タイにおける健常小児口腔微生物叢の構造解明とメタゲノムワイド関連解析

泰国健康儿童口腔微生物群的结构阐明和宏基因组广泛关联分析

基本信息

批准号：
20KK0210
负责人：
川端重忠
金额：
$ 11.98万
依托单位：
Osaka University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Fund for the Promotion of Joint International Research (Fostering Joint International Research (B))
财政年份：
2020
资助国家：
日本
起止时间：
2020-10-27 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究計画では、タイにおける健常および重度の早期小児う蝕の小児の口腔微生物叢について解析を行い、微生物叢全体の遺伝子解析に加えて個別の菌体のゲノム配列の決定を試みる。得られたゲノム情報から、薬剤耐性遺伝子の分布、ならびに培養不能菌の代謝経路の決定を行う。さらに、早期小児う蝕と相関を示す微生物叢中の菌種または遺伝子の検出を試みるものである。タイにおいて全身状態が健常な小児集団を選出することとした。同意が得られた被験者全員から微生物叢検体として、唾液と歯面プラークを収集し、54検体を得た。重度ECCの解析については、更に検体数を追加した上で、得られた群より、口腔内状況に基づき、カリエスフリーな集団と重度ECCの集団をさらに選出し、比較を行う予定である。得られた各検体について、16S rRNAを解析対象とした細菌叢解析を行った。全体として、Streptococcus属、Prevotella属、Veillonella属、Actinomyces属などの比率が高いことが示された。一方で、興味深いことに、小児検体であるにも関わらず、Porphyromonas属やFusobacterium属も一定の割合で検出された。さらに、細菌叢中の遺伝子を同定するため、微量遺伝子の増幅を行った上でメタゲノムショットガン解析を実施した。薬剤耐性遺伝子については、遺伝子マッピングプログラムと耐性遺伝子データベースを利用して検索するパイプラインを確立した。メタゲノムショットガン解析で得られたシーケンスデータについては、今後ゲノム配列の再構築と遺伝子配列のアノテーションを行う。

在这个研究项目中，我们将分析泰国健康儿童和患有严重儿童早期龋齿的儿童的口腔微生物群，除了对整个微生物群进行遗传分析外，我们还将尝试确定单个细菌的基因组序列。根据获得的基因组信息，我们将确定不可培养细菌的耐药基因分布和代谢途径。此外，我们将尝试检测微生物群中与幼儿龋齿相关的细菌种类或基因。我们决定在泰国选择一群一般状况健康的儿童。从所有同意的受试者中收集唾液和牙菌斑作为微生物组样本，共得到 54 个样本。对于重度ECC的分析，我们计划增加样本数量，并根据获得的组中的口腔状况进一步选择无龋组和重度ECC组并进行比较。对于得到的各样品，以16S rRNA为分析对象进行菌群分析。总体而言，链球菌属、普雷沃菌属、韦荣球菌属、放线菌属等的比例较高。然而有趣的是，尽管样本来自儿童，但也以一定的比例检测到了卟啉单胞菌属和梭杆菌属。此外，为了鉴定细菌菌群中的基因，我们在扩增痕量基因后进行了宏基因组鸟枪法分析。关于耐药基因，我们利用基因作图程序和耐药基因数据库建立了搜索管道。对于通过宏基因组鸟枪法分析获得的序列数据，我们将重建基因组序列并注释基因序列。

项目成果

期刊论文数量（132）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Unique virulence role of post-translocational chaperone PrsA in shaping Streptococcus pyogenes secretome.

易位后伴侣 PrsA 在塑造化脓性链球菌分泌组中的独特毒力作用。

DOI：
10.1080/21505594.2021.1982501
发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
5.2
作者：
Wu Z.Y; Campeau A; Liu C.H; Gonzalez D.J; Yamaguchi M; Kawabata S; Lu C.H; Lai C.Y; Chiu H.C; Chang Y.C.
通讯作者：
Chang Y.C.

Epidemiological analysis of pneumococcal strains isolated at Yangon Children’s Hospital in Myanmar via whole-genome sequencing-based methods

通过全基因组测序方法对缅甸仰光儿童医院分离的肺炎球菌菌株进行流行病学分析

DOI：
10.1099/mgen.0.000523
发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
3.9
作者：
Yamaguchi Masaya;Win Hpoo Pwint Myo;Higashi Kotaro;Ono Masayuki;Hirose Yujiro;Motooka Daisuke;Okuzaki Daisuke;Aye Mya Mya;Htun Moh Moh;Thu Hlaing Myat;Kawabata Shigetada
通讯作者：
Kawabata Shigetada

Streptococcus pyogenes upregulates arginine catabolism to exert its pathogenesis on the skin surface

化脓性链球菌上调精氨酸分解代谢，在皮肤表面发挥其发病机制

DOI：
10.1016/j.celrep.2021.108924
发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
8.8
作者：
Hirose Yujiro;Yamaguchi Masaya;Sumitomo Tomoko;Nakata Masanobu;Hanada Tomoki;Okuzaki Daisuke;Motooka Daisuke;Mori Yasushi;Kawasaki Hiroshi;Coady Alison;Uchiyama Satoshi;Hiraoka Masanobu;Zurich Raymond H.;Amagai Masayuki;Nizet Victor;Kawabata Shigetada
通讯作者：
Kawabata Shigetada