高分節型RNAウイルスにおけるパッケージング・シグナルの同定

高度分段RNA病毒中包装信号的鉴定

• 批准号: 19K12221
• 负责人: 鈴木 善幸
• 金额: $ 2.75万
• 依托单位: Nagoya City University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2019
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2019-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-19K12221/
• 关键词: パッケージング・シグナル; 高分節型RNAウイルス; ロタウイルス; インフルエンザウイルス

本研究は、分子進化学的・生命情報学的手法をもちいて、高分節型RNAウイルスであるオルソミクソウイルス科、レオウイルス科に属するウイルスの各ゲノム分節に存在するパッケージング・シグナルを同定することを目的としている。2022年度には、2021年度に国際塩基配列データベースから抽出した哺乳類ロタウイルス241株、鳥類ロタウイルス12株について、11本のゲノム分節それぞれを用いて系統樹解析を進めた。11本のゲノム分節はそれぞれ構造タンパク質VP1-VP4、VP6、VP7、非構造タンパク質NSP1-NSP4、NSP5/6をコードしているが、VP4をコードする遺伝子分節のみにおいて、哺乳類ロタウイルスであるRVA/Buffalo-wt/ZAF/1442/2007/G10P[11]_MT234354とRVA/Cow-wt/ARG/B383/1998/G15P[11]_FJ347114のクラスターが鳥類ロタウイルスクラスター側へ、鳥類ロタウイルスであるRVA/Pheasant-tc/GER/10V0112H5/2010/G23P[37]_JX204814とRVA/Pheasant-wt/HUN/216/2015/G23P[37]_KU587856のクラスターが哺乳類ロタウイルス側へ入ってしまっており、哺乳類ロタウイルスと鳥類ロタウイルスが分岐したあと、まもなく遺伝子再集合を起こしたと考えられた。VP4はロタウイルス粒子の表面でスパイクを構成しているタンパク質であり、受容体への結合に寄与し、また宿主の免疫の標的なので免疫逃避に寄与している。近年ではワクチン導入後にDS-1バックグラウンドWa株のような、VP4とVP7という表面タンパク質のみの遺伝子再集合も観察されており、ロタウイルスには表面タンパク質のみを遺伝子再集合できるような仕組みがあるのかもしれないと考えられた。哺乳類ロタウイルスを鳥類ロタウイルスの間でのVP4の遺伝子再集合が起こった年代を推定することは興味深い。

这项研究使用分子进化和生物信息学方法来识别属于正粘病毒科和呼肠孤病毒科的高度分段RNA病毒的每个基因组片段中存在的包装信号。 2022年，我们使用2021年从国际核苷酸序列数据库中提取的241个哺乳动物轮状病毒株和12个禽类轮状病毒株的11个基因组片段中的每一个进行系统发育树分析。 11个基因组片段均编码结构蛋白VP1-VP4、VP6、VP7和非结构蛋白NSP1-NSP4和NSP5/6，但只有编码VP4的基因片段编码哺乳动物轮状病毒。 RVA/Buffalo-wt/ZAF/1442/2007/G10P[11]_MT234354 和 RVA/Cow-wt/ARG/B383/1998/G15P[11]_FJ347114 簇是鸟类。在轮状病毒簇方面，禽轮状病毒RVA/Pheasant-tc/GER/10V0112H5/2010/G23P[37]_JX204814和RVA/Pheasant-wt/HUN/2 16/2015/G23P[37]_KU587856簇已进入哺乳动物轮状病毒一侧，人们认为在哺乳动物轮状病毒和禽类轮状病毒分化后不久就发生了基因重排。 VP4是一种在轮状病毒颗粒表面形成刺突的蛋白质，有助于与受体结合，并且由于它是宿主免疫的目标，因此有助于免疫逃逸。近年来，在引入疫苗后，例如在DS-1背景Wa株中，观察到仅表面蛋白VP4和VP7的基因重配，并且轮状病毒具有仅表面蛋白基因重配的机制。人们认为可能是这样。估计哺乳动物和鸟类轮状病毒之间 VP4 基因重排的年龄是很有趣的。

项目成果

突然変異主導進化論

突变驱动进化论

• 发表时间: 2019
• 作者: 根井正利;鈴木善幸;野澤昌文
• 通讯作者: 野澤昌文

Co-evolving pairs of complementary nucleotide sequence regions containing compensatory divergences and polymorphisms in rotavirus genomes.

轮状病毒基因组中含有补偿性分歧和多态性的互补核苷酸序列区域对的共同进化。

• DOI: 10.1016/j.genrep.2022.101709
• 发表时间: 2022
• 期刊: Gene Reports
• 影响因子: 1.3
• 作者: Kohei Oshima;Reina Setaka;Haruka Inui;Yuki Kobayashi;Yoshiyuki Suzuki
• 通讯作者: Yoshiyuki Suzuki

Predicting directions of changes in genotype proportions between norovirus seasons in Japan.

预测日本诺如病毒季节之间基因型比例的变化方向。

• DOI: 10.3389/fmicb.2019.00116
• 发表时间: 2019
• 期刊: Frontiers in Microbiology
• 影响因子: 5.2
• 作者: Yoshiyuki Suzuki;Yen Hai Doan;Hirokazu Kimura;Hiroto Shinomiya;Komei Shirabe;Kazuhiko Katayama
• 通讯作者: Kazuhiko Katayama

分子進化・分子系統解析

分子进化/分子系统发育分析

• 发表时间: 2019
• 作者: Yoshiyuki Suzuki;Yen Hai Doan;Hirokazu Kimura;Hiroto Shinomiya;Komei Shirabe;Kazuhiko Katayama;鈴木 善幸;鈴木善幸
• 通讯作者: 鈴木善幸

Reducing the number of nucleotide sequences in molecular evolutionary analyses.

减少分子进化分析中核苷酸序列的数量。

• 发表时间: 2019
• 作者: Yoshiyuki Suzuki;Yen Hai Doan;Hirokazu Kimura;Hiroto Shinomiya;Komei Shirabe;Kazuhiko Katayama;鈴木 善幸;鈴木善幸;鈴木善幸;鈴木善幸
• 通讯作者: 鈴木善幸