンサー; 第三世代シーケンサー; ゲノム解析; TERT

COVID-19による研究活動の制約により、実験活動の継続が困難となったことを受け、次世代シークエンサーおよび第三世代シークエンサーを用いてこれまでに得られたデータの解析に加え、The Cancer Genome Atlas (TCGA) やInternational Cancer Genome Consortium (ICGC) にデポジットされた公開データベース上の次世代シークエンスデータを用いて、肝発癌のメカニズムについて追究する方針とした。まず、昨年までに行った一分子リアルタイムシークエンスのデータの解析手法確立の延長で、昨年同様肝癌の最大の原因である肝炎ウイルスのロングリード解析を行った。肝癌においてヒトゲノムに挿入されることが知られているＢ型肝炎ウイルスゲノムの一分子リアルタイムシークエンスデータから、構造異常を加味した経時的な分子系統樹解析を行い、極めて複雑な構造異常を有するウイルスクローン集団が経時的にそのポピュレーションを変動させながら持続感染することが明らかとなった。近年、実際にヒト肝癌ゲノムに組み込まれているB型肝炎ウイルスゲノム配列の複雑性が国内外から報告されており、それらとの関連性については未検討であるが、今後ウイルス側のゲノム異常とヒトゲノム上のウイルス断片配列との関連などは重要な検討事項になると考えられた。次に、ICGCやTCGAといった国際的ながんゲノム解析プロジェクトで登録された公開データベースから得られる、多段階肝発癌に関わる早期肝癌・進行肝癌のシークエンスデータより、肝癌および肝臓非癌部（主に肝硬変）の変異データおよび遺伝子発現データを収集して解析した。サイズの大きなデータ解析となり、今年度で終了できる解析ではなく、採用終了後も引き続きデータ解析を続行する予定とする。

由于COVID-19引起的研究活动的局限性，很难继续实验活动，除了分析到迄今使用下一代序列仪和第三代序列序列获得的数据外，该计划还可以研究使用与癌症基因组的公共数据库中的下一代序列（TC Genome）（ICG）（ICG）（ICG CANCEROME）使用公共数据库来研究肝癌的机制。首先，我们扩展了建立分析方法，用于分析单分子实时序列的数据，直到去年，与去年一样，我们对肝炎病毒进行了长阅读分析，这是肝癌的最大原因。从肝炎病毒基因组的实时单分子测序数据（已知被插入人类基因组中的人类基因组中，都会考虑到结构异常，进行了分子系统发育树分析，并且发现病毒性克隆的结构异常，具有极其复杂的结构异常的持续感染，而这些病毒群体的持续不断，而这些持续的人群会超过时间。近年来，据报道，日本和国外的乙型肝炎病毒基因组序列的复杂性，实际上已经整合到人肝癌基因组中，并且尚未研究与这些基因组的关系，但是已经认为，与这些病毒方面的基因组异常与人类基因组上的基因组异常之间的关系变得很重要。接下来，收集了与多阶段肝癌相关的早期和晚期肝癌的序列数据收集的肝癌和非癌区域（主要是肝硬化）的突变数据和基因表达数据，并从国际癌症基因组分析项目（例如ICGC和TCGA）中获得的早期和晚期肝癌的序列数据进行了分析。这是一个大型数据分析，分析将无法在今年完成，即使在申请完成后，数据分析也将继续。

项目成果

Single-molecular real-time deep sequencing reveals the dynamics of multidrug resistant haplotypes and structural variations in the hepatitis C virus genome.

单分子实时深度测序揭示了丙型肝炎病毒基因组中多重耐药单倍型的动态和结构变异。

• DOI: 10.1038/s41598-020-59397-2
• 发表时间: 2020
• 期刊: Sci. Rep,
• 作者: Yamashita T;Takeda H;Takai A;Arasawa S;Nakamura F;Mashimo Y;Hozan M;Ohtsuru S;Seno H,Ueda Y;Sekine A
• 通讯作者: Sekine A